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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessKabuki syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Kabuki syndrome comprising 2 and altogether 12 curated genes according to the clinical signs

ID
KP5230
Number of genes
11 Accredited laboratory test
Examined sequence length
20,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
45,8 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
KDM6A4206NM_021140.4XL
KMT2D16614NM_003482.4AD
CHD78994NM_017780.4AD
EYA11779NM_000503.6AD
FLNB7809NM_001457.4AD
IRF61404NM_006147.4AD
PQBP1798NM_005710.2XLR
RAP1A555NM_001010935.3AR
RAP1B555NM_015646.6AD
SIX1855NM_005982.4AD
SIX52220NM_175875.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Kabuki syndrome is a rare congenital multisystem disorder with multiple features including typical facial features, postnatally reduced body length with slow growth, varying degrees of cognitive ability and skeletal malformations. Other organ systems (heart, urogenital system, gastrointestinal system, etc.) may be affected, although the symptoms may vary considerably between patients. Molecular genetic mutations are identified in 70% of cases, ¾ of which in the KMT2D gene, more rarely in the KDM6A gene; differential diagnosis is based on a range of almost ten genes in the panel.

References: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK62111/https://jmg.bmj.com/content/56/2/89

 

Synonyms
  • Alias: Kabuki make-up syndrome
  • Alias: Mental retardation, postnatal dwarfism
  • Allelic: ALL1 related gene (KMT2D)
  • Allelic: Anterior segment anomalies with/-out cataract (EYA1)
  • Allelic: Atelosteogenesis, type I (FLNB)
  • Allelic: Atelosteogenesis, type III (FLNB)
  • Allelic: Boomerang dysplasia (FLNB)
  • Allelic: Deafness, AD 23 (SIX1)
  • Allelic: Hypogonadotropic hypogonadism 5 with/-out anosmia (CHD7)
  • Allelic: Myeloid/lymphoid or Mixed lineage leukemia 4 [MLL4] (KMT2D)
  • Allelic: Myeloid/lymphoid or mixed lineage leukemia 2 [MLL2] (KMT2D)
  • Allelic: Orofacial cleft 6 (IRF6)
  • Allelic: Popliteal pterygium syndrome 1 (IRF6)
  • Allelic: Spondylocarpotarsal synostosis syndrome (FLNB)
  • Branchiootic syndrome 1 (EYA1)
  • Branchiootic syndrome 3 (SIX1)
  • Branchiootorenal syndrome 1, with/-out cataracts (EYA1)
  • Branchiootorenal syndrome 2 (SIX5)
  • CHARGE syndrome (CHD7)
  • Kabuki syndrome 1 (KMT2D)
  • Kabuki syndrome 2 (KDM6A)
  • Kabuki-like syndrome [panelapp] (RAP1A)
  • Kabuki-like syndrome [panelapp] (RAP1B)
  • Larsen syndrome (FLNB)
  • Otofaciocervical syndrome (EYA1)
  • Renpenning syndrome (PQBP1)
  • Ubiquitously Trancribed tetratricopeptide repeat gene on Y chromosome (UTY)
  • van der Woude syndrome (IRF6)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.