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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPolycystic liver disease, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Polycystic liver disease - differential diagnosis, comprising 6 guideline-curated genes and altogether 15 curated genes according to the clinical signs

ID
PP5150
Number of genes
15 Accredited laboratory test
Examined sequence length
29,2 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
53,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ALG81404NM_024079.5AD, AR
GANAB2900NM_198335.4AD
LRP54848NM_002335.4AD
PKD112912NM_001009944.3AD
PKD22907NM_000297.4AD
PRKCSH1587NM_002743.3AD
SEC61B295NM_006808.3AD
SEC632283NM_007214.5AD
ALG91858NM_024740.2AD
B9D1615NM_015681.5AR
DNAJB111250NM_016306.6AD
PKHD112225NM_138694.4AR
RTEL13732NM_032957.5AD, AR
STN11221NM_024928.5AR
TERT3399NM_198253.3AD, AR

Informations about the disease

Clinical Comment

In isolated polycystic liver disease, the same liver cysts occur in adulthood as in autosomal dominant polycystic kidney disease with liver cysts. These cysts may arise from malformations of the so-called ductal plates due to abnormalities in late embryonic bile duct genesis, or they may occur without malformations of the bile ducts. Liver cysts are often asymptomatic, eventual symptoms are usually more severe in women. Polycystic liver disease comprises a heterogeneous group of genetic disorders. Isolated liver cysts are caused by mutations in PRKCSH, SEC63, and LRP5, whereas PKD1, PKD2, and PKHD1 mutations cause renal cysts, which are often accompanied by liver cysts. GANAB mutations can cause both phenotypes. These mutations, together with those mutations in SEC61B, ALG8, and very rarely other genes, are found in ∼50% of patients with isolated polycystic liver disease. Therefore, a negative molecular genetic result by no means excludes the clinical diagnosis.

References: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1246/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1326/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30652979/

 

Synonyms
  • Alias: Polycystic liver disease with/-out kidney cysts
  • Allelic: Congenital disorder of glycosylation, type Ih (ALG8)
  • Allelic: Congenital disorder of glycosylation, type Il (ALG9)
  • Allelic: Leukemia, acute myeloid (TERT)
  • Allelic: Melanoma, cutaneous malignant, 9 (TERT)
  • Allelic: Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 1 (TERT)
  • Allelic: Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 3 (RTEL1)
  • Cerebroretinal microangiopathy with calcifications and cysts 2 (STN1)
  • Dyskeratosis congenita, AD 2 (TERT)
  • Dyskeratosis congenita, AD 4 (RTEL1)
  • Dyskeratosis congenita, AR 4 (TERT)
  • Dyskeratosis congenita, AR 5 (RTEL1)
  • Gillessen-Kaesbach-Nishimura syndrome (ALG9)
  • Joubert syndrome 27 (B9D1)
  • Meckel syndrome 9 (B9D1)
  • Polycystic kidney disease 1 (PKD1)
  • Polycystic kidney disease 2 (PKD2)
  • Polycystic kidney disease 3 (GANAB)
  • Polycystic kidney disease 4, with/-out hepatic disease (PKHD1)
  • Polycystic kidney disease 6 with/-out polycystic liver disease (DNAJB11)
  • Polycystic liver disease 1 (PRKCSH)
  • Polycystic liver disease 1 with/-out renal cysts [association with] (SEC61B)
  • Polycystic liver disease 2 (SEC63)
  • Polycystic liver disease 3 with/-out kidney cysts (ALG8)
  • Polycystic liver disease 4 with/-out kidney cysts (LRP5)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.