Illness46XX - gonadal dysgenesis, differential diagnosis
Summary
A curated panel containing 11 core candidate genes and altogether 28 curated genes for the comprehensive analysis of the genetic causes of 46XX gonadal dysgenesis
29,2 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
[Sanger]
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
BMP15 | 1179 | NM_005448.2 | XL | |
FSHR | 2088 | NM_000145.4 | AR | |
GDF9 | 1365 | NM_005260.6 | AD | |
MCM9 | 3432 | NM_017696.3 | AR | |
MRPS22 | 1083 | NM_020191.4 | AR | |
NOG | 699 | NM_005450.6 | AD | |
NR5A1 | 1386 | NM_004959.5 | AD | |
NUP107 | 2778 | NM_020401.4 | AR | |
POU5F1 | 1083 | NM_002701.6 | AD | |
PSMC3IP | 654 | NM_016556.4 | AR | |
SOHLH1 | 1164 | NM_001101677.2 | AR | |
CYP21A2 | 1488 | NM_000500.9 | AR | |
EIF4ENIF1 | 3006 | NM_001164501.2 | AD | |
ESR2 | 1593 | NM_001437.3 | AD, AR | |
FANCM | 6147 | NM_020937.4 | AR |
Informations about the disease
Gonadal dysgenesis as in Turner syndrome (45X) can also occur in chromosomal mosaics (45X/46XX, 45X/46XX/47XXX, 45X/46XY). The common phenotype of 46XX gonadal dysgenesis includes normal stature, sexual infantilism, bilateral strand gonads, normal female internal and external genitalia and primary amenorrhoea. The streak gonad produces occasionally oestrogens or androgens, but malignant transformation is rare. Incomplete forms of this condition can lead to hypoplastic ovaries that produce enough oestrogen to cause some breast development and a few menstrual periods, followed by secondary amenorrhoea. This heterogeneous syndrome occurs sporadically, usually with autosomal recessive or dominant inheritance, in some cases it is associated with other congenital malformations. 46XX gonadal dysgenesis also occurs in association with autosomal recessively inherited congenital adrenal hyperplasia, which is usually caused by CYP21A2 mutations. Precursors of 17-hydroxyprogesterone are accumulated, converted to testosterone and cause virilisation of the female genitals. The total diagnostic yield of 46XX gonadal dysgenesis is slightly over 30%. An inconspicuous genetic finding does not mean that the suspected clinical diagnosis can be excluded with certainty.
Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK539886/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6182188/
- Alias: 46XX pure/complete gonadal dysgenesis
- Alias: Hypergonadotropic amenorrhea; Hypergonadotropic hypogonadism
- Allelic: 46XY sex reversal 3 (NR5A1)
- Allelic: Adrenal hyperplasia, congenital, due to 21-hydroxylase deficiency (CYP21A2)
- Allelic: Adrenocortical insufficiency (NR5A1)
- Allelic: Combined oxidative phosphorylation deficiency 5 (MRPS22)
- Allelic: D-bifunctional protein deficiency (HSD17B4)
- Allelic: Galloway-Mowat syndrome 7 (NUP107)
- Allelic: Hydrops, lactic acidosis + sideroblastic anemia (LARS2)
- Allelic: Mitochondrial DNA depletion syndrome 7, hepatocerebral type (TWNK)
- Allelic: Nephrotic syndrome, type 11 (NUP107)
- Allelic: Ovarian hyperstimulation syndrome (FSHR)
- Allelic: Ovarian response to FSH stimulation (FSHR)
- Allelic: Premature ovarian failure 4 (BMP15)
- Allelic: Progressive external ophthalmoplegia + mitochondrial DNA deletions, AD 3 (TWNK)
- Allelic: Spermatogenic failure 32 (SOHLH1)
- Allelic: Spermatogenic failure 8 (NR5A1)
- 17,20-lyase deficiency, isolated (CYP17A1)
- 17-alpha-hydroxylase/17,20-lyase deficiency (CYP17A1)
- 46XX sex reversal 4 (NR5A1)
- Allelic: Blepharophimosis, epicanthus inversus, and ptosis, type 1 (FOXl2)
- Allelic: Blepharophimosis, epicanthus inversus, and ptosis, type 2 (FOXl2)
- Allelic: Spermatogenic failure 28 (FANCM)
- Autoimmune polyendocrinopathy syndrome , type I, with/-out reversible metaphyseal dysplasia (AIRE)
- Gonadal Dysgenesis [genecards] (SPIDR)
- Hyperandrogenism, nonclassic type, due to 21-hydroxylase deficiency (CYP21A2)
- Ovarian dysgenesis 1 (FSHR)
- Ovarian dysgenesis 2 (BMP15)
- Ovarian dysgenesis 3 (PSMC3IP)
- Ovarian dysgenesis 4 (MCM9)
- Ovarian dysgenesis 5 (SOHLH1)
- Ovarian dysgenesis 6 (NUP107)
- Ovarian dysgenesis 7 (MRPS22)
- Ovarian dysgenesis 8 (ESR2)
- Perrault syndrome 1 (HSD17B4)
- Perrault syndrome 2 (HARS2)
- Perrault syndrome 3 (CLPP)
- Perrault syndrome 4 (LARS2)
- Perrault syndrome 5 (TWNK)
- Perrault syndrome 6 (ERAL1)
- Premature ovarian failure 14 (GDF9)
- Premature ovarian failure 15 (FANCM)
- Premature ovarian failure 3 (FOXl2)
- Premature ovarian failure 7 (NR5A1)
- Primary ovarian failure [MONDO:0005387] (MSH4)
- Primary ovarian insufficiency [panelapp amber] (NOG)
- Primary ovarian insufficiency [panelapp amber] (POLR2C)
- Primary ovarian insufficiency [panelapp amber] (POLR3H)
- Primary ovarian insufficiency [panelapp green] (MSH4)
- Primary ovarian insufficiency [panelapp green] (SOHLH1)
- AD
- AR
- XL
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.