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IllnessCoffin-Siris syndrome, differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for Coffin-Siris syndrome containing 9 core/core candidate genes and altogether 22 curated genes according to the clinical signs
| Locus type | Count |
|---|---|
| Gen | 21 |
68,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
Loci
Gen
| Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
|---|---|---|---|---|
| ARID1A | 6858 | NM_006015.6 | AD | |
| ARID1B | 6750 | NM_001374820.1 | AD | |
| ARID2 | 5508 | NM_152641.4 | AD | |
| DPF2 | 1175 | NM_006268.5 | AD | |
| SMARCA2 | 4773 | NM_003070.5 | AD | |
| SMARCA4 | 5040 | NM_001128849.3 | AD | |
| SMARCC2 | 3459 | NM_003075.5 | AD | |
| SMARCD1 | 1642 | NM_003076.5 | AD | |
| SMARCE1 | 1236 | NM_003079.5 | AD | |
| BICRA | 4683 | NM_015711.3 | AD | |
| HDAC8 | 1134 | NM_018486.3 | XL | |
| NIPBL | 8415 | NM_133433.4 | AD | |
| PHF6 | 1098 | NM_032458.3 | XL | |
| PIGV | 1482 | NM_017837.4 | AR | |
| RAD21 | 1896 | NM_006265.3 | AD | |
| SMARCB1 | 1158 | NM_003073.5 | AD | |
| SMC1A | 3702 | NM_006306.4 | XL | |
| SMC3 | 3654 | NM_005445.4 | AD | |
| SOX11 | 1326 | NM_003108.4 | AD | |
| SOX4 | 1425 | NM_003107.3 | AD | |
| TBC1D24 | 1680 | NM_001199107.2 | AR |
Informations about the disease
Coffin-Siris Syndrome (CSS) is a rare congenital genetic multisystem disorder with hypo-/aplasia of the distal phalanx/nail of the 5th toe and/or 5th finger, developmental delays, gross facial features, hypotension, microcephaly and other malformations and heart defects. 65-80% of newborns are conspicuous with nail dysplasia. In some cases, inheritance is autosomal dominant, although new mutations are usually responsible. In at least 60% of clinically proven cases, mutations are detected in extensive panel approaches.
Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131811/
- DD Cornelia de Lange syndrome (NIPBL, SMC1A, SMC3, HDAC8, RAD21)
- Sy: Hypoplastic/absent 5.th finger-/toenails; poor overall growth, craniofacial abnormalities
- Sy: Ment. retard., coarse face, hypertrichosis, sparse hair; spinal anomalies + cong. heart defects
- Allelic: Blepharophimosis-impaired intellectual development syndrome (SMARCA2)
- Allelic: Deafness, AD 65 (TBC1D24)
- Allelic: Deafness, AR 86 (TBC1D24)
- Allelic: Developmental + epileptic encephalopathy 16 (TBC1D24)
- Allelic: Epilepsy, rolandic, with proxysmal exercise-induce dystonia + writer's cramp (TBC1D24)
- Allelic: Meningioma, familial, susceptibility to (SMARCE1)
- Allelic: Myoclonic epilepsy, infantile, familial (TBC1D24)
- Allelic: Rhabdoid tumors, somatic (SMARCB1)
- Allelic: Schwannomatosis-1, susceptibility to (SMARCB1)
- Borjeson-[Forssman-Lehmann] syndrome; Mental retardation, epilepsy, endocrine disorders (PHF6)
- Coffin-Siris syndrome 1 (ARID1B)
- Coffin-Siris syndrome 10 (SOX4)
- Coffin-Siris syndrome 11 (SMARCD1)
- Coffin-Siris syndrome 12 (BICRA)
- Coffin-Siris syndrome 2 (ARID1A)
- Coffin-Siris syndrome 3 (SMARCB1)
- Coffin-Siris syndrome 4 (SMARCA4)
- Coffin-Siris syndrome 5 (SMARCE1)
- Coffin-Siris syndrome 6; ARID2-Coffin-Siris like disorder; CS syndrome-like phenotype (ARID2)
- Coffin-Siris syndrome 7; Coffin-Siris like disorder (DPF2)
- Coffin-Siris syndrome 8 (SMARCC2)
- Coffin-Siris syndrome 9 (SOX11)
- DOORS syndrome, Deafness, Onychodystrophy, Osteodystrophy, ment. Retardation (TBC1D24)
- Developmental delay, ID [panelapp] (ACTL6A)
- Hyperphosphatasia with mental retardation syndrome 1 (PIGV)
- Nicolaides-Baraitser syndrome (SMARCA2)
- Rhabdoid tumor predisposition syndrome 1-2 (SMARCB1, SMARCA4)
- AD
- AR
- XL
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.