IllnessCystic fibrosis, most frequent mutations
Summary
Approx. 40 curated CFTR mutations are investigated that are most frequent in central Europe
- (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Step-by-step diagnostics:
- 1st step: about 30 of the most common mutations
- 2nd step: full sequencing (on request) if stage 1 could not sufficiently clarify the issue
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
CFTR | 4443 | NM_000492.4 | AR |
Informations about the disease
When fully developed, cystic fibrosis (CF; cystic fibrosis) is accompanied by severe affections of the lungs, the intestinal tract and all exocrine glandular tissues. In CF patients, the glandular secretions are thickened and block the laxative passages, especially in the lungs and pancreas. However, CF symptoms can vary greatly, so that individual patients are only diagnosed in adulthood or only infertility develops in men (congenital bilateral aplasia of the vas deferens; CBAVD). On the other hand, the first signs of the disease can already appear at birth. Average life expectancy has risen sharply in recent decades. The course and (gene) therapy options depend directly on the mutations found in the CFTR gene, which can already be detected in the course of newborn screening. Since more than 2000 recurrent and de novo mutations occur in the CFTR gene as well as its regulatory environment, molecular genetics sometimes only yields a reliably pathogenic sequence deviation. Then the review with the clinic decides on the final diagnosis and therapy.
Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1250/
Most frequent mutations in Central Europe: F508del; I507del; G542X; N1303K; 1717-1G>A; W1282X; G551D; R553X; 3272-26A>G; CFTRdele2,3 (21kb); 3905insT; G85E; 621+1G>T; 1078delT; R347P; R334W; E60X; 2789+5G>A; R1162X; 3659delC; 3849+10kbC>T; 2143delT; A455E; 2183AA>G; 2184delA; 1677delTA; 2184insA; E92X; I336K; Y1092X; M1101K; 2043delG; R1158X, 394delTT, E92K, R117H, R347H, 3120+1G>A, 5T-variant (IVS8-5T).
Detektion rate in central Europe: 89%
- Allelic: Bronchiectasis with/without elevated sweat chloride 1, modifier of
- Allelic: Congenital bilateral absence of vas deferens
- Allelic: Hypertrypsinemia, neonatal
- Allelic: Pancreatitis, hereditary idiopathic
- Allelic: Sweat chloride elevation without CF
- Cystic fibrosis, CF
- Mucoviscidosis
- Mukoviszidose
- Mukoviszidosis
- Zystische Fibrose
- AR
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.