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IllnessParaganglioma 3 / phaeochromocytoma

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Summary

Short information

Curated single gene sequence analysis according to the clinical suspicion Paraganglioma 3/Pheochromocytoma

ID
PS0113
Number of genes
1 Accredited laboratory test
Examined sequence length
0,6 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
- (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

Sanger

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
SDHC510NM_003001.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Paragangliomas are rare, catecholamine-secreting neuroendocrine tumors commonly located in the pre-aortic and paravertebral sympathetic plexus or skull base. Functionally, paragangliomas are highly vascularized and either parasympathetic or sympathetic. Parasympathetic tumors are usually inactive, while sympathetic lesions are highly active and symptomatic. Paragangliomas, as usually unilateral, singular tumors, may be multiple in familial forms. The mostly benign tumors rarely degenerate, 30-40% occur familially and some may be associated with genetic syndromes (incl. pheochromocytoma) as in SDHC mutations. Pathogenic SDHC variants are detectable in 2-8% of paragangliomas. Inheritance is autosomal dominant with variable expressivity; age-dependent penetrance for familial SDHC cases is 25%. The DNA diagnostic yield is a maximum of 50% for all "paraganglioma genes" combined. Therefore, an inconspicuous genetic finding does not imply exclusion of the suspected clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1548/

 

Synonyms
  • Alias: Carotid body tumors
  • Alias: Chemodectomas
  • Alias: Familial pheochromocytoma-paraganglioma
  • Alias: Glomus jugulare tumors
  • Alias: Glomus tumors, familial
  • Alias: Paragangliomas, carotid body
  • Alias: Paragangliomas, familial non-chromaffin
  • Gastrointestinal stromal tumor (SDHC)
  • Paraganglioma + gastric stromal sarcoma (SDHC)
  • Paragangliomas 3 (SDHC)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.