IllnessPachyonychia congenita, differential diagnosis

Summary

Short information

A curated panel containing 5 core candidate genes and altogether 9 genes for the comprehensive analysis of the genetically caused forms of Pachyonychia congenita

PP1928

Number of genes

3 Accredited laboratory test

Examined sequence length

2,8 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
3,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)

Analysis Duration

on request

Test material

EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)

Diagnostic indications

NGS +

Gene panel

Selected genes

Name	Exon Length (bp)	OMIM-G	Referenz-Seq.	Heredity
KRT16	1422	148067	NM_005557.4	AD
KRT17	1299	148069	NM_000422.3	AD
USB1	744	613276	NM_001195302.2	AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Genodermatosis with painful palmoplantar keratoderma, thickened nails, cysts, whitish oral mucosa

Synonyms

Alias: Dystrophic nails
Allelic: Deafness, AD 3B (GJB6)
Allelic: Deafness, AR 1B (GJB6)
Allelic: Deafness, Dig GJB2/GJB6 (GJB6)
Allelic: Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, focal (KRT16)
Allelic: Steatocystoma multiplex (KRT17)
Ectodermal dysplasia 2, Clouston type (GJB6)
Keratoderma, palmoplantar, punctate type IA (AAGAB)
Nail disorder, nonsyndromic congenital, 1 (FZD6)
Pachyonychia congenita 1; Jadassohn-Lewandowsky syndrome (KRT16)
Pachyonychia congenita 2 (KRT17)
Pachyonychia congenita 3 (KRT6A)
Pachyonychia congenita 4 (KRT6B)
Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, focal or diffuse (KRT6C)
Poikiloderma with neutropenia (USB1)

Heredity, heredity patterns etc.

OMIM-Ps

Multiple OMIM-Ps

ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

DAkkS-akkreditiertes Labor
EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
Gen-Konversionen
komplexe Inversionen
Balancierte Translokationen
Mitochondriale Varianten
Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
niedriger Mosaik-Status
Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
Varianten innerhalb von Pseudogenen
die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.