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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessHyperoxaluria, primary; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Hyperoxaluria (primary) comprising 4 and altogether 6 curated genes according to the clinical signs

ID
HP0970
Number of genes
4 Accredited laboratory test
Examined sequence length
5,3 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
- (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
AGXT1179NM_000030.3AR
GRHPR987NM_012203.2AR
HOGA1984NM_138413.4AR
SLC26A12106NM_022042.4AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Primary hyperoxaluria is a rare condition characterized by recurrent kidney and bladder stones, often leading to end-stage renal disease. Hyperoxaluria results from overproduction of oxalate. Oxalate can form calcium oxalate, the main component of urinary stones, and cause hematuria, urinary tract infections, kidney damage and injury to other organs. Over time, systemic oxalosis can occur in the bones (resulting in fractures) and in the walls of blood vessels. In primary hyperoxaluria type 1, kidney stones typically occur between childhood and early adulthood; end-stage renal disease can develop at any age. Type 2 is similar to type 1, but end-stage kidney disease develops later in the course. In type 3, affected individuals often develop kidney stones in early childhood. Mutations in the AGXT, GRHPR and HOGA1 genes cause primary hyperoxaluria of types 1, 2 and 3, respectively; they prevent glyoxylate breakdown. The disease is inherited in an autosomal recessive manner. A comprehensive differential diagnosis of nephrolithiasis due to calcium oxalate stones includes three other genes. The molecular genetic diagnostic yield exceeds 50%; therefore, a negative mutation test result does not exclude the clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1283/

 

Synonyms
  • Alias: Congenital oxaluria
  • Alias: D-glycerate dehydrogenase deficiency
  • Alias: Glyceric aciduria
  • Alias: Glycolic aciduria
  • Alias: Hepatic AGT deficiency
  • Alias: Oxalosis
  • Alias: Oxaluria, primary
  • Alias: Peroxisomal alanine: glyoxylate aminotransferase deficiency
  • Alias: Primary oxalosis
  • Alias: Primary oxaluria
  • DD: Zellweger disorders: hyperoxaluria appears correlated with degree of neurologic signs
  • Adenine phosphoribosyltransferase deficiency (APRT)
  • Dent disease 1 (CLCN5)
  • Hyperoxaluria, primary, type 1 (AGXT)
  • Hyperoxaluria, primary, type II (GRHPR)
  • Hyperoxaluria, primary, type III (HOGA1)
  • Hypophosphatemic rickets (CLCN5)
  • Nephrolithiasis, calcium oxalate (SLC26A1)
  • Nephrolithiasis, type I (CLCN5)
  • Proteinuria, low molecular weight, with hypercalciuric nephrocalcinosis (CLCN5)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.