©istock.com/Andrea Obzerova
Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPrenatal anophthalmia / microphthalmia, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Prenatal anophthalmia / microphthalmia containing 9 core candidate genes and altogether 49 curated genes according to the clinical signs

ID
PP0001
Number of loci
Locus typeCount
Gen 45
Accredited laboratory test
Examined sequence length
11,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
137,7 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • Amniotic fluid (after amnocentesis)
  • Chorionic villus
  • Umbilical cord blood
Diagnostic indications

NGS +

 

Loci

Gen

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ALDH1A31539NM_000693.4AR
FOXE3960NM_012186.3AR
MFRP1740NM_031433.4AR
OTX2870NM_172337.3AD
PAX21254NM_003987.5AD
RAX1041NM_013435.3AR
SOX2954NM_003106.4AD
STRA62004NM_001142617.2AR
VSX21086NM_182894.3AR
BCOR5166NM_017745.6XL
BMP41227NM_001202.6AD
CHD78994NM_017780.4AD
COL4A15010NM_001845.6AD, Mult
ERCC1972NM_202001.3AR
FAT113767NM_005245.4AR
FOXC11662NM_001453.3AD
FRAS112039NM_025074.7AR
FREM16540NM_144966.7AR
FREM29510NM_207361.6AR
GDF31095NM_020634.3AD
GDF61368NM_001001557.4AR
GJA11149NM_000165.5AD
GRIP13231NM_021150.4AR
HCCS807NM_005333.5XL
KMT2D16614NM_003482.4AD
MAB21L21080NM_006439.5AD, AR
MITF1260NM_000248.4AD, AR
MYRF3506NM_001127392.3AD
NAA10663NM_001256119.2XL
NDUFB11462NM_001135998.3XL
PAX61269NM_000280.5AD
PITX2816NM_153427.2AD
PRSS561812NM_001195129.2AR
RAB18621NM_021252.5AR
RAB3GAP12946NM_012233.3AR
RAB3GAP24182NM_012414.4AR
RARB1347NM_000965.5AD, AR
SHH1389NM_000193.4AD
SIX6741NM_007374.3AR
SMO2364NM_005631.5AD
SMOC11308NM_001034852.3AR
TBC1D201212NM_144628.4AR
TENM38100NM_001080477.4AR
TFAP2A1296NM_001032280.3AD
TMEM98681NM_001033504.2AD

Informations about the disease

Clinical Comment

see Anophthalmie, Mikrophthalmie, Anophthalmos, Microphthalmos

 

Synonyms
  • Alias: Prenatal anophthalmia/microphthalmia
  • Allelic: Atrioventricular septal defect 3 (GJA1)
  • Allelic: Cataract 11, syndromic, AR (PITX3)
  • Allelic: Craniometaphyseal dysplasia, AR (GJA1)
  • Allelic: Culler-Jones syndrome (GLI2)
  • Allelic: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 3 (GJA1)
  • Allelic: Holoprosencephaly 3 (SHH)
  • Allelic: Hypogonadotropic hypogonadism 5 with/-out anosmia (CHD7)
  • Allelic: Hypoplastic left heart syndrome 1 (GJA1)
  • Allelic: Klippel-Feil syndrome 1, AD (GDF6)
  • Allelic: Klippel-Feil syndrome 3, AD (GDF3)
  • Allelic: Leber congenital amaurosis 17 (GDF6)
  • Allelic: Linear skin defects with multiple congenital anomalies 1 (HCCS)
  • Allelic: Multiple synostoses syndrome 4 (GDF6)
  • Allelic: Ogden syndrome (NAA10)
  • Allelic: Optic nerve hypoplasia + abnormalities of the CNS (SOX2)
  • Allelic: Orofacial cleft 11 (BMP4)
  • Allelic: Palmoplantar keratoderma with congenital alopecia (GJA1)
  • Allelic: Pituitary hormone deficiency, combined, 6 (OTX2)
  • Allelic: Retinal dystrophy, early-onset, with/-out pituitary dysfunction (OTX2)
  • Allelic: Schizencephaly (SHH)
  • Allelic: Single median maxillary central incisor (SHH)
  • Allelic: Syndactyly, type III (GJA1)
  • Allelic: Waardenburg syndrome, type 2A (MITF)
  • Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes (PITX3)
  • Anterior segment dysgenesis 2, multiple subtypes (FOXE3)
  • Anterior segment dysgenesis 4 (PITX2)
  • Anterior segment dysgenesis 5, multiple subtypes (PAX6)
  • Brain small vessel disease with/-out ocular anomalies (COL4A1)
  • Branchiooculofacial syndrome (TFAP2A)
  • CHARGE [Coloboma; Heart anomaly; Atresia, choanal; mental R, Genital + Ear anomal.] syndrome (CHD7)
  • COMMAD syndrome (MITF)
  • Cardiac-urogenital syndrome (MYRF)
  • Cataract 1, multiple types (GJA8)
  • Cerebrooculofacioskeletal syndrome 4 (ERCC1)
  • Colobomatous microphthalmia [panelapp] (FAT1)
  • Cryptophthalmos, unilateral or bilateral, isolated (FREM2)
  • Curry-Jones syndrome, somatic mosaic (SMO)
  • Fraser syndrome 1 (FRAS1)
  • Fraser syndrome 2 (FREM2)
  • Fraser syndrome 3 (GRIP1)
  • Holoprosencephaly 9 (GLI2)
  • Kabuki syndrome 1 (KMT2D)
  • Linear skin defects with multiple congenital anomalies 2 (COX7B)
  • Linear skin defects with multiple congenital anomalies 3 (NDFB11)
  • Manitoba oculotrichoanal syndrome (FREM1)
  • Microphthalmia with coloboma 3 (VSX2)
  • Microphthalmia with coloboma 5 (SHH)
  • Microphthalmia with coloboma 6 (GDF3)
  • Microphthalmia with coloboma 6, digenic (GDF6)
  • Microphthalmia with limb anomalies (SMOC1)
  • Microphthalmia, isolated 2 (VSX2)
  • Microphthalmia, isolated 3 (RAX)
  • Microphthalmia, isolated 4 (GDF6)
  • Microphthalmia, isolated 5 (MFRP)
  • Microphthalmia, isolated 6 (PRSS56)
  • Microphthalmia, isolated 7 (GDF3)
  • Microphthalmia, isolated 8 (ALDH1A3)
  • Microphthalmia, isolated, with coloboma 8 (STRA6)
  • Microphthalmia, isolated, with coloboma 9 (TENM3)
  • Microphthalmia, syndromic 1 (NAA10)
  • Microphthalmia, syndromic 12 (RARB)
  • Microphthalmia, syndromic 15 (TENM3)
  • Microphthalmia, syndromic 2 (BCOR)
  • Microphthalmia, syndromic 3 (SOX2)
  • Microphthalmia, syndromic 5 (OTX2)
  • Microphthalmia, syndromic 6 (BMP4)
  • Microphthalmia, syndromic 9 (STRA6)
  • Microphthalmia/coloboma and skeletal dysplasia syndrome (MAB21L2)
  • Nanophthalmos 2 (MFRP)
  • Nanophthalmos 4 (TMEM98)
  • Neurooculocardiogenitourinary syndrome (WDR37)
  • Oculodentodigital dysplasia, AR (GJA1)
  • Optic disc anomalies with retinal and/or macular dystrophy (SIX6)
  • Papillorenal syndrome (PAX2)
  • Pontocerebellar hypoplasia, type 6 (RARS2)
  • Warburg micro syndrome 1 (RAB3GAP1)
  • Warburg micro syndrome 2 (RAB3GAP2)
  • Warburg micro syndrome 3 (RAB18)
  • Warburg micro syndrome 4 (TBC1D)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • Mult
  • XL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.