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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
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IllnessAicardi-Goutières syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Aicardi-Goutières syndrome comprising 12 guideline-curated genes and another 15 curated genes according to the clinical signs

ID
AP0320
Number of genes
27 Accredited laboratory test
Examined sequence length
18,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
42,7 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ACP5978NM_001111034.3AR
ADAR2796NM_001111.5AR
DDX582778NM_014314.4AD
IFIH13078NM_022168.4AD
ISG15498NM_005101.4AR
OCLN1569NM_002538.4AR
PSMB8831NM_148919.4AR
RNASEH2A900NM_006397.3AR
RNASEH2B939NM_024570.4AR
RNASEH2C495NM_032193.4AR
SAMHD11881NM_015474.4AD
STING11140NM_198282.4AD
TREX1945NM_033629.6AD, AR
CTC13654NM_025099.6AR
DKC11545NM_001363.5XLR
EIF2B1918NM_001414.4AR
EIF2B21056NM_014239.4AR
EIF2B31359NM_020365.5AR
EIF2B41569NM_015636.4AR
EIF2B52166NM_003907.3AR
ERCC64482NM_000124.4AR
ERCC81191NM_000082.4AR
GFAP1299NM_002055.5AD
HEPACAM1251NM_152722.5AD, AR
MLC11134NM_015166.4AR
PLP1834NM_000533.5XLR
TINF21356NM_001099274.3AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Aicardi-Goutières syndrome is a disorder that primarily affects the brain, immune system and skin. Most newborns with the syndrome are asymptomatic; about 20% are born with hepatosplenomegaly, elevated liver enzymes, thrombocytopenia and neurologic abnormalities. This constellation is sometimes considered to reflect congenital infection. Within the first year of life, most children with Aicardi-Goutières syndrome experience an episode of severe encephalopathy lasting several months. The growth of the brain and skull slows, leading to microcephaly with inflammation and tissue damage in the central nervous system. This phase leads to permanent and severe neurological damage with mental retardation via leukodystrophy and calcification. Spasticity, dystonia and hypotonia develop in the trunk. Some patients have features of autoimmune disease resembling systemic lupus erythematosus, ~40% have chilblains. Visual disturbances, joint stiffness and oral ulcers may occur. Because of the severe neurologic problems that usually accompany, most patients do not survive childhood. Mutations in multiple genes can cause Aicardi-Goutières syndrome, and it can also have different inheritance patterns, in most cases an autosomal recessive and rarely a dominant pattern. The molecular genetic diagnostic yield reaches 99%, virtually always confirming the carefully established clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1475/

 

Synonyms
  • Alias: Encephalopathy with basal ganglia calcification
  • Alias: Encephalopathy with intracranial calcification + chron. lymphocytosis of cerebrospinal fluid
  • Alias: Encephalopathy, familial infantile, intracranial calcification, chronic liquor lymphocytosis
  • Allelic: Cerebrooculofacioskeletal syndrome 1 (ERCC6)
  • Allelic: Chilblain lupus (TREX1)
  • Allelic: Chilblain lupus 2 (SAMHD1)
  • Allelic: De Sanctis-Cacchione syndrome (ERCC6)
  • Allelic: Dyschromatosis symmetrica hereditaria (ADAR1)
  • Allelic: Lung cancer, susceptibility to (ERCC6)
  • Allelic: Macular degeneration, age-related, susceptibility to, 5 (ERCC6)
  • Allelic: Ovarioleukodystrophy (EIF2B2, EIF2B4, EIF2B5)
  • Allelic: Premature ovarian failure 11 (ERCC6)
  • Allelic: Spastic paraplegia 2, XL (PLP1)
  • Allelic: Systemic lupus erythematosus, susceptibility to (TREX1)
  • Allelic: UV-sensitive syndrome 1 (ERCC6)
  • Allelic: UV-sensitive syndrome 2 (ERCC8)
  • Allelic: Vasculopathy, retinal, with cerebral leukodystrophy (TREX1)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 1, AD + AR (TREX1)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 2 (RNASEH2B)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 3 (RNASEH2C)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 4 (RNASEH2A)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 5 (SAMHD1)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 6 (ADAR1)
  • Aicardi-Goutieres syndrome 7 (IFIH1)
  • Alexander disease (GFAP)
  • Cerebroretinal microangiopathy with calcifications + cysts (CTC1)
  • Cockayne syndrome, type A (ERCC8)
  • Cockayne syndrome, type B (ERCC6)
  • Dyskeratosis congenita, AD 3 (TINF2)
  • Dyskeratosis congenita, XL; Hoyeraal-Hreidarsson syndrome (DKC1)
  • Immunodeficiency 38 (ISG15)
  • Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B1)
  • Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B2)
  • Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B3)
  • Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B4)
  • Leukoencephalopathy with vanishing white matter (EIF2B5)
  • Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts (MLC1)
  • Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts 2A (HEPACAM)
  • Megalencephalic leukoencephalopathy, subcort. cysts 2B, remitting, with/-out ment. retard. (HEPACAM)
  • Pelizaeus-Merzbacher disease (PLP1)
  • Proteasome-associated autoinflammatory syndrome 1 + digenic forms (PSMB8)
  • Pseudo-TORCH syndrome 1 (OCLN)
  • Revesz syndrome (TINF2)
  • STING-associated vasculopathy, infantile-onset (STING1 syn. TMEM173)
  • Singleton-Merten syndrome 1 (IFIH1)
  • Singleton-Merten syndrome 2 (DDX58)
  • Spondyloenchondrodysplasia with immune dysregulation (ACP5)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.