©istock.com/Andrea Obzerova
Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessAnencephaly + neural tube-defects; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Anencephaly and neural tube defects comprising 8 or 13 curated genes, respectively, according to the clinical signs

ID
AP7890
Number of genes
11 Accredited laboratory test
Examined sequence length
15,4 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
27,2 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
CCL2300NM_002982.4AD
FUZ1257NM_025129.5AD
MTHFD12808NM_005956.4AR
MTHFR1971NM_005957.5AD, Ass
MTR3798NM_000254.3AR, Sus
MTRR2097NM_002454.3AR
VANGL11575NM_138959.3AD
VANGL21566NM_020335.3AD
CELSR19045NM_014246.4AD
PAX31440NM_181457.4AD, AR
TBXT1319NM_003181.4AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Anencephaly and neural tube closure defects are complex malformations that are likely caused by the interaction of multiple genetic and environmental factors. Alterations in dozens of genes in fetuses with anencephaly and in their mothers may influence the risk of developing neural tube defects. The best studied gene is MTHFR, which is involved in processing vitamin B9 (folic acid). B9 deficiency is a risk factor for neural tube defects, but many other factors also contribute to folic acid deficiency, including malnutrition. Therefore, the inheritance of neural tube defects and anencephaly is generally multifactorial. Inconspicuous molecular genetic findings tend to be the rule.

Reference: J Dev Biol. 2018 Aug 21;6(3):22. doi: 10.3390/jdb6030022.

 

Synonyms
  • Alias: Anencephalie + Neuralrohr-Defekte
  • Alias: Spina bifida ("offener Rücken")
  • Allelic: Caudal regression syndrome (VANGL1)
  • Allelic: Combined immunodeficiency + megaloblastic anemia with/-out hyperhomocysteinemia (MTHFD1)
  • Allelic: Coronary artery disease, modifier of (CCL2)
  • Allelic: Craniofacial-deafness-hand syndrome (PAX3)
  • Allelic: HIV-1, resistance to (CCL2)
  • Allelic: Homocystinuria due to MTHFR deficiency (MTHFR)
  • Allelic: Homocystinuria-megaloblastic anemia, cbl E type (MTRR)
  • Allelic: Homocystinuria-megaloblastic anemia, cblG complementation type (MTR)
  • Allelic: Mycobacterium tuberculosis, susceptibility to (CCL2)
  • Allelic: Orofacial cleft 6 (IRF6)
  • Allelic: Rhabdomyosarcoma 2, alveolar (PAX3)
  • Allelic: Schizophrenia, susceptibility to (MTHFR)
  • Allelic: Thromboembolism, susceptibility to (MTHFR)
  • Allelic: Vascular disease, susceptibility to (MTHFR)
  • Hydrolethalus syndrome (HYLS1)
  • Neural tube defects (VANGL2)
  • Neural tube defects, folate-sensitive, susceptibility to (MTHFD1)
  • Neural tube defects, folate-sensitive, susceptibility to (MTR)
  • Neural tube defects, folate-sensitive, susceptibility to (MTRR)
  • Neural tube defects, susceptibility to (FUZ)
  • Neural tube defects, susceptibility to (MTHFR)
  • Neural tube defects, susceptibility to (TBXT, T)
  • Neural tube defects, susceptibility to (VANGL1)
  • Popliteal pterygium syndrome 1 (IRF6)
  • Sacral agenesis with vertebral anomalies (TBXT, T)
  • Spina bifida, susceptibility to (CCL2)
  • Waardenburg syndrome, type 1 (PAX3)
  • Waardenburg syndrome, type 3 (PAX3)
  • van der Woude syndrome 1 (IRF6)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • Ass
  • Sus
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.