IllnessPantothenate-kinase-associated neurodegeneration, differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for Pantothenate-kinase-associated neurodegeneration comprising 12 or altogether 14 curated genes according to the clinical signs
Loci type | Count |
---|---|
Gen | 14 |
24,0 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
Loci panel
Gen
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
ATP13A2 | 3543 | NM_022089.4 | AR | |
C19orf12 | 459 | NM_001031726.3 | AR, AD | |
COASY | 1695 | NM_025233.7 | AR | |
CP | 3198 | NM_000096.4 | AR | |
DCAF17 | 1563 | NM_025000.4 | AR | |
FA2H | 1119 | NM_024306.5 | AR | |
FTL | 528 | NM_000146.4 | AD | |
PANK2 | 1713 | NM_153638.4 | AR | |
PLA2G6 | 2421 | NM_003560.4 | AR | |
RAB39B | 642 | NM_171998.4 | XLR | |
SCP2 | 1644 | NM_002979.5 | AR | |
WDR45 | 1086 | NM_007075.4 | XL | |
CRAT | 1881 | NM_000755.5 | AR | |
REPS1 | 2467 | NM_001128617.3 | AR |
Informations about the disease
The most common type of neurodegeneration with brain iron accumulation, rare neurodegenerative disorder with progressive extrapyramidal dysfunction (dystonia, rigidity, choreoathetosis), iron accumulation in brain, axonal spheroids in the central nervous system
DD to classic PKAN (early clinical changes): intellectual disability with Dandy-Walker malformation, Fucosidosis (FUCA1 gene), Leigh syndrome (many nuclear genes and mt mutations), Infantile neuroaxonal dystrophy (PLA2G6 gene).
Primary familial brain calcification (PDGFB, PDGFRB, SLC20A2 genes).
Aceruloplasminemia (CP gene).
Neuroferritinopathy (FTL gene).
Steele-Richardson-Olzewski syndrome (MAPT gene).
?Leukoencephalopathy with dystonia and motor neuropathy (SCP2 gene).
Waisman syndrome, X-linked mental retardation-72 with early-onset Parkinson disease (RAB39B gene).
- Alias: PKAN
- Allelic: Cerebellar ataxia (CP)
- Allelic: HARP syndrome (PANK2)
- Allelic: Hyperferritinemia-cataract syndrome (FTL)
- Allelic: Hypoceruloplasminemia, hereditary (CP)
- Allelic: L-ferritin deficiency, AD + AR (FTL)
- Allelic: Mental retardation, XL 72 (RAB39B)
- Allelic: Parkinson disease 14, AR (PLA2G6)
- Allelic: Pontocerebellar hypoplasia, type 12 (COASY)
- Fatty acid hydrolase-associated neurodegeneration (FA2H)
- Hemosiderosis, systemic, due to aceruloplasminemia (CP)
- Infantile neuroaxonal dystrophy 1 [NBIA2A] (PLA2G6)
- Kufor-Rakeb syndrome (ATP13A2)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 1 [NBIA1], obsolete Hallervorden-Spatz synd. (PANK2)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 2B (PLA2G6)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 3 (FTL)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 4 (C19orf12)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 5 (WDR45)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 6 (COASY)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 7 (REPS1)
- Neurodegeneration with brain iron accumulation 8 (CRAT)
- PKAN (PANK2)
- Spastic paraplegia 35, AR (FA2H)
- Spastic paraplegia 43, AR (ATP13A2)
- Spastic paraplegia 78, AR (ATP13A2)
- Sterol carrier protein 2 deficiency (SCP2)
- Waisman syndrome (RAB39B)
- Woodhouse-Sakati syndrome (DCAF17)
- AD
- AR
- XL
- XLR
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.