IllnessGestörter Cobalamin-Metabolismus, Differentialdiagnose

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for disturbed Cobalamin metabolism comprising 9 or 21 curated genes according to the clinical signs

CP4527

Number of loci

Loci type	Count
Gen	21

Accredited laboratory test

Examined sequence length

20,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
46,8 kb (Extended panel: incl. additional genes)

Analysis Duration

on request

Test material

EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)

Diagnostic indications

NGS +

Loci panel

Gen

Name	Exon Length (bp)	OMIM-G	Referenz-Seq.	Heredity
ABCD4	1821	603214	NM_005050.4	AR
CBS	1656	613381	NM_000071.3	AR
HCFC1	6108	300019	NM_005334.3	XLR
LMBRD1	1623	612625	NM_018368.4	AR
MMACHC	849	609831	NM_015506.3	AR
MMADHC	891	611935	NM_015702.3	AR
MTHFR	1971	607093	NM_005957.5	AR
MTR	3798	156570	NM_000254.3	AR
MTRR	2097	602568	NM_002454.3	AR
ACSF3	1731	614245	NM_001127214.4	AR
AMN	1362	605799	NM_030943.4	AR
CBLIF	1254	609342	NM_005142.2	AR
CD320	849	606475	NM_016579.4	AR
CUBN	10872	602997	NM_001081.4	AR
MMAA	1257	607481	NM_172250.3	AR
MMAB	753	607568	NM_052845.4	AR
MMUT	2253	609058	NM_000255.4	AR
SUCLA2	1392	603921	NM_003850.3	AR
TCN2	1284	613441	NM_000355.4	AR
THAP11	946	609119	NM_020457.3	AR
ZNF143	1935	603433	NM_003442.6	AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Disorders causing primarily isolated homocystinuria: CBS deficiency (classic homocystinuria), MTHFR deficiency

Disorders causing primarily methylmalonic MUT, MMAA, MMAB genes; SUCLA2 deficiency; MMADHC

"benign methylmalonic acidemia", Reye-like syndrome, combined malonic and methylmalonic acidemia ACSF3 pathogenic variants

Intrinsic factor deficiency, congenital pernicious anemia GIF gene

Synonyms

Alias: Cobalamin-Stoffwechsel- und Transport-Störung
Alias: Disorders of Intracellular Cobalamin Metabolism
Allelic: Neural tube defects, folate-sensitive, susceptibility to (MTR, MTRR)
Allelic: Neural tube defects, susceptibility to (MTHFR)
Allelic: Schizophrenia, susceptibility to (MTHFR)
Allelic: Thromboembolism, susceptibility to (MTHFR)
Allelic: Thrombosis, hyperhomocysteinemic (CBS)
Allelic: Vascular disease, susceptibility to (MTHFR)
Combined malonic + methylmalonic aciduria (ACSF3)
Disorder of intracellular cobalamin metabolism (THAP11, ZNF143)
Homocystinuria due to MTHFR deficiency (MTHFR)
Homocystinuria, B6-responsive + nonresponsive types (CBS)
Homocystinuria, cblD type, variant 1 (MMADHC)
Homocystinuria-megaloblastic anemia, cbl E type (MTRR)
Homocystinuria-megaloblastic anemia, cblG complementation type (MTR)
Imerslund-Grasbeck syndrome 1 (CUBN)
Imerslund-Grasbeck syndrome 2 (AMN)
Intrinsic factor deficiency (GIF syn. CBLIF)
Mental retardation, XL 3; methylmalonic acidemia + homocysteinemia, cblX type (HCFC1)
Methylmalonic aciduria + homocystinuria, cblC type (MMACHC)
Methylmalonic aciduria + homocystinuria, cblC type, digenic (PRDX1)
Methylmalonic aciduria + homocystinuria, cblD type (MMADHC)
Methylmalonic aciduria + homocystinuria, cblF type (LMBRD1)
Methylmalonic aciduria + homocystinuria, cblJ type (ABCD4)
Methylmalonic aciduria, cblD type, variant 2 (MMHDAC)
Methylmalonic aciduria, mut[0] type (MUT)
Methylmalonic aciduria, transient, due to transcobalamin receptor defect (CD320)
Methylmalonic aciduria, vitamin B12-responsive, cblA type (MMAA)
Methylmalonic aciduria, vitamin B12-responsive, cblB type (MMAB)
MtDNA depletion syndrome 5, encephalomyopathic with/-out methylmalonic aciduria (SUCLA2)
Transcobalamin II deficiency (TCN2)

Heredity, heredity patterns etc.

OMIM-Ps

Multiple OMIM-Ps

ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

DAkkS-akkreditiertes Labor
EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
Gen-Konversionen
komplexe Inversionen
Balancierte Translokationen
Mitochondriale Varianten
Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
niedriger Mosaik-Status
Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
Varianten innerhalb von Pseudogenen
die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.