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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessHypoplastic left heart syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Hypoplastic left heart syndrome comprising 4 curated genes according to the clinical signs

ID
HP7531
Number of genes
4 Accredited laboratory test
Examined sequence length
2,2 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
8,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
GJA11149NM_000165.5AR
NKX2-5975NM_004387.4AD
HAND1648NM_004821.3n.k.
RAI15721NM_030665.4AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Hypoplastic left heart syndrome (HLHS) comprises a heterogeneous group of congenital heart malformations characterized by the presence of a hypoplastic left ventricle with aortic and/or mitral hypoplasia or atresia. The term includes mitral atresia/aortic atresia or stenosis and/ or ventricular septal defects. The common feature of HLHS is a single functioning ventricle combined with some degree of hypoplasia of the ascending aorta. The physiological consequence is that the systemic blood flow is provided entirely or in part by the right ventricle via a ductus arteriosus. The latter and adequate mixing at the atrial level are therefore essential for postnatal survival. A restrictive or occluded foramen ovale can lead to pulmonary edema, hypoxia and terminal lung parenchymal disease. Genetic syndromes are present in 10-25% of patients with HLHS, including autosomal trisomies, Turner syndrome, Noonan, Holt-Oram, Jacobsen, Ellis-van Creveld, Potocki-Lupski and many other complex genetic syndromes as well as the CHARGE association. The inheritance appears complex, and a unified disease-associated chain of causation has not yet been identified. Therefore, in addition to molecular genetic testing, differential diagnosis primarily involves specialised clinical genetic characterization to rule out mild symptoms of a complex genetic syndrome, if any.

Reference: doi:10.1093/ejcts/ezaa188

 

Synonyms
  • Allelic: Atrioventricular septal defect 3 (GJA1)
  • Allelic: Conotruncal heart malformations, variable (NKX2-5)
  • Allelic: Craniometaphyseal dysplasia, AR (GJA1)
  • Allelic: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 3 (GJA1)
  • Allelic: Hypothyroidism, congenital nongoitrous, 5 (NKX2-5)
  • Allelic: Oculodentodigital dysplasia, AR (GJA1)
  • Allelic: Palmoplantar keratoderma with congenital alopecia (GJA1)
  • Allelic: Syndactyly, type III (GJA1)
  • Allelic: Ventricular septal defect (NKX2-5)
  • Atrial septal defect 7, with/-out AV conduction defects (NKX2-5)
  • Hypoplastic left heart syndrome (HAND1)
  • Hypoplastic left heart syndrome 1 (GJA1)
  • Hypoplastic left heart syndrome 2 (NKX2-5)
  • Hypoplastic left heart syndrome [panelapp red] (FOXL1)
  • Oculodentodigital dysplasia (GJA1)
  • Potocki-Lupski syndrome (RAI1 gene duplication)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • n.k.
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.