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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessOvarian insufficiency, primary; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Ovarian insufficiency, primary, comprising 9 mostly guideline-curated core candidate genes and altogether 52 curated genes according to the clinical signs

The FSHR polymorphism p.Asn680Ser may be relevant with regard to dose calculation prior to ovarian stimulation and is therefore reported if explicitly requested. doi: 10.1007/s00129-021-04785-6

ID
OP4953
Number of genes
38 Accredited laboratory test
Examined sequence length
17,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
71,7 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
FIGLA660NM_001004311.3AD
FOXL21131NM_023067.4AD
GALT1140NM_000155.4AR
HFM14308NM_001017975.6AR
MCM82523NM_032485.6AR
NOBOX2076NM_001080413.3AD
NR5A11386NM_004959.5AD
PGRMC1588NM_006667.5XL
STAG33678NM_012447.4AR
AARS22958NM_020745.4AR
BMP151179NM_005448.2XL
BMPR1B1509NM_001203.3AD
CLPP834NM_006012.4AR
CYP17A11527NM_000102.4AR
CYP19A11512NM_031226.3AR
EIF2B41569NM_015636.4AD
EIF2B52166NM_003907.3AR
FANCM6147NM_020937.4AR
FMR11899NM_002024.6XL
FSHB390NM_000510.4AR
FSHR2088NM_000145.4AR
GDF91365NM_005260.6AD, AR
HARS21521NM_012208.4AR
LARS22712NM_015340.4AR
LMNA1995NM_170707.4AD
MCM93432NM_017696.3AR
MSH52505NM_002441.5AR
NANOS3593NM_001098622.3AD
NOG699NM_005450.6AD
NUP1072778NM_020401.4AR
PMM2741NM_000303.3AR
POF1B1770NM_024921.4XLR
POLG3720NM_002693.3AD, AR
POU5F11083NM_002701.6AD
PSMC3IP654NM_016556.4AR
RCBTB11596NM_018191.4AR
SOHLH11164NM_001101677.2AR
TWNK2055NM_021830.5AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Premature ovarian insufficiency (POI) refers to the loss of ovarian activity before the age of 40. POI is characterised by menstrual disorders (amenorrhoea, oligomenorrhoea) with increased gonadotropins and low estradiol levels. In addition to genetic causes, autoimmune, infectious, iatrogenic and environmental causes are known. 10-12% of women with POI show chromosomal abnormalities, mostly (94%) X-linked chromosomal disorders. FMR1 premutations are probably responsible for about 5% of all POI cases. Mutations of individual genes are much rarer.

Reference: https://www.eshre.eu/Guidelines-and-Legal/Guidelines/Management-of-premature-ovarian-insufficiency.aspx

The FSHR polymorphism p.Asn680Ser may be relevant with regard to dose calculation prior to ovarian stimulation and is therefore reported if explicitly requested. doi: 10.1007/s00129-021-04785-6

 

Synonyms
  • Alias: (Genetic) non-acquired ovarian insufficiency
  • Alias: 46XX pure gonadal dysgenesis; 46XX complete gonadal dysgenesis; XX female gonadal dysgenesis
  • Alias: Hypergonadotropic ovarian dysgenesis
  • Alias: Primary ovarian insufficiency
  • Allelic: 46XX sex reversal 4 (NR5A1)
  • Allelic: 46XY sex reversal 3 (NR5A1)
  • Allelic: Adrenocortical insufficiency (NR5A1)
  • Allelic: Blepharophimosis, epicanthus inversus + ptosis, type 1-2 (FOXL2)
  • Allelic: D-bifunctional protein deficiency (HSD17B4)
  • Allelic: Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B4, EIF2B5)
  • Allelic: Mosaic variegated aneuploidy syndrome 1 (BUB1)
  • Allelic: Ovarian hyperstimulation syndrome (FSHR)
  • Allelic: Ovarian response to FSH stimulation (FSHR)
  • Allelic: Spermatogenic failure 52 (C14orf39)
  • Allelic: Spermatogenic failure 8 (NR5A1)
  • Adrenal hyperplasia, congenital, due to 21-hydroxylase deficiency (CYP21A2)
  • Allelic: Spermatogenic failure 15 (SYCE1)
  • Autoimmune polyendocrinopathy syndrome, type I, with/-out reversible metaphyseal dysplasia (AIRE)
  • FSH-RO Follicular stimulating hormone-resistant ovaries
  • Hyperandrogenism, nonclassic type, due to 21-hydroxylase deficiency (CYP21A2)
  • Hypogonadotropic hypogonadism 24 without anosmia (FSHB)
  • Leukoencephalopathy, progressive, with ovarian failure (AARS2)
  • Malouf syndrome (LMNA)
  • Muscular dystrophy, congenital hearing loss + ovarian insufficiency syndrome (GGPS1)
  • Ovarian dysgenesis 1 (FSHR)
  • Ovarian dysgenesis 2 (BMP15)
  • Ovarian dysgenesis 3 (PSMC3IP)
  • Ovarian dysgenesis 6 (NUP107)
  • Ovarian dysgenesis 7 (MRPS22)
  • Ovarian dysgenesis 8 (ESR2)
  • Ovarioleukodystrophy (EIF2B4, EIF2B5)
  • Perrault syndrome 1 (HSD17B4)
  • Perrault syndrome 2 (HARS2)
  • Perrault syndrome 3 (CLPP)
  • Perrault syndrome 4 (LARS2)
  • Perrault syndrome 5 (TWNK)
  • Perrault syndrome 6 (ERAL1)
  • Perrault syndrome [panelapp] (SGO2)
  • Premature chromatid separation trait (BUB1)
  • Premature ovarian failure 10 (MCM8)
  • Premature ovarian failure 11 (ERCC6)
  • Premature ovarian failure 12 (SYCE1)
  • Premature ovarian failure 13 (MSH5)
  • Premature ovarian failure 14 (GDF9)
  • Premature ovarian failure 15 (FANCM)
  • Premature ovarian failure 18 (C14orf39)
  • Premature ovarian failure 2A (DIAPH2)
  • Premature ovarian failure 2B (POF1B)
  • Premature ovarian failure 3 (FOXL2)
  • Premature ovarian failure 4 (BMP15)
  • Premature ovarian failure 5 (NOBOX)
  • Premature ovarian failure 6 (FIGLA)
  • Premature ovarian failure 7 (NR5A1)
  • Premature ovarian failure 8 (STAG3)
  • Premature ovarian failure 9 (HFM1)
  • Premature ovarian failure [panelapp] (KHDRBS1)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (DACH2)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (EIF4ENIF1)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (PGRMC1)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (POLR2C)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (POLR3H)
  • Premature ovarian insufficiency [panelapp] (SYCP2L)
  • Primary ovarian failure [MONDO:0005387] (MSH4)
  • Primary ovarian insufficiency [panelapp] (NANOS3)
  • Primary ovarian insufficiency [panelapp] (SOHLH2)
  • Retinal dystrophy with/-out extraocular anomalies (RCBTB1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.