IllnessAutism I, differential diagnosis
Summary
A consolidated panel containing 9 guideline-curated and altogether 36 curated genes for the orientating analysis of inherited autism spectrum diseases
164,9 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
- array, 2. FRAX, 3. Gene: MECP2, PTEN recommended in ACMG guidelines NGS + [Sanger]
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
ADSL | 1455 | NM_000026.4 | AR | |
DHCR7 | 1428 | NM_001360.3 | AR | |
FMR1 | 1899 | NM_002024.6 | XL | |
MECP2 | 1461 | NM_004992.4 | XL | |
MED12 | 6534 | NM_005120.3 | n.k. | |
PAH | 1359 | NM_000277.3 | AR | |
TSC1 | 3495 | NM_000368.5 | Ass | |
TSC2 | 5424 | NM_000548.5 | Ass | |
UPF3B | 1452 | NM_080632.3 | XLR | |
ADNP | 3309 | NM_015339.5 | AD | |
ANK2 | 11874 | NM_001148.6 | AD | |
ARID1B | 6750 | NM_001374820.1 | n.k. | |
ASH1L | 8895 | NM_018489.3 | AD | |
ASXL3 | 6747 | NM_030632.3 | AD | |
CHD2 | 5487 | NM_001271.4 | n.k. | |
CHD8 | 7746 | NM_001170629.2 | AD | |
CUL3 | 2307 | NM_003590.5 | n.k. | |
DSCAM | 5985 | NM_001389.5 | n.k. | |
DYRK1A | 2292 | NM_001396.5 | AD | |
GRIN2B | 4455 | NM_000834.5 | AD | |
KATNAL2 | 1401 | NM_031303.3 | AD | |
KMT2A | 11919 | NM_001197104.2 | Ass | |
KMT5B | 1182 | NM_017635.5 | AD | |
MYT1L | 3555 | NM_015025.4 | AD | |
NAA15 | 2601 | NM_057175.5 | AD | |
NF1 | 8457 | NM_001042492.3 | AD | |
NF2 | 1788 | NM_000268.4 | AD | |
POGZ | 4233 | NM_015100.4 | AD | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD | |
RELN | 10383 | NM_005045.4 | n.k. | |
SCN2A | 6018 | NM_021007.3 | n.k. | |
SETD5 | 4329 | NM_001080517.3 | AD | |
SHANK3 | 5386 | NM_001372044.2 | AD | |
SYNGAP1 | 4032 | NM_006772.3 | n.k. | |
TBR1 | 2049 | NM_006593.4 | AD | |
TRIP12 | 5979 | NM_004238.3 | AD |
Informations about the disease
Autism spectrum disorders (ASD) are developmental disorders with particular social, communication and behavioural problems. Genetic alterations are risk factors for the development of ASD in addition to other mostly unknown causes. ASDs appear in early childhood, four times more frequently in boys than girls. Inheritance is generally multifactorial, i.e. several genes interact in a complex way with each other and with environmental influences. Inconspicuous genetic findings tend to be the rule.
Reference: https://www.awmf.org/leitlinien/detail/ll/028-018.html
- Autism spectrum disorder, ASD
- Allelic: Cardiac arrhythmia, ankyrin-B-related (ANK2)
- Allelic: Episodic ataxia, type 9 (SCN2A)
- Allelic: Long QT syndrome 4 (ANK2)
- Allelic: Pseudohypoaldosteronism, type IIE (CUL3)
- Allelic: Schizophrenia 15 (SJANK3)
- Allelic: Seizures, benign familial infantile, 3 (SCN2A)
- Allelic: VATER association, macrocephaly, ventriculomegaly; Susceptibility to tumor types (PTEN)
- Adenylosuccinase deficiency (ADSL)
- Angelman syndrome (UBE3A)
- Autism susceptibility, XL 3 (MECP2)
- Autism, susceptibility to, 18 (CHD8)
- Bainbridge-Ropers syndrome (ASXL§)
- Coffin-Siris syndrome 1 (ARID1B)
- Cortical dysplasia-focal epilepsy syndrome; Pitt-Hopkins like syndrome 1 (CNTNAP2)
- Developmental + epileptic encephalopathy 11 (SCN2A)
- Developmental + epileptic encephalopathy 27 (GRIN2B)
- Developmental + epileptic encephalopathy 94 (CHD2)
- Down syndrome + congenital heart disease [OMIM] (DSCAM)
- Encephalopathy, neonatal severe; Angelman syndrome (MECP2)
- Epilepsy, familial temporal lobe, 7 (RELN)
- Fragile X syndrome (FMR1_CCG)
- Helsmoortel-Van der Aa syndrome; Mental retardation AD, 28 (ADNP)
- Intellectual developmental disorder with autism + speech delay (TBR1)
- Intellectual developmental disorder, AD 50, with behavioral abnormalities (NAA15)
- Intellectual developmental disorder, AD 6, with/-out seizures (GRIN2B)
- Intellectual developmental disorder, AD 64 (ZNF292)
- Intellectual developmental disorder, XL 72 (RAB39B)
- Intellectual developmental disorder, XL syndromic 14 (UPF3)
- Intellectual developmental disorder, XL syndromic, Lubs type (MECP2)
- Intellectual developmental disorder, XL, syndromic 13 (MECP2)
- Lissencephaly 2, Norman-Roberts type (RELN)
- Lujan-Fryns syndrome (MED12)
- Macrocephaly/autism syndrome (PTEN)
- Mental retardation with language impairment + autistic features, MRLIAF (FOXP1)
- Mental retardation, AD 23 (SETD5)
- Mental retardation, AD 26; Syndromic intellectual disability (AUTS2)
- Mental retardation, AD 39 (MYT1L)
- Mental retardation, AD 49 (TRIP12)
- Mental retardation, AD 5 (SYNGAP1)
- Mental retardation, AD 51 (KMT5B)
- Mental retardation, AD 52 (ASH1L)
- Mental retardation, AD 7 (DYRK1A)
- Neurodevelopmental disorder with/-out autism or seizures (CUL3)
- Ohdo syndrome, XL (MED12)
- Opitz-Kaveggia syndrome (MED12)
- Phelan-McDermid syndrome; Rett syndrome-like phenotype (SHANK3)
- Phenylketonuria (PAH)
- Pitt-Hopkins syndrome; Corneal dystrophy, Fuchs endothelial, 3 (TCF4)
- Pitt-Hopkins-like syndrome 2; Schizophrenia, susceptibility to, 17; Autism (NRXN1)
- Rett syndrome (MECP2)
- Rett syndrome, atypical (MECP2)
- Rett syndrome, preserved speech variant (MECP2)
- Smith-Lemli-Opitz syndrome (DHCR7)
- Tourette syndrome; Epileptic encephalopathy, childhood-onset (CHD2)
- Tuberous sclerosis-1 + -2 (TSC1, TSC2)
- Waisman syndrome (RAB39B)
- White-Sutton syndrome (POGZ)
- Wiedemann-Steiner syndrome (KMT2A)
- AD
- AR
- Ass
- XL
- XLR
- n.k.
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.