IllnessNeurodegeneration with brain iron accumulation, NBIA; differential diagnosis
Summary
A comprehensive panel for Neurodegeneration with brain iron accumulation, NBIA, differential diagnosis, containing 4 "core" genes, 8 "core candidate" genes and altogether 23 curated genes according to the clinical suspicion
30,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
ATP13A2 | 3543 | NM_022089.4 | AR | |
C19orf12 | 459 | NM_001031726.3 | AD, AR | |
COASY | 1695 | NM_025233.7 | AR | |
CP | 3198 | NM_000096.4 | AR | |
DCAF17 | 1563 | NM_025000.4 | AR | |
FA2H | 1119 | NM_024306.5 | AR | |
FTL | 528 | NM_000146.4 | AD, AR | |
PANK2 | 1713 | NM_153638.4 | AR | |
PLA2G6 | 2421 | NM_003560.4 | AR | |
RAB39B | 642 | NM_171998.4 | XLR | |
WDR45 | 1086 | NM_007075.4 | XL | |
CRAT | 1881 | NM_000755.5 | AR | |
KIF1A | 5073 | NM_004321.8 | AD, AR | |
PSEN1 | 1404 | NM_000021.4 | AD | |
REPS1 | 2467 | NM_001128617.3 | AR | |
SCP2 | 1644 | NM_002979.5 | AR |
Informations about the disease
Neurodegeneration with brain iron accumulation (NBIA) represents a group of rare, genetic neurological disorders characterised by iron deposits in the basal ganglia, detectable by MRI e.g. in the globus pallidus and substantia nigra. NBIA may occur from infancy to adulthood. The disease can progress rapidly or slowly, with long periods of stability. The symptoms can vary widely from case to case. The clinical manifestations relate to muscle function and/or progressive movement disorders, e.g. dystonia, choreoathetosis, spasticity as well as parkinsonism. Progressive dystonia can lead to loss of speech as well as uncontrollable tongue biting, blepharospasm and torticollis. In most forms of NBIA, eye disorders occur in addition such as retinal degeneration and optic atrophy. Cerebral and cerebellar atrophy are also commonly observed. Beta-propeller protein-associated and pantothenate kinase-associated neurodegeneration together account for three quarters of NBIA. In some forms, there are developmental delays, especially regarding the motor skills. Among the cognitive impairments, thinking, perception and other mental processes are often relatively spared. All monogenic inheritance patterns are observed. If NBIA is suspected on the basis of MRI findings, the "core candidate gene panel" includes more than a dozen genes, the broader differential diagnosis about twice as many. Although the molecular genetic yield can reach 85%, a negative DNA test result does not exclude the clinical diagnosis.
Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK121988/
- Alias: Neurodegeneration with brain iron accumulation, NBIA
- Allelic: Acne inversa, familial, 3 (PSEN1)
- Allelic: Hyperostosis cranalis interna (SLC39A14)
- Allelic: Myopathy, distal, with rimmed vacuoles (SQSTM1)
- Alzheimer disease, type 3 (PSEN1)
- Alzheimer disease, type 3, with spastic paraparesis + apraxia (PSEN1)
- Alzheimer disease, type 3, with spastic paraparesis + unusual plaques (PSEN1)
- Cardiomyopathy, dilated, 1U (PSEN1)
- Cerebellar ataxia (CP)
- Choreoacanthocytosis (VPS13A)
- Dementia, frontotemporal (PSEN1)
- Dystonia 28, childhood-onset (KMT2B)
- Frontotemporal dementia +/or amyotrophic lateral sclerosis 3 (SQSTM1)
- Fucosidosis (FUCA1)
- Glutaricaciduria, type I (GCDH)
- HARP [Hyperprebetalipoproteinemia, Acanthocyt., Retinit. pigment., Pallidal degen.] syndrome (PANK2)
- Hemosiderosis, systemic, due to aceruloplasminemia (CP)
- Hyperferritinemia-cataract syndrome (FTL)
- Hypermanganesemia + dystonia 2 (SLC39A14)
- Hypoceruloplasminemia, hereditary (CP)
- Infantile neuroaxonal dystrophy 1 (PLA2G6)
- Kufor-Rakeb syndrome (ATP13A2)
- L-ferritin deficiency, AD + AR (FTL)
- Leukoencephalopathy with dystonia + motor neuropathy (SCP2)
- Mental retardation, XL 72 (RAB39B)
- NESCAV [NEurodeg., Spasticity +/- Cerebellar Atrophy or cortical Visual impairment] syndrome (KIF1A)
- Neurodegeneration with ataxia, dystonia + gaze palsy, childhood-onset (SQSTM1)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 1 (PANK2)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 2A, 2B (PLA2G6)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 3 (FTL)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 4 (C19orf12)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 5 (WDR45)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 6 (COASY)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 7 (REPS1)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 8 (CRAT)
- Neurodegeneration, childhood-onset, with brain atrophy (UBTF)
- Neuropathy, hereditary sensory, type IIC (KIF1A)
- Paget disease of bone 3 (SQSTM1)
- Parkinson disease 14, AR (PLA2G6)
- Pick disease (PSEN1)
- Pontocerebellar hypoplasia, type 12 (COASY)
- Spastic paraplegia 30, AD (KIF1A)
- Spastic paraplegia 30, AR (KIF1A)
- Spastic paraplegia 35, AR (FA2H)
- Spastic paraplegia 43, AR (C19orf12)
- Spastic paraplegia 78, AR (ATP13A2)
- Waisman syndrome (RAB39B)
- Woodhouse-Sakati syndrome (DCAF17)
- AD
- AR
- XL
- XLR
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.