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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessAlport syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Alport syndrome comprising 3 guideline-curated genes and altogether 5 curated genes according to the clinical signs

ID
AP0490
Number of genes
5 Accredited laboratory test
Examined sequence length
21,1 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
26,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
COL4A35013NM_000091.5AD, AR
COL4A45073NM_000092.5AR
COL4A55058NM_000495.5XL
MYH95883NM_002473.6AD
COL4A15010NM_001845.6AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Alport syndrome is characterized by progressive renal disease, hearing loss and ocular abnormalities with hematuria and proteinuria leading to terminal renal failure. These patients also often develop sensorineural hearing loss as well as anterior lenticonus and retinal discoloration, although the latter rarely leads to blindness. Hypacusis, ocular abnormalities and progressive renal function impairment are more common in men than in women. In most cases, Alport syndrome is inherited X-linked (COL4A5 gene); in the remaining cases, autosomal dominant forms predominate over recessive forms (both inheritance patterns are observed for, both, the COL4A3 and COL4A4 genes). In addition, digenic inheritance of the three aformentioned COL4A genes has been reported. Virtually all cases of clinically confirmed Alport syndrome are clarified by sequencing of the three genes mentioned, with COL4A5 mutations contributing more than 80%. Inconspicuous genetic findings virtually exclude the suspected clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1207/

 

Synonyms
  • Alias. Epstein syndrome
  • Alias: Fechtner syndrome (MYH9)
  • Allelic: Brain small vessel disease with/-out ocular anomalies (COL4A1)
  • Allelic: Deafness, AD 17 (MYH9)
  • Allelic: Hematuria, benign familial (COL4A3, COL4A4)
  • Allelic: Hemorrhage, intracerebral, susceptibility to (COL4A1)
  • Allelic: Microangiopathy + leukoencephalopathy, pontine, AD (COL4A1)
  • Allelic: Retinal arteries, tortuosity of (COL4A1)
  • Alport syndrome 1, XL (COL4A5)
  • Alport syndrome 2, AR (COL4A3, COL4A4)
  • Alport syndrome 3, AD (COL4A3)
  • Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms, muscle cramps (COL4A1)
  • Macrothrombocytopenia, granulocyte inclusions with/-out nephritis, sensorineural hearing loss (MYH9)
  • Nephropathy + deafness [+ocular anomalies] (COL4A5)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.