IllnessRenal cancer/hypernephroma, inherited; differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for Renal cancer/ hypernephroma, inherited, comprising 18 guideline-curated genes and altogether 21 curated genes according to the clinical signs
41,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
[Sanger]
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
AKT1 | 1443 | NM_005163.2 | AD | |
BAP1 | 2190 | NM_004656.4 | AD | |
CDC73 | 1596 | NM_024529.5 | AD | |
FH | 1533 | NM_000143.4 | AD | |
FLCN | 1740 | NM_144997.7 | AD | |
MET | 4227 | NM_001127500.3 | AD | |
PIK3CA | 3207 | NM_006218.4 | AD | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD, Sus | |
SDHA | 1995 | NM_004168.4 | AD | |
SDHB | 843 | NM_003000.3 | AD | |
SDHC | 510 | NM_003001.5 | AD | |
SDHD | 480 | NM_003002.4 | AD, Sus | |
SEC23B | 2304 | NM_006363.6 | AD | |
SMARCA4 | 5040 | NM_001128849.3 | AD | |
SMARCB1 | 1158 | NM_003073.5 | AD | |
TSC1 | 3495 | NM_000368.5 | AD | |
TSC2 | 5424 | NM_000548.5 | AD | |
VHL | 642 | NM_000551.4 | AD | |
CDKN2B | 417 | NM_004936.4 | AD | |
MITF | 1260 | NM_000248.4 | AD | |
TMEM127 | 717 | NM_017849.4 | AD |
Informations about the disease
Hereditary renal carcinomas could account for 5-8% of all renal carcinomas. The majority of primary renal malignancies are renal cell carcinomas (RCCs), which often have an early age of onset (≥45 years), typical histology, and frequent bilaterality and multicentricity of primary tumors. The aggressiveness of RCCs varies depending on the syndrome and the particular mutation. In RCC patients without the clear cell RCC subtype, the high-risk germline mutations are more frequent (12%). More than 15 syndromes with inherited susceptibility to renal cancer have been identified, and there are more than 25 known genes associated with them. Most renal malignancies are dominantly inherited. The aggressiveness of inherited renal cell carcinomas varies by syndrome and mutation. The diagnostic yield obtained by molecular genetics is currently unknown. Thus, a negative result does not represent any exclusion of clinical diagnosis.
Reference: DOI: 10.5772/intechopen.91933
- Alias: Hereditary papillary renal carcinoma with type 1 papillary tumors
- Alias: Renal [cell] carcinoma
- Alias: Renal cell carcinoma, clear cell type
- Alias: Renal cell carcinoma, solitary papillary type 2
- Alias: Renal hemangioblastoma
- Allelic: Cardiomyopathy, dilated, 1GG (SDHA)
- Allelic: Dyserythropoietic anemia, congenital, type II (SEC23B)
- Allelic: Lhermitte-Duclos disease (PTEN)
- Allelic: Mitochondrial complex II deficiency, nuclear type 1 (SDHA)
- Allelic: Neurodegeneration with ataxia and late-onset optic atrophy (SDHA)
- Allelic: Schwannomatosis-1, susceptibility to (SMARCB1)
- Birt-Hogg-Dube syndrome (FLCN)
- Coffin-Siris syndrome 3 (SMARCB1)
- Coffin-Siris syndrome 4 (SMARCA4)
- Cowden syndrome 1 (PTEN)
- Cowden syndrome 5 (PIK3CA)
- Cowden syndrome 6 (AKT1)
- Cowden syndrome 7 (SEC23B)
- Leiomyomatosis and renal cell cancer (FH)
- Paragangliomas 5 (SDHA)
- Renal carcinoma, chromophobe, somatic (FLCN)
- Renal cell carcinoma, papillary (PRCC)
- Renal cell carcinoma, papillary, 1, familial and somatic (MET)
- Renal cell carcinoma, somatic (VHL)
- Rhabdoid tumor predisposition syndrome 1 (SMARCB1)
- Rhabdoid tumor predisposition syndrome 2 (SMARCA4)
- Tumor predisposition syndrome (BAP1)
- von Hippel-Lindau syndrome (VHL)
- AD
- Sus
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.