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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
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IllnessShort-rib thoracic dysplasia. differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Short-rib thoracic dysplasia containing 6 core candidate genes and altogether 28 curated genes according to the clinical signs

ID
KP0939
Number of loci
Locus typeCount
Gen 21
Accredited laboratory test
Examined sequence length
28,7 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
73,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Loci

Gen

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
DYNC2H112945NM_001080463.2AR, digenisch
DYNC2I21611NM_052844.4AR
IFT1404389NM_014714.4AR
IFT802334NM_020800.3AR
NEK13777NM_012224.4AR, digenisch
WDR353546NM_001006657.2AR
CEP1202961NM_153223.4AR
CSPP13666NM_024790.6AR
DYNC2I13201NM_018051.5AR
DYNC2LI11438NM_016008.4AR
DYNLT2B429AR
EVC2979NM_153717.3AD, AR
EVC23927NM_147127.5AD, AR
IFT1223879NM_052985.4AR
IFT1725250NM_015662.3AR
IFT43642NM_052873.3AR
IFT521327NM_001303458.3AR
IFT812158NM_001143779.2AR
KIAA05865005NM_001244189.2AR
TTC21B3951NM_024753.5AR
WDR194029NM_025132.4AR

Informations about the disease

Clinical Comment

The short rib polydactyly syndromes (SRPS) are a genetically heterogeneous group of severe skeletal disorders. Characteristic findings in SRPS include short horizontal ribs, shortened appendicular long-bone limbs and polydactyly. Historically, four different types of SRPS have been differentiated: SRPS I (Saldino-Noonan syndrome), SRPS II (Majweski syndrome), SRPS III (Verma-Naumoff syndrome), SRPS IV (Beemer-Langer syndrome). Today, SRPS are classified as ciliopathies with severe skeletal involvement. This group of disorders also includes chondroectodermal dysplasia (Ellis-van Creveld syndrome, EVC), oral-facial-digital syndrome type 4 (Mohr-Majewski syndrome) and asphyxiating thoracic dystrophy (Jeune syndrome). While different radiographic and clinical features characterize the SRPS subtypes, there is significant phenotypic overlap due to transitional findings. SRPS (types I-IV) are associated with high lethality due to pulmonary hypoplasia and respiratory impairment; infants born alive usually die shortly after birth. The mode of inheritance is autosomal recessive, the DNA diagnostic yield is currently unknown. A negative molecular genetic result does not exclude the clinical diagnosis.

Referenz: https://doi.org/10.1016/B978-0-323-44548-1.00055-3

 

Synonyms
  • Alias: Asphyxiating thoracic dystrophy 5 (WDR19)
  • Alias: Jeune asphyxiating thoracic dystrophy (all genes of panel except EVC EVC2 WDR35)
  • Alias: Levi syndrome 1 (IFT122)
  • Alias: Majewski Syndrom (NEK1)
  • Alias: Polydactyly with neonatal chondrodystrophy, type II (NEK1)
  • Alias: Senior-Løken syndrome (EP290, IQCB1, NPHP1, NPHP4, SDCCAG8, TRAF3IP1, WDR19)
  • Alias: Sensenbrenner syndrome (IFT43, IFT52, IFT122, IFT140, WDR19, WDR35)
  • Allelic: Acrocallosal syndrome (KIF7)
  • Allelic: Amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 (NEK1)
  • Allelic: Cranioectodermal dysplasia 1 (IFT122)
  • Allelic: Cranioectodermal dysplasia 2 (WDR35)
  • Allelic: Cranioectodermal dysplasia 3 (IFT43)
  • Allelic: Cranioectodermal dysplasia 4 (WDR19)
  • Allelic: Ellis-van Creveld syndrome (EVC)
  • Allelic: Ellis-van Creveld syndrome (EVC2)
  • Allelic: Epilepsy, juvenile myoclonic, susceptibility to, 10 (CILK1 syn. ICK)
  • Allelic: Joubert syndrome 12 (KIF7)
  • Allelic: Joubert syndrome 21 (CSPP1)
  • Allelic: Joubert syndrome 23 (KIAA0586)
  • Allelic: Joubert syndrome 31 (CEP120)
  • Allelic: Nephronophthisis 12 (TTC21B)
  • Allelic: Nephronophthisis 13 (WDR19)
  • Allelic: Orofaciodigital syndrome XVII (INTU)
  • Allelic: Retinal dystrophy with macular staphyloma (CFAP410 syn. C21orf2)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 71 (IFT172)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 80 (IFT140)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 81 (IFT43)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome 8 (WDR19)
  • Allelic: Weyers acrofacial dysostosis (EVC)
  • Allelic: Weyers acrofacial dysostosis (EVC2)
  • Al-Gazali-Bakalinova syndrome (KIF7)
  • Allelic: Joubert syndrome 10 (OFD1)
  • Allelic: Orofaciodigital syndrome I (OFD1)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 23 (OFD1)
  • Endocrine-cerebroosteodysplasia (CILK1 syn. ICK)
  • Hydrolethalus syndrome (HYLS1)
  • Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
  • Hyperparathyroidism, transient neonatal (TRPV6)
  • Mainzer-Saldino syndrome (IFT140)
  • Orofaciodigital syndrome XIV (C2CD3)
  • Short-rib thoracic dysplasia 10 with/-out polydactyly (IFT172)
  • Short-rib thoracic dysplasia 11 with/-out polydactyly (DYNC2I2 syn. WDR34)
  • Short-rib thoracic dysplasia 13 with/-out polydactyly (CEP120)
  • Short-rib thoracic dysplasia 14 with polydactyly (KIAA0586)
  • Short-rib thoracic dysplasia 15 with polydactyly (DYNC2LI1)
  • Short-rib thoracic dysplasia 16 with/-out polydactyly (IFT52)
  • Short-rib thoracic dysplasia 17 with/-out polydactyly (TCTEX1D2)
  • Short-rib thoracic dysplasia 18 with polydactyly (IFT43)
  • Short-rib thoracic dysplasia 19 with/-out polydactyly (IFT81)
  • Short-rib thoracic dysplasia 2 with or without polydactyly (IFT80)
  • Short-rib thoracic dysplasia 20 with polydactyly (INTU)
  • Short-rib thoracic dysplasia 3 with/-out polydactyly (DYNC2H1)
  • Short-rib thoracic dysplasia 4 with/-out polydactyly (TTC21B)
  • Short-rib thoracic dysplasia 5 with/-out polydactyly (WDR19)
  • Short-rib thoracic dysplasia 6 with/-out polydactyly (NEK1)
  • Short-rib thoracic dysplasia 7 with/-out polydactyly (WDR35)
  • Short-rib thoracic dysplasia 8 with/-out polydactyly (DYNC2I1 syn. WDR60)
  • Short-rib thoracic dysplasia 9 with/-out polydactyly (IFT140)
  • Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 2 (OFD1)
  • Spondylometaphyseal dysplasia, axia (CFAP410 syn. C21orf2)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • digenisch
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.