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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessLymph edema, congenital hereditary; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for congenital hereditary Lymphatic edema comprising 9 guideline-curated and altogether 45 curated genes according to the clinical signs

ID
LP5200
Number of genes
40 Accredited laboratory test
Examined sequence length
29,3 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
139,2 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
CCBE11221NM_133459.4AR
EPHB42964NM_004444.5AD
FLT44092NM_182925.5AD
FOXC21506NM_005251.3AD
GATA21443NM_032638.5AD
GJC21320NM_020435.4AD
KIF113171NM_004523.4AD
PIEZO17566NM_001142864.4AD
PTPN143564NM_005401.5AR
SOX181155NM_018419.3AD, AR
VEGFC1263NM_005429.5AD
ADAMTS33653NM_014243.3AR
BRAF2301NM_004333.6AD
CBL2721NM_005188.4AD
CELSR19045NM_014246.4AD
CHD78994NM_017780.4AD
DCHS19897NM_003737.4AR
FAT414946NM_024582.6AR
GJA11149NM_000165.5AD
HRAS570NM_005343.4AD
KRAS567NM_004985.5AD
LZTR12523NM_006767.4AD, AR
MAP2K11182NM_002755.4AD
MAP2K21203NM_030662.4AD
NF18457NM_001042492.3AD
NRAS570NM_002524.5SMu
NSD18091NM_022455.5AD
PMM2741NM_000303.3AR
PPP1CB350NM_002709.3AD
PTPN111782NM_002834.5AD
RAF11947NM_002880.4AD
RASA13144NM_002890.3AD
RIT1660NM_006912.6AD
SHANK35386NM_001372044.2AD
SHOC21749NM_007373.4AD
SOS14002NM_005633.4AD
SOS23999NM_006939.4AD
SPRED11335NM_152594.3AD
TSC13495NM_000368.5AD
TSC25424NM_000548.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Hereditary lymphedema, swelling of extremities due to failure in development and/or function of lymphatics, leading to lymph accumulation in interstitial fluid space; highly variable in expression/penetrance including unaffected obligate heterozygotes; onset from embryonic to middle age. Classic congenital edema of lower body half -> no other obvious manifestations; complications of Milroy disease include hypoproteinemia (intestinal loss of albumin), increased susceptibility to infection in affected limb, in some cases angiosarcoma

 

Synonyms
  • Alias: Early-onset primary congenital lymphedema
  • Allelic: Congenital heart defects, multiple types, 7 (FLT4)
  • Allelic: Fibromatosis, gingival, 1 (SOS1)
  • Allelic: Hemangioma, capillary infantile, somatic (FLT4)
  • Allelic: Hypogonadotropic hypogonadism 5 with/-out anosmia (CHD7)
  • Allelic: Juvenile myelomonocytic leukemia (CBL)
  • Allelic: Leukemia, juvenile myelomonocytic (NF1)
  • Allelic: Leukodystrophy, hypomyelinating, 2 (GJC2)
  • Allelic: Mitral valve prolapse 2 (DCHS1)
  • Allelic: Neurofibromatosis, familial spinal (NF1)
  • Allelic: Schwannomatosis-2, susceptibility to (LZTR1)
  • Allelic: Spastic paraplegia 44, AR (GJC2)
  • CHARGE [Coloboma, Heart anomalies, choanal Atresia, mR, Genital + Ear anomalies] syndrome (CHD7)
  • Capillary malformation-arteriovenous malformation 1 (RASA1)
  • Capillary malformation-arteriovenous malformation 2 (EPHB4)
  • Cardiofaciocutaneous syndrome (BRAF)
  • Cardiofaciocutaneous syndrome 2 (KRAS)
  • Cardiofaciocutaneous syndrome 3 (MAP2K1)
  • Cardiomyopathy, dilated, 1NN (RAF1)
  • Choanal atresia + lymphedema (PTPN14)
  • Congenital disorder of glycosylation, type Ia (PMM2)
  • Congenital myopathy with excess muscle spindles (HRAS)
  • Costello syndrome (HRAS)
  • Ectodermal dysplasia + immunodeficiency 1 (IKBKG)
  • Emberger syndrome [Lymphedema, primary, with Mmyelodysplasia] (GATA2)
  • Hennekam lymphangiectasia-lymphedema syndrome 1 (CCBE1)
  • Hennekam lymphangiectasia-lymphedema syndrome 2 (FAT4)
  • Hennekam lymphangiectasia-lymphedema syndrome 3 (ADAMTS3)
  • Hypotrichosis-lymphedema-telangiectasia syndrome (SOX18)
  • Hypotrichosis-lymphedema-telangiectasia-renal defect syndrome (SOX18)
  • Immunodeficiency 33 (IKBKG)
  • Immunodeficiency 42 (RORC)
  • Incontinentia pigmenti (IKBKKG)
  • LEOPARD syndrome 1 (PTPN11)
  • LEOPARD syndrome 2 (RAF1)
  • LEOPARD syndrome 3 (BRAF)
  • Legius syndrome (SPREAD1)
  • Lymphangioleiomyomatosis (TSC1)
  • Lymphangioleiomyomatosis, somatic (TSC2)
  • Lymphatic malformation 10 (ANGPT2)
  • Lymphatic malformation 11 (TIE1)
  • Lymphatic malformation 1; [Nonne-Milroy lymphedema] (FLT4)
  • Lymphatic malformation 3 (GJC2)
  • Lymphatic malformation 4 (VEGFC)
  • Lymphatic malformation 6 (PIEZO1)
  • Lymphatic malformation 7 (EPHB4)
  • Lymphatic malformation 9 (CELSR1)
  • Lymphedema-distichiasis syndrome (FOXC2)
  • Lymphedema-distichiasis syndrome with renal disease and diabetes mellitus (FOXC2)
  • Lymphoedema [MONDO:0019297] (ARAP3)
  • Lymphoedema [MONDO:0019297] (RORC)
  • Metachondromatosis 1 (PTPN11)
  • Microcephaly with or without chorioretinopathy, lymphedema, or mental retardation (KIF11)
  • Neurofibromatosis, type 1 (NF1)
  • Neurofibromatosis-Noonan syndrome (NF1)
  • Noonan syndrome 1 (PTPN11)
  • Noonan syndrome 10 (LZTR1)
  • Noonan syndrome 2 (LZTR1)
  • Noonan syndrome 3 (KRAS)
  • Noonan syndrome 4 (SOS1)
  • Noonan syndrome 5 (RAF1)
  • Noonan syndrome 6 (NRAS)
  • Noonan syndrome 7 (BRAF)
  • Noonan syndrome 8 (RIT1)
  • Noonan syndrome 9 (SOS2)
  • Noonan syndrome-like disorder with loose anagen hair 2 (PPP1CB)
  • Noonan syndrome-like disorder with/-out juvenile myelomonocytic leukemia (CBL)
  • Noonan syndrome-like with loose anagen hair 1 (SHOC2)
  • Phelan-McDermid syndrome (SHANK3)
  • RAS-associated autoimmune leukoproliferative disorder (KRAS)
  • Schizophrenia 15 (SHANK3)
  • Sotos syndrome 1 (NSD1)
  • Van Maldergem syndrome 1 (DCHS1)
  • Van Maldergem syndrome 2 (FAT4)
  • Watson syndrome (NF1)
  • ardiofaciocutaneous syndrome 4 (MAP2K2)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • SMu
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.