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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessHydrocephalus, X linked; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Hydrozephalus, X-chromosomal, containing 1 core gene and altogether 18 curated genes according to the clinical signs

ID
HP0710
Number of genes
14 Accredited laboratory test
Examined sequence length
21,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
52,0 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • Amniotic fluid (after amnocentesis)
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
CCDC88C6087NM_001080414.4AR
L1CAM3774NM_000425.5XLR
MPDZ6126NM_003829.5AR
WDR815826NM_001163809.2AR
AP1S2474NM_003916.5XLR
EBP693NM_006579.3XL
FANCB2580NM_001018113.3XL
FLNA7920NM_001456.4XL
HDAC63648NM_006044.4XL
IDS1653NM_000202.8XLR
MTM11812NM_000252.3XLR
RPS6KA32223NM_004586.3XL
USP9X7713NM_001039590.3XL
ZIC31404NM_003413.4XLR

Informations about the disease

Clinical Comment

A genetic etiology is suspected in nearly half of the cases of congenital hydrocephalus. However, only 3% of all cases are associated with defined gene mutations. The most common mutations involve the L1CAM gene, where the hydrocephalus is caused primarily by the obstructed flow of cerebrospinal fluid via an aqueductal stenosis. Here, the hydrocephalus is often severe, begins prenatally and may be the predominant clinical feature. On the other hand, L1CAM mutations cause the so-called L1 syndrome with two clinical phenotypes in addition to the mentioned X-linked hydrocephalus with stenosis of the Sylvian aqueduct: MASA syndrome (Mental Retardation, Aphasia, Spastic Paraplegia, Adducted Thumb) with X-linked complicated hereditary spastic paraplegia type 1 and finally X-linked complex agenesis of the corpus callosum. Yet aqueductal stenosis is not a constant feature of L1 syndrome. In addition, rarely, other mutated X-linked genes (AP1S2 etc.) as well as mutations in a number of autosomal genes may be responsible for hydrocephalus development. However, since most hydrocephalus cases are multifactorial, the molecular genetic yield is not yet well defined. An unremarkable genetic finding does not mean exclusion of the suspected clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1484/

 

Synonyms
  • Alias: Hydrocephalus with stenosis of the aqueduct of Sylvius, HSAS
  • Alias: XL acqueductal stenosis
  • Alias: XL hydrocephalus
  • Alias: XL hydrocephalus with stenosis of aqueduct of Sylvius
  • Allelic: CRASH syndrome; Gareis-Mason syndrome (L1CAM)
  • Allelic: Cardiac valvular dysplasia, XL (FLNA)
  • Allelic: Cerebellar ataxia, mental retardation + dysequilibrium syndrome 2 (WDR81)
  • Allelic: Chondrodysplasia punctata, XLD (EBP)
  • Allelic: Congenital short bowel syndrome (FLNA)
  • Allelic: Corpus callosum, partial agenesis of (L1CAM)
  • Allelic: FG syndrome 2 (FLNA)
  • Allelic: Frontometaphyseal dysplasia 1 (FLNA)
  • Allelic: Heterotopia, periventricular, 1 (FLNA)
  • Allelic: Hydranencephaly with abnormal genitalia (ARX)
  • Allelic: Intestinal pseudoobstruction, neuronal (FLNA)
  • Allelic: Lissencephaly, XL 2 (ARX)
  • Allelic: MASA syndrome (L1CAM)
  • Allelic: Otopalatodigital syndrome, type I (FLNA)
  • Allelic: Otopalatodigital syndrome, type II (FLNA)
  • Allelic: Partington syndrome (ARX)
  • Allelic: Proud syndrome (ARX)
  • Allelic: Spinocerebellar ataxia 40 (CCDC88C)
  • Allelic: Terminal osseous dysplasia (FLNA)
  • Allelic: VACTERL association, XL (ZIC3)
  • Chondrodysplasia with platyspondyly, distinct brachydactyly, hydrocephaly, microphthalmia (HDAC6)
  • Coffin-Lowry syndrome (RPS6KA3)
  • Developmental + epileptic encephalopathy 1 (ARX)
  • Fanconi anemia, complementation group B (FANCB)
  • Hydrocephalus due to aqueductal stenosis (L1CAM)
  • Hydrocephalus with Hirschsprung disease (L1CAM)
  • Hydrocephalus with congenital idiopathic intestinal pseudoobstruction (L1CAM)
  • Hydrocephalus, congenital, 1 (CCDC88C)
  • Hydrocephalus, congenital, 2, with/-out brain or eye anomalies (MPDZ)
  • Hydrocephalus, congenital, 3, with brain anomalies (WDR81)
  • MEND syndrome (EBP)
  • Melnick-Needles syndrome (FLNA)
  • Mental retardation, XL 19 (RPS6KA3)
  • Mental retardation, XL 29 + others (ARX)
  • Mental retardation, XL 99 (USP9X)
  • Mental retardation, XL 99, syndromic, female-restricted (USP9X)
  • Mental retardation, XL syndromic 5 (AP1S2)
  • Mental retardation, XL, syndromic 32 (CLIC2)
  • Mucopolysaccharidosis II (IDS)
  • Myotubular myopathy, XL (MTM1)
  • VACTERL-H, XL (ZIC3)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AR
  • XL
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.