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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
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IllnessPränatales Joubert-Syndromspektrum, Differentialdiagnose

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Prenatal Joubert syndrome spectrum comprising 6 guideline-curated and altogether 42 curated genes according to the clinical signs

ID
PP0009
Number of loci
Loci typeCount
Gen36
Accredited laboratory test
Examined sequence length
35,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
95,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • Amniotic fluid (after amnocentesis)
  • Chorionic villus
  • Umbilical cord blood
Diagnostic indications

NGS +

 

Loci panel

Gen

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
AHI13591NM_017651.5AR
CC2D2A4863NM_001080522.2AR
CEP2907440NM_025114.4AR
CPLANE19864NM_023073.4AR
KIAA05865005NM_001244189.2AR
MKS11680NM_017777.4AR
TMEM672988NM_153704.6AR
ARL13B1287NM_182896.3AR
ARL3549NM_004311.4AR
ARMC93275NM_025139.6AR
B9D1615NM_015681.5AR
B9D2528NM_030578.4AR
C2CD35892NM_015531.6AR
CEP1043059NM_014704.4AR
CEP1202961NM_153223.4AR
CEP411122NM_018718.3AR
CSPP13666NM_024790.6AR
FAM149B12067NM_173348.2AR
HYLS1900NM_145014.3AR
IFT1725250NM_015662.3AR
INPP5E1945NM_019892.6AR
KIF74032NM_198525.3AR
NPHP12202NM_000272.5AR
OFD13039NM_003611.3XL
PDE6D453NM_002601.4AR
PIBF12274NM_006346.4AR
RPGRIP1L3948NM_015272.5AR
SUFU1455NM_016169.4AR
TCTN11764NM_001082538.3AR
TCTN22094NM_024809.5AR
TCTN31824NM_015631.6AR
TMEM107514NM_032354.5AR
TMEM138489NM_016464.5AR
TMEM216438NM_001173990.3AR
TMEM2311110NM_001077416.2AR
TMEM2371227NM_001044385.3AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Joubert syndrome + related disorders are developmental delay/multiple congenital anomaly syndromes in which the mandatory feature is the `molar tooth sign', a complex midbrain-hindbrain malformation (cerebellar vermis hypodysplasia, thickening + malorientation of superior cerebellar peduncles, abnormally deep interpeduncular fossa)

 

Synonyms
  • Alias: Cerebellooculorenal syndrome
  • Alias: Cerebellooculorenal syndrome 1
  • Alias: Cerebelloparenchymal disorder IV
  • Alias: Joubert-Boltshauser syndrome
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 14, modifier of (TMEM67)
  • Allelic: Basal cell naevus syndrome (SUFU)
  • Allelic: Cone-rod dystrophy 20 (POC1B)
  • Allelic: Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
  • Allelic: Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Allelic: Medulloblastoma, desmoplastic (SUFU)
  • Allelic: Meningioma, familial, susceptibility to (SUFU)
  • Allelic: Mental retardation, truncal obesity, retinal dystrophy + micropenis (INPP5E)
  • Allelic: Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Allelic: Nephronophthisis 11 (TMEM67)
  • Allelic: Nephronophthisis 12 (TTC21B)
  • Allelic: Nephronophthisis 14 (ZNF423)
  • Allelic: Nephronophthisis 3 (NPHP3)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 23 (OFD1)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 71 (IFT172)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 83 (ARL3)
  • Acrocallosal syndrome (KIF7)
  • Al-Gazali-Bakalinova syndrome (KIF7)
  • Bardet-Biedl syndrome 13 (MKS1)
  • Bardet-Biedl syndrome 14 (CEP290)
  • COACH syndrome (CC2D2A, RPGRIP1L, TMEM67)
  • Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GLI3)
  • Hydrolethalus syndrome (HYLS1)
  • Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
  • Joubert syndrome 1 (INPP5E)
  • Joubert syndrome 10 (OFD1)
  • Joubert syndrome 12 (KIF7)
  • Joubert syndrome 13 (TCTN1)
  • Joubert syndrome 14 (TMEM237)
  • Joubert syndrome 15 (CEP41)
  • Joubert syndrome 16 (TMEM138)
  • Joubert syndrome 17 (CPLANE1 syn. C5orf42)
  • Joubert syndrome 18 (TCTN3)
  • Joubert syndrome 19 (ZNF423)
  • Joubert syndrome 2 (TMEM216)
  • Joubert syndrome 20 (TMEM231)
  • Joubert syndrome 21 (CSPP1)
  • Joubert syndrome 22 (PDE6D)
  • Joubert syndrome 23 (KIAA0586)
  • Joubert syndrome 24 (TCTN2)
  • Joubert syndrome 25 (CEP104)
  • Joubert syndrome 27 (B9D1)
  • Joubert syndrome 28 (MKS1)
  • Joubert syndrome 3 (AHI1)
  • Joubert syndrome 30 (ARMC9)
  • Joubert syndrome 31 (CEP120)
  • Joubert syndrome 32 (SUFU)
  • Joubert syndrome 33 (PIBF1)
  • Joubert syndrome 34 (B9D2)
  • Joubert syndrome 35 (ARL3)
  • Joubert syndrome 36 (FAM149B1)
  • Joubert syndrome 4 (NPHP1)
  • Joubert syndrome 5 (CEP290)
  • Joubert syndrome 6 (TMEM67)
  • Joubert syndrome 7 (RPGRIP1L)
  • Joubert syndrome 8 (ARL13B)
  • Joubert syndrome 9 (CC2D2A)
  • Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Meckel syndrome 1 (MKS1)
  • Meckel syndrome 10 (B9D2)
  • Meckel syndrome 11 (TMEM231)
  • Meckel syndrome 13 (TMEM107)
  • Meckel syndrome 2 (TMEM216)
  • Meckel syndrome 3 (TMEM67)
  • Meckel syndrome 4 (CEP290)
  • Meckel syndrome 5 (RPGRIP1L)
  • Meckel syndrome 6 (CC2D2A)
  • Meckel syndrome 7 (NPHP3)
  • Meckel syndrome 8 (TCTN2)
  • Meckel syndrome 9 (B9D1)
  • Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Orofaciodigital syndrome I (OFD1)
  • Orofaciodigital syndrome IV (TCTN3)
  • Orofaciodigital syndrome VI (CPLANE1 syn. C5orf42)
  • Orofaciodigital syndrome XIV (C2CD3)
  • Orofaciodigital syndrome XV (KIAA0753)
  • Orofaciodigital syndrome XVI (TMEM107)
  • Pallister-Hall syndrome (GLI3)
  • Polydactyly, postaxial, types A1 + B (GLI3)
  • Polydactyly, preaxial, type IV (GLI3)
  • RHYNS syndrome (TMEM67)
  • Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 1 (NPHP3)
  • Senior-Loken syndrome (POC1B)
  • Senior-Loken syndrome 1 (NPHP1)
  • Senior-Loken syndrome 6 (CEP290)
  • Short-rib thoracic dysplasia 10 with/-out polydactyly (IFT172)
  • Short-rib thoracic dysplasia 13 with/-out polydactyly (CEP120)
  • Short-rib thoracic dysplasia 14 with polydactyly (KIAA0586)
  • Short-rib thoracic dysplasia 4 with/-out polydactyly (TTC21B)
  • Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 2 (OFD1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AR
  • XL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.