IllnessColon cancer, hereditary non-polyposis; differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for hereditary non-polyposis Colon cancer (HNPCC) comprising 5 guideline-curated core genes, 6 additional guideline-mentioned genes and altogether 19 curated genes according to the clinical signs
55,9 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
KP5350_DH
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
EPCAM | 945 | NM_002354.3 | AD | |
MLH1 | 2271 | NM_000249.4 | AD | |
MSH2 | 2805 | NM_000251.3 | AD | |
MSH6 | 4083 | NM_000179.3 | AD | |
NTHL1 | 915 | NM_002528.7 | AR | |
PMS2 | 2589 | NM_000535.7 | AD | |
POLD1 | 3324 | NM_002691.4 | AD | |
POLE | 6861 | NM_006231.4 | AD | |
APC | 8532 | NM_000038.6 | AD | |
BMPR1A | 1599 | NM_004329.3 | AD | |
CHEK2 | 1632 | NM_007194.4 | AD | |
MLH3 | 4362 | NM_001040108.2 | AD | |
MSH3 | 3414 | NM_002439.5 | AR | |
MUTYH | 1650 | NM_001128425.2 | AR, Sus | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD | |
RNF43 | 5500 | NM_017763.6 | AD | |
SMAD4 | 1659 | NM_005359.6 | AD | |
STK11 | 1302 | NM_000455.5 | AD | |
TP53 | 1182 | NM_000546.6 | AD |
Informations about the disease
Lynch syndrome, often referred to as hereditary non-polyposis colorectal cancer (HNPCC), is the most common cause of hereditary colorectal cancer. HNPCC is caused by pathogenic germline variants in the DNA "mismatch repair" genes (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). HNPCC is characterized not only by an increased risk of colorectal cancer but also cancers of the endometrium, stomach, ovary, small intestine, hepatobiliary tract, urinary tract, brain and skin. The following lifetime cancer risks apply for colorectal cancer: 52%-82% (average age at diagnosis 44-61 years); Endometrial cancer in women: 25%-60% (average age at diagnosis 48-62 years), Stomach cancer: 6%-13% (average age at diagnosis 56 years); Ovarian cancer: 4%-12% (average age at diagnosis 42.5 years). The mutation detection probability of the core panel is close to 100%. The additional genes of the panel cover the major differential diagnoses.
Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1211/
- Alias: Colon-Ca.
- Alias: Darmkrebs
- Alias: Familial nonpolyposis colon cancer
- Alias: Hereditary nonpolyposis colorectal cancer, HNPCC
- Alias: Kolorektalkarzinom
- Alias: Lynch syndrome
- Alias: Rektum-Ca.
- Allelic: Adrenocortical carcinoma, pediatric (TP53)
- Allelic: Basal cell carcinoma 7 (TP53)
- Allelic: Bone marrow failure syndrome 5 (TP53)
- Allelic: Breast cancer, somatic (TP53)
- Allelic: Choroid plexus papilloma (TP53)
- Allelic: Diarrhea 5, with tufting enteropathy, congenital (EPCAM)
- Allelic: Endometrial cancer, familial (MSH6)
- Allelic: Endometrial carcinoma, somatic (MSH3)
- Allelic: Esophageal cancer, somatic (TGFBR2)
- Allelic: FILS syndrome (POLE)
- Allelic: Glioma susceptibility 1 (TP53)
- Allelic: IMAGE-I syndrome (POLE)
- Allelic: Li-Fraumeni syndrome (TP53)
- Allelic: Loeys-Dietz syndrome 2 (TGFBR2)
- Allelic: Macrocephaly/autism syndrome ((PTEN)
- Allelic: Mismatch repair cancer syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
- Allelic: Muir-Torre syndrome (MLH1, MSH2)
- Allelic: Nasopharyngeal carcinoma, somatic (TP53)
- Allelic: Osteosarcoma (TP53)
- Allelic: Osteosarcoma, somatic (CHEK2)
- Allelic: Pancreatic cancer, somatic (TP53)
- Adenomas, multiple colorectal (MUTYH)
- Adenomatous polyposis coli (APC)
- Allelic: Hepatocellular carcinoma, somatic (TP53)
- Allelic: Lhermitte-Duclos syndrome (PTEN)
- Allelic: Mandibular hypoplasia, deafness, progeroid features, and lipodystrophy syndrome (POLD)
- Brain tumor-polyposis syndrome 2 (APC)
- Colorectal cancer (TP53)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 1 (MSH2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 2 (MLH1)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 4 (PMS2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 5 (MSH6)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 6 (TGFBR2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 7 (MLH3)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 8 (EPCAM)
- Colorectal cancer, somatic (MLH3)
- Colorectal cancer, susceptibility to (CHEK2)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 10 (POLD1)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 12 (POLE)
- Cowden syndrome 1 (PTEN)
- Diamond-Blackfan anemia 9 (RPS10)
- Familial adenomatous polyposis 3 (NTHL1)
- Familial adenomatous polyposis 4 (MSH3)
- Gardner syndrome (APC)
- Juvenile polyposis/hereditary hemorrhagic telangiectasia syndrome (SMAD4)
- Li-Fraumeni syndrome 2 (CHEK2)
- Peutz-Jeghers syndrome (STK11)
- Polyposis syndrome, hereditary mixed, 2 (BMPR1A)
- Polyposis, juvenile intestinal (BMPR1A)
- Polyposis, juvenile intestinal (SMAD4)
- Sessile serrated polyposis cancer syndrome (RNF43)
- AD
- AR
- Sus
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.