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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessCalcinosis, tumorous; differential diagnosis

Summary

Short information

A curated panel containing 4 and altogether 11 genes for the comprehensive differentially diagnostic analysis of the genetically caused forms of Hyperphosphatemic familial tumoral calcinosis

ID
KP5847
Number of genes
6 Accredited laboratory test
Examined sequence length
10,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
16,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
FGF23756NM_020638.3AR
GALNT31902NM_004482.4AR
KL3039NM_004795.4AR
SAMD94770NM_001193307.2AR
COL1A14395NM_000088.4AD
GNAS1185NM_000516.7; NM_016592.3; NM_080425.3AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Hyperphosphatemic familial tumorous calcinosis (HFTC) is characterized by deposits in childhood or (early) adulthood in and just under the skin around the joints, often on the hips, shoulders and elbows. Deposits may also occur in the soft tissues of the feet, legs, hands, and less commonly in blood vessels or the brain. HFTC develops quite gradually, and the deposits vary in size and can affect joint function. Other symptoms include ocular abnormalities (corneal calcification or angioid streaks in Bruch's membrane), inflammation of the diaphyses or hyperostosis and dental abnormalities. Low-symptom microlithiasis may develop in the testes. A similar condition like HTFC, hyperphosphatemia-hyperostosis syndrome, also results in elevated blood phosphate levels, excessive bone growth and bone lesions; it is now thought to be a mild variant of HFTC. Mutations in the FGF23, GALNT3, KL or SAMD9 genes cause HFTC; the disease is inherited in an autosomal recessive manner. Although the DNA diagnostic yield reaches >90% in typical cases, a negative molecular genetic result does not exclude clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK476672/

 

Synonyms
  • Alias: Familial Tumoral Calcinosis
  • Alias: Hyperostosis-hyperphosphatemia syndrome
  • Alias: Hyperphosphatemia hyperostosis syndrome
  • Alias: Hyperphosphatemia tumoral calcinosis
  • Alias: Hyperphosphatemic familial tumoral calcinosis
  • Alias: Morbus Teutschländer (GALNT3)
  • Alias: Primary Hyperphosphatemic Tumoral Calcinosis
  • Allelic: ACTH-independent macronodular adrenal hyperplasia (GNAS)
  • Allelic: Bone mineral density variation QTL, osteoporosis (COL1A1)
  • Allelic: Combined osteogenesis imperfecta + Ehlers-Danlos syndrome 1 (COL1A1)
  • Allelic: Diabetes mellitus, non-insulin-dependent, susceptibility to (ENPP1)
  • Allelic: Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 1 (COL1A1)
  • Allelic: Hypophosphatemic rickets, AD (FGF23)
  • Allelic: Hypophosphatemic rickets, Ar, 2 (ENPP1)
  • Allelic: McCune-Albright syndrome, somatic, mosaic (GNAS)
  • Allelic: Obesity, susceptibility to (ENPP1)
  • Allelic: Osteogenesis imperfecta, type I-IV (COL1A1)
  • Allelic: Porphyria, hepatoerythropoietic (UROD)
  • Allelic: Pseudohypoparathyroidism Ia, Ib, Ic (GNAS)
  • Allelic: Pseudopseudohypoparathyroidism (GNAS)
  • Allelic: Pseudoxanthoma elasticum (ABCC6)
  • Allelic: Pseudoxanthoma elasticum, forme fruste (ABCC6)
  • Arterial calcification, generalized, of infancy, 1 (ENPP1)
  • Arterial calcification, generalized, of infancy, 2 (ABCC6)
  • Caffey disease (COL1A1)
  • Calcification of joints + arteries (NT5E)
  • Cole disease (ENPP1)
  • Fibrodysplasia ossificans progressiva (ACVR1)
  • MIRAGE syndrome (SAMD9)
  • Osseous heteroplasia, progressive (GNAS)
  • Porphyria cutanea tarda (UROD)
  • Tumoral calcinosis, familial, normophosphatemic (SAMD9)
  • Tumoral calcinosis, hyperphosphatemic, familial, 1 (GALNT3)
  • Tumoral calcinosis, hyperphosphatemic, familial, 2 (FGF23)
  • Tumoral calcinosis, hyperphosphatemic, familial, 3 (KL)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.