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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessAkne inversa, familial; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for familial Akne inversa comprising 6 curated genes according to the clinical signs

ID
AP7463
Number of genes
6 Accredited laboratory test
Examined sequence length
8,3 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
- (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
FGFR22466NM_000141.5AD
GJB2681NM_004004.6AD
NCSTN2130NM_015331.3AD
PSEN11404NM_000021.4AD
PSENEN306NM_001281532.3AD
PSTPIP11251NM_003978.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Acne inversa (hidradenitis suppurativa) is a chronic skin disease characterized by recurrent nodules under the skin. The nodules become painfully inflamed, especially in the armpits and groin. They tend to rupture and abscess, leaving scars after healing. These symptoms typically appear after puberty, especially in affected females. They may also form around the anus, on the buttocks or in other locations. The nodules and abscesses cause chronic pain and can lead to social isolation and depression. In rare cases, chronic abscesses on the buttocks develop into squamous cell carcinoma. Commonly, the cause of acne inversa is unknown. Genetic factors clearly play a role in its development. For example, some cases are due to variants in the NCSTN, PSEN1 or PSENEN genes that affect Notch signaling in hair follicles. Obesity and smoking appear to increase the risk of disease, and obesity is also associated with increased severity of symptoms. 30-40% of patients have at least one affected family member, which may be an underestimate. In some families, acne inversa appears to be inherited in an autosomal dominant manner. The diagnostic yield by molecular genetics is unknown, but certainly it is not close to complete. Therefore, a negative DNA test result does not exclude the clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK534867/

 

Synonyms
  • Alias: Hidradenitis suppurativa
  • Alias: Hidradenitis suppurativa, familial 1-3
  • Alias: Schweißdrüsenabszess
  • Acne inversa, familial, 1 (NCSTN)
  • Acne inversa, familial, 2 (PSENEN)
  • Acne inversa, familial, 3 (PSEN1)
  • Keratitis-ichthyosis-deafness syndrome, follicular occlusion triad (GJB2)
  • Nevus comedonicus, multifocal hidradenitis suppurativa, acne [panelapp] (FGFR2)
  • Pyogenic sterile arthritis, pyoderma gangraenosum, acne (PSTPIP1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.