IllnessShort-rib thoracic dysplasia. differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for Short-rib thoracic dysplasia containing 6 core candidate genes and altogether 28 curated genes according to the clinical signs
73,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
DYNC2H1 | 12945 | NM_001080463.2 | AR, digenisch | |
DYNC2I2 | 1611 | NM_052844.4 | AR | |
IFT140 | 4389 | NM_014714.4 | AR | |
IFT80 | 2334 | NM_020800.3 | AR | |
NEK1 | 3777 | NM_012224.4 | AR, digenisch | |
WDR35 | 3546 | NM_001006657.2 | AR | |
CEP120 | 2961 | NM_153223.4 | AR | |
CSPP1 | 3666 | NM_024790.6 | AR | |
DYNC2I1 | 3201 | NM_018051.5 | AR | |
DYNC2LI1 | 1438 | NM_016008.4 | AR | |
DYNLT2B | 429 | AR | ||
EVC | 2979 | NM_153717.3 | AD, AR | |
EVC2 | 3927 | NM_147127.5 | AD, AR | |
IFT122 | 3879 | NM_052985.4 | AR | |
IFT172 | 5250 | NM_015662.3 | AR | |
IFT43 | 642 | NM_052873.3 | AR | |
IFT52 | 1327 | NM_001303458.3 | AR | |
IFT81 | 2158 | NM_001143779.2 | AR | |
KIAA0586 | 5005 | NM_001244189.2 | AR | |
TTC21B | 3951 | NM_024753.5 | AR | |
WDR19 | 4029 | NM_025132.4 | AR |
Informations about the disease
The short rib polydactyly syndromes (SRPS) are a genetically heterogeneous group of severe skeletal disorders. Characteristic findings in SRPS include short horizontal ribs, shortened appendicular long-bone limbs and polydactyly. Historically, four different types of SRPS have been differentiated: SRPS I (Saldino-Noonan syndrome), SRPS II (Majweski syndrome), SRPS III (Verma-Naumoff syndrome), SRPS IV (Beemer-Langer syndrome). Today, SRPS are classified as ciliopathies with severe skeletal involvement. This group of disorders also includes chondroectodermal dysplasia (Ellis-van Creveld syndrome, EVC), oral-facial-digital syndrome type 4 (Mohr-Majewski syndrome) and asphyxiating thoracic dystrophy (Jeune syndrome). While different radiographic and clinical features characterize the SRPS subtypes, there is significant phenotypic overlap due to transitional findings. SRPS (types I-IV) are associated with high lethality due to pulmonary hypoplasia and respiratory impairment; infants born alive usually die shortly after birth. The mode of inheritance is autosomal recessive, the DNA diagnostic yield is currently unknown. A negative molecular genetic result does not exclude the clinical diagnosis.
Referenz: https://doi.org/10.1016/B978-0-323-44548-1.00055-3
- Alias: Asphyxiating thoracic dystrophy 5 (WDR19)
- Alias: Jeune asphyxiating thoracic dystrophy (all genes of panel except EVC EVC2 WDR35)
- Alias: Levi syndrome 1 (IFT122)
- Alias: Majewski Syndrom (NEK1)
- Alias: Polydactyly with neonatal chondrodystrophy, type II (NEK1)
- Alias: Senior-Løken syndrome (EP290, IQCB1, NPHP1, NPHP4, SDCCAG8, TRAF3IP1, WDR19)
- Alias: Sensenbrenner syndrome (IFT43, IFT52, IFT122, IFT140, WDR19, WDR35)
- Allelic: Acrocallosal syndrome (KIF7)
- Allelic: Amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to, 24 (NEK1)
- Allelic: Cranioectodermal dysplasia 1 (IFT122)
- Allelic: Cranioectodermal dysplasia 2 (WDR35)
- Allelic: Cranioectodermal dysplasia 3 (IFT43)
- Allelic: Cranioectodermal dysplasia 4 (WDR19)
- Allelic: Ellis-van Creveld syndrome (EVC)
- Allelic: Ellis-van Creveld syndrome (EVC2)
- Allelic: Epilepsy, juvenile myoclonic, susceptibility to, 10 (CILK1 syn. ICK)
- Allelic: Joubert syndrome 12 (KIF7)
- Allelic: Joubert syndrome 21 (CSPP1)
- Allelic: Joubert syndrome 23 (KIAA0586)
- Allelic: Joubert syndrome 31 (CEP120)
- Allelic: Nephronophthisis 12 (TTC21B)
- Allelic: Nephronophthisis 13 (WDR19)
- Allelic: Orofaciodigital syndrome XVII (INTU)
- Allelic: Retinal dystrophy with macular staphyloma (CFAP410 syn. C21orf2)
- Allelic: Retinitis pigmentosa 71 (IFT172)
- Allelic: Retinitis pigmentosa 80 (IFT140)
- Allelic: Retinitis pigmentosa 81 (IFT43)
- Allelic: Senior-Loken syndrome 8 (WDR19)
- Allelic: Weyers acrofacial dysostosis (EVC)
- Allelic: Weyers acrofacial dysostosis (EVC2)
- Al-Gazali-Bakalinova syndrome (KIF7)
- Allelic: Joubert syndrome 10 (OFD1)
- Allelic: Orofaciodigital syndrome I (OFD1)
- Allelic: Retinitis pigmentosa 23 (OFD1)
- Endocrine-cerebroosteodysplasia (CILK1 syn. ICK)
- Hydrolethalus syndrome (HYLS1)
- Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
- Hyperparathyroidism, transient neonatal (TRPV6)
- Mainzer-Saldino syndrome (IFT140)
- Orofaciodigital syndrome XIV (C2CD3)
- Short-rib thoracic dysplasia 10 with/-out polydactyly (IFT172)
- Short-rib thoracic dysplasia 11 with/-out polydactyly (DYNC2I2 syn. WDR34)
- Short-rib thoracic dysplasia 13 with/-out polydactyly (CEP120)
- Short-rib thoracic dysplasia 14 with polydactyly (KIAA0586)
- Short-rib thoracic dysplasia 15 with polydactyly (DYNC2LI1)
- Short-rib thoracic dysplasia 16 with/-out polydactyly (IFT52)
- Short-rib thoracic dysplasia 17 with/-out polydactyly (TCTEX1D2)
- Short-rib thoracic dysplasia 18 with polydactyly (IFT43)
- Short-rib thoracic dysplasia 19 with/-out polydactyly (IFT81)
- Short-rib thoracic dysplasia 2 with or without polydactyly (IFT80)
- Short-rib thoracic dysplasia 20 with polydactyly (INTU)
- Short-rib thoracic dysplasia 3 with/-out polydactyly (DYNC2H1)
- Short-rib thoracic dysplasia 4 with/-out polydactyly (TTC21B)
- Short-rib thoracic dysplasia 5 with/-out polydactyly (WDR19)
- Short-rib thoracic dysplasia 6 with/-out polydactyly (NEK1)
- Short-rib thoracic dysplasia 7 with/-out polydactyly (WDR35)
- Short-rib thoracic dysplasia 8 with/-out polydactyly (DYNC2I1 syn. WDR60)
- Short-rib thoracic dysplasia 9 with/-out polydactyly (IFT140)
- Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 2 (OFD1)
- Spondylometaphyseal dysplasia, axia (CFAP410 syn. C21orf2)
- AD
- AR
- digenisch
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.