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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPancreatitis, chronic; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Pankreatitis, chronic´, comprising 5 guideline-curated core genes or altogether 12 curated genes according to the clinical signs

ID
PP5101
Number of genes
10 Accredited laboratory test
Examined sequence length
11,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
20,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
CASR3237NM_000388.4AD, AR
CFTR4443NM_000492.4AR
CLDN2694NM_001171092.1XLR
CPA11260NM_001868.4AD
CTRC807NM_007272.3AD
PRSS1744NM_002769.5AD
SPINK1240NM_003122.5AD
KRT81452NM_002273.4AR
TRPV62313NM_018646.6AR
UBR15250NM_174916.3AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Familial pancreatitis is rare, begins with repeated attacks of inflammation usually in childhood, becomes chronic sooner or later after more frequent acute phases and leads to morphological changes in the pancreas. Complications include pancreatic fibrosis, exocrine insufficiency, diabetes mellitus (type 3c), chronic pain and possibly ductal adenocarcinoma. The onset and course of the disease and the complications vary considerably, and it is likely that so-called modifier genes and external influences play an important role in each patient. Hereditary pancreatitis is often inherited in an autosomal dominant manner (PRSS1 mutations), whereby rare variants can have a modifying effect in several genes (CTRC, CPA1, CEL, PRSS1 genes). More rarely, autosomal recessive inheritance is present (SPINK1, CFTR genes) or more frequently a multifactorial event (CFTR + SPINK1 or CFTR + CASR or CFTR + CTRC genes, etc.) The diagnostic yield depends on the clinical situation.

References: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK190101/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK84399/

https://journals.lww.com/ajg/Fulltext/2020/03000/ACG_Clinical_Guideline__Chronic_Pancreatitis.9.aspx

 

Synonyms
  • Alias: Hereditary chronic pancreatitis; Pancreatitis, hereditary
  • Allelic: Azoospermia, obstructive, with nephrolithiasis (CLDN2)
  • Allelic: Diabetes mellitus [MONDO:0005015] (CELA3B)
  • Allelic: Epilepsy idiopathic generalized, susceptibility to, 8 (CASR)
  • Allelic: Pancreatic cancer (CELA3B)
  • Chronic Pancreatitis [MONDO:0005003] (CELA3B)
  • Cirrhosis, cryptogenic (KRT8)
  • Cirrhosis, noncryptogenic, susceptibility to (KRT8)
  • Fibrocalculous pancreatic diabetes, susceptibility to (SPINK1)
  • Hereditary chronic pancreatitis [panelapp] (CPA1)
  • Hyperparathyroidism, neonatal (CASR)
  • Hyperparathyroidism, transient neonatal (TRPV6)
  • Hypocalcemia, AD, with Bartter syndrome (CASR)
  • Hypocalcemia, AR (CASR)
  • Hypocalciuric hypercalcemia, type I (CASR)
  • Johanson-Blizzard syndrome (UBR1)
  • Maturity-onset diabetes of the young, type VIII (CEL)
  • Pancreatitis, chronic, susceptibility to (CTRC)
  • Pancreatitis, hereditary (CFTR, PRSS1)
  • Pancreatitis, hereditary (SPINK1)
  • Shwachman-Diamond syndrome [Lipomatosis of pancreas, congenital] (SBDS)
  • Tropical calcific pancreatitis (SPINK1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.