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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPolyposis, familial adenomatous; FAP

Summary

Short information

Curated single gene sequence analysis according to the clinical suspicion familial adenomatous polyposis, FAP

ID
FS0070
Number of genes
1 Accredited laboratory test
Examined sequence length
8,6 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
- (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
APC8532NM_000038.6AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Familial adenomatous polyposis (FAP; Gardner syndrome) is a cancer predisposition syndrome characterized by hundreds to thousands of adenomatous colorectal polyps, with near universal progression to colorectal carcinoma by age 35-40 years. FAP causes less than 1% of all cases of colorectal carcinoma in Western countries. The majority of FAP cases are caused by germline mutations in the APC gene and are inherited in an autosomal dominant manner, although de novo germline mutations occur in up to one-third of cases. A milder, autosomal recessive form of FAP typically develops fewer than 100 polyps; it is caused by mutations in the MUTYH gene. In the differential diagnosis, consider Lynch syndrome (hereditary non-polyposis colon cancer, HNPCC), MSH3-associated polyposis, Peutz-Jeghers syndrome, PTEN hamartoma tumor syndrome, juvenile polyposis syndrome, hereditary mixed polyposis syndrome, NTHL1-associated polyposis and finally neurofibromatosis type 1. The detection probability of a pathogenic APC variant is highly dependent on the severity of colonic polyposis and family history. Detection rates are higher in classic polyposis than in attenuated phenotypes and higher in individuals with a positive family history. Pathogenic APC variants are detected in <30% of patients with attenuated phenotypes. Therefore, the clinical diagnosis cannot be excluded with certainty by a negative molecular genetic result.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1345/

 

Synonyms
  • Alias: Colorectal adenomatous polyposis
  • Alias: Familial polyposis coli, FAP
  • Alias: Gardner syndrome
  • Allelic: APC-related attenuated familial adenomatous polyposis (APC)
  • Allelic: Adenoma, periampullary, somatic (APC)
  • Allelic: Brain tumor-polyposis syndrome 2 (APC)
  • Allelic: Colorectal cancer, somatic (APC)
  • Allelic: Desmoid disease, hereditary (APC)
  • Allelic: Gastric adenocarcinoma + proximal polyposis of the stomach (APC)
  • Allelic: Gastric cancer, somatic (APC)
  • Allelic: Hepatoblastoma, somatic (APC)
  • Adenomatous polyposis coli (APC)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.