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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessBranchio-oto-renal syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

A curated panel containing 3 genes for the comprehensive analysis of the genetically caused forms of the branchio-oto-renal syndrome

ID
BP0080
Number of genes
3 Accredited laboratory test
Examined sequence length
4,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
- (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
EYA11779NM_000503.6AD
SIX1855NM_005982.4AD
SIX52220NM_175875.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Branchiootorenal syndrome (BOR) causes malformations of the ears and kidneys. The symptoms of this veritable spectrum of BOR vary widely, even among members of the same family. Branchiooto syndrome has many of the same features as BOR syndrome, but without kidney abnormalities. Some affected individuals have lateral fistulas in the neck just above the collarbone that open in the mouth near the tonsils. Most patients also have hearing loss and other ear abnormalities. The hearing loss may be sensorineural or mixed, and some affected individuals have preauricular dimples or appendages. Renal abnormalities range from mild to severe and may affect both kidneys. In some cases, end-stage renal disease develops later in life. Mutations in the EYA1, SIX1 and SIX5 genes cause the syndrome. About 40% of patients have a mutation in the EYA1 gene. SIX1 mutations are much rarer, and SIX5 mutations are really seldomly detected. The syndrome is mostly inherited in an autosomal dominant manner, a few remaining cases are due to new mutations in the aforementioned genes. Since the molecular genetic diagnostic yield is only about 50%, a negative DNA test result does not exclude the clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1380/

 

Synonyms
  • Alias: BOR
  • Alias: Bor-Syndrom
  • Alias: Branchio-oto-renal syndrome
  • Alias: Branchio-otorenal dysplasia
  • Alias: Branchio-otorenal syndrome
  • Alias: Branchiootic syndrome
  • Alias: Branchiootorenal dysplasia
  • Alias: Branchiootorenal spectrum disorders
  • Alias: Branchiootorenal syndrome
  • Alias: Melnick-Fraser syndrome (EYA1)
  • Allelic: Anterior segment anomalies with/-out cataract (EYA1)
  • Allelic: Deafness, AD 23 (SIX1)
  • Branchiootic syndrome 1 (EYA1)
  • Branchiootic syndrome 3 (SIX1)
  • Branchiootorenal syndrome 1, with/-out cataracts (EYA1)
  • Branchiootorenal syndrome 2 (SIX5)
  • Otofaciocervical syndrome (EYA1)
  • bor
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.