IllnessAnorectal malformations, differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for anal atresia and anorectal malformations comprising 3 core/core candidate genes and altogether 26 curated genes according to the clinical signs
| Locus type | Count | 
|---|---|
| Gen | 15 | 
42,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
 
NGS +
[Sanger]
Loci
Gen
| Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity | 
|---|---|---|---|---|
| CCNQ | 685 | NM_001130997.3 | XL | |
| SALL1 | 3975 | NM_002968.3 | AD | |
| SALL4 | 3162 | NM_020436.5 | AD | |
| CDX1 | 798 | NM_001804.3 | AD | |
| DACT1 | 2515 | NM_001079520.2 | XL | |
| EDNRB | 1329 | NM_000115.5 | AD, AR, Sus | |
| FANCB | 2580 | NM_001018113.3 | XLR | |
| FOXF1 | 1140 | NM_001451.3 | AD | |
| GLI3 | 4743 | NM_000168.6 | AD | |
| KDM6A | 4206 | NM_021140.4 | XL | |
| MED12 | 6534 | NM_005120.3 | XL | |
| MID1 | 2004 | NM_000381.4 | XLR | |
| RECQL4 | 3628 | NM_004260.4 | AR | |
| RET | 3345 | NM_020975.6 | n.k. | |
| ZIC3 | 1404 | NM_003413.4 | XLR | 
Informations about the disease
see acro-renal-ocular syndrome, Duane, IVIC, Okihiro, Townes-Brook syndromes; VACTERL genes as DD, see also PP0016; anorectal malformarions included
- Alias: Anal atresia
 - Allelic: Alveolar capillary dysplasia with misalignment of pulmonary veins (FOXF1)
 - Allelic: Baller-Gerold syndrome [craniosynostosis, radial aplasia] (RECQL4)
 - Allelic: Central hypoventilation syndrome, congenital (RET)
 - Allelic: Congenital heart defects, nonsyndromic, 1, XL (ZIC3)
 - Allelic: Fanconi anemia, complementation group B (FANCB)
 - Allelic: Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GLI3)
 - Allelic: Heterotaxy, visceral, 1, XL (ZIC3)
 - Allelic: Hirschsprung disease, protection against (RET)
 - Allelic: Hirschsprung disease, susceptibility to, 1 (RET)
 - Allelic: Hirschsprung disease, susceptibility to, 2 (EDVRB)
 - Allelic: Hypothalamic hamartomas, somatic (GLI3)
 - Allelic: Intellectual developm. disorder + microcephaly with pontine + cerebellar hypoplasia (CASK)
 - Allelic: Lujan-Fryns syndrome [mental retardation, XL; marfanoid habitus] (MED12)
 - Allelic: Medullary thyroid carcinoma (RET)
 - Allelic: Mental retardation, with/-out nystagmus (CASK)
 - Allelic: Multiple endocrine neoplasia IIA + IIB (RET)
 - Allelic: Ohdo syndrome, XL [blepharophimosis, mental retardation] (MED12)
 - Allelic: Pallister-Hall syndrome (GLI3)
 - Allelic: Peripheral neuropathy, myopathy, hoarseness + hearing loss (MYH14)
 - Allelic: Pheochromocytoma (RET)
 - Allelic: Polydactyly, postaxial, types A1 + B (GLI3)
 - Allelic: Polydactyly, preaxial, type IV (GLI3)
 - Allelic: RAPADILINO syndrome [radial + patellar aplasia/hypoplasia] (RECQL4)
 - Allelic: Rhabdoid tumor predisposition syndrome 2 (SMARCA4)
 - Allelic: Rothmund-Thomson syndrome, type 2 [poikiloderma, cong. bone defects, osteosarc.] (RECQL4)
 - Allelic: Waardenburg syndrome, type 4A (EDNRB)
 - ABCD syndrome [Albinism, Black lock, Cell migration disorder of gut, Deafness] (EDNRB)
 - Anorectal malformation (CASK, CDX1, CDX2, FANCB, FOXF1, GLI3, MED12, MNX1, MYCN, MYH14, RET, ZIC3)
 - Bardet-Biedl syndrome 1 (BBS1)
 - Coffin-Siris syndrome 4 (SMARCA4)
 - Currarino syndrome [part. sacral agenesis, presacral mass, anorectal malformation] (MNX1)
 - Duane-radial ray [Okihiro; acro-renal-ocular] syndrome (SALL4)
 - FG syndrome 4 (CASK)
 - Fanconi anemia, complementation group C (FANCC)
 - Feingold syndrome 1 (MYCN)
 - Helsmoortel-van der Aa syndrome (ADNP)
 - IVIC [upper limb anomalies, extraoc. motor disturb., cong. bilateral hearing loss] syndrome (SALL4)
 - Intellectual developmental disorder, AD 70 (SETD2)
 - Kabuki syndrome 2 (KDM6A)
 - Luscan-Lumish syndrome (SETD2)
 - Menke-Hennekam syndrome 1 (CREBBP)
 - Menke-Hennekam syndrome 2 (EP300)
 - Opitz GBBB syndrome, type I [hypertelorism, esophageal abnormality, hypospadias] (MID1)
 - Opitz-Kaveggia [FG] syndrome [ment. retard., macrocephal, imperfor. anus, corp. call. agen.] (MED12)
 - Pallister-Hall syndrome (GLI3)
 - Rabin-Pappas syndrome (SETD2)
 - Rubinstein-Taybi syndrome 1 (CREBBP)
 - Rubinstein-Taybi syndrome 2 (EP300)
 - STAR syndrome; toe Syndactyly, Telecanthus, Anogenital + Renal malformations (CCNQ)
 - Townes-Brocks branchiootorenal-like syndrome (SALL1)
 - Townes-Brocks syndrome 1 (SALL1)
 - Townes-Brocks syndrome 2 (DACT1)
 - VACTERL association with hydrocephalus (FANCB)
 - VACTERL association, XL (ZIC3)
 - VATER/VACTERL assoc., Alveolar capillary dysplasia + misalignment of pulmonary veins (FOXF1)
 
- AD
 - AR
 - Sus
 - XL
 - XLR
 - n.k.
 
- Multiple OMIM-Ps
 
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
 - EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
 - Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
 - Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
 - Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
 - eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
 - unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
 - unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
 - unsere umfassenden klinischen Aussagen
 
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
 - Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
 - es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
 - die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
 - Gen-Konversionen
 - komplexe Inversionen
 - Balancierte Translokationen
 - Mitochondriale Varianten
 - Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
 - nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
 - niedriger Mosaik-Status
 - Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
 - Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
 - Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
 - Varianten innerhalb von Pseudogenen
 - die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
 
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.