IllnessPrenatal anophthalmia / microphthalmia, differential diagnosis
Summary
Comprehensive differential diagnostic panel for Prenatal anophthalmia / microphthalmia containing 9 core candidate genes and altogether 49 curated genes according to the clinical signs
137,7 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- Amniotic fluid (after amnocentesis)
- Chorionic villus
- Umbilical cord blood
NGS +
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
ALDH1A3 | 1539 | NM_000693.4 | AR | |
FOXE3 | 960 | NM_012186.3 | AR | |
MFRP | 1740 | NM_031433.4 | AR | |
OTX2 | 870 | NM_172337.3 | AD | |
PAX2 | 1254 | NM_003987.5 | AD | |
RAX | 1041 | NM_013435.3 | AR | |
SOX2 | 954 | NM_003106.4 | AD | |
STRA6 | 2004 | NM_001142617.2 | AR | |
VSX2 | 1086 | NM_182894.3 | AR | |
BCOR | 5166 | NM_017745.6 | XL | |
BMP4 | 1227 | NM_001202.6 | AD | |
CHD7 | 8994 | NM_017780.4 | AD | |
COL4A1 | 5010 | NM_001845.6 | AD, Mult | |
ERCC1 | 972 | NM_202001.3 | AR | |
FAT1 | 13767 | NM_005245.4 | AR | |
FOXC1 | 1662 | NM_001453.3 | AD | |
FRAS1 | 12039 | NM_025074.7 | AR | |
FREM1 | 6540 | NM_144966.7 | AR | |
FREM2 | 9510 | NM_207361.6 | AR | |
GDF3 | 1095 | NM_020634.3 | AD | |
GDF6 | 1368 | NM_001001557.4 | AR | |
GJA1 | 1149 | NM_000165.5 | AD | |
GRIP1 | 3231 | NM_021150.4 | AR | |
HCCS | 807 | NM_005333.5 | XL | |
KMT2D | 16614 | NM_003482.4 | AD | |
MAB21L2 | 1080 | NM_006439.5 | AD, AR | |
MITF | 1260 | NM_000248.4 | AD, AR | |
MYRF | 3506 | NM_001127392.3 | AD | |
NAA10 | 663 | NM_001256119.2 | XL | |
NDUFB11 | 462 | NM_001135998.3 | XL | |
PAX6 | 1269 | NM_000280.5 | AD | |
PITX2 | 816 | NM_153427.2 | AD | |
PRSS56 | 1812 | NM_001195129.2 | AR | |
RAB18 | 621 | NM_021252.5 | AR | |
RAB3GAP1 | 2946 | NM_012233.3 | AR | |
RAB3GAP2 | 4182 | NM_012414.4 | AR | |
RARB | 1347 | NM_000965.5 | AD, AR | |
SHH | 1389 | NM_000193.4 | AD | |
SIX6 | 741 | NM_007374.3 | AR | |
SMO | 2364 | NM_005631.5 | AD | |
SMOC1 | 1308 | NM_001034852.3 | AR | |
TBC1D20 | 1212 | NM_144628.4 | AR | |
TENM3 | 8100 | NM_001080477.4 | AR | |
TFAP2A | 1296 | NM_001032280.3 | AD | |
TMEM98 | 681 | NM_001033504.2 | AD |
Informations about the disease
see Anophthalmie, Mikrophthalmie, Anophthalmos, Microphthalmos
- Alias: Prenatal anophthalmia/microphthalmia
- Allelic: Atrioventricular septal defect 3 (GJA1)
- Allelic: Cataract 11, syndromic, AR (PITX3)
- Allelic: Craniometaphyseal dysplasia, AR (GJA1)
- Allelic: Culler-Jones syndrome (GLI2)
- Allelic: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 3 (GJA1)
- Allelic: Holoprosencephaly 3 (SHH)
- Allelic: Hypogonadotropic hypogonadism 5 with/-out anosmia (CHD7)
- Allelic: Hypoplastic left heart syndrome 1 (GJA1)
- Allelic: Klippel-Feil syndrome 1, AD (GDF6)
- Allelic: Klippel-Feil syndrome 3, AD (GDF3)
- Allelic: Leber congenital amaurosis 17 (GDF6)
- Allelic: Linear skin defects with multiple congenital anomalies 1 (HCCS)
- Allelic: Multiple synostoses syndrome 4 (GDF6)
- Allelic: Ogden syndrome (NAA10)
- Allelic: Optic nerve hypoplasia + abnormalities of the CNS (SOX2)
- Allelic: Orofacial cleft 11 (BMP4)
- Allelic: Palmoplantar keratoderma with congenital alopecia (GJA1)
- Allelic: Pituitary hormone deficiency, combined, 6 (OTX2)
- Allelic: Retinal dystrophy, early-onset, with/-out pituitary dysfunction (OTX2)
- Allelic: Schizencephaly (SHH)
- Allelic: Single median maxillary central incisor (SHH)
- Allelic: Syndactyly, type III (GJA1)
- Allelic: Waardenburg syndrome, type 2A (MITF)
- Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes (PITX3)
- Anterior segment dysgenesis 2, multiple subtypes (FOXE3)
- Anterior segment dysgenesis 4 (PITX2)
- Anterior segment dysgenesis 5, multiple subtypes (PAX6)
- Brain small vessel disease with/-out ocular anomalies (COL4A1)
- Branchiooculofacial syndrome (TFAP2A)
- CHARGE [Coloboma; Heart anomaly; Atresia, choanal; mental R, Genital + Ear anomal.] syndrome (CHD7)
- COMMAD syndrome (MITF)
- Cardiac-urogenital syndrome (MYRF)
- Cataract 1, multiple types (GJA8)
- Cerebrooculofacioskeletal syndrome 4 (ERCC1)
- Colobomatous microphthalmia [panelapp] (FAT1)
- Cryptophthalmos, unilateral or bilateral, isolated (FREM2)
- Curry-Jones syndrome, somatic mosaic (SMO)
- Fraser syndrome 1 (FRAS1)
- Fraser syndrome 2 (FREM2)
- Fraser syndrome 3 (GRIP1)
- Holoprosencephaly 9 (GLI2)
- Kabuki syndrome 1 (KMT2D)
- Linear skin defects with multiple congenital anomalies 2 (COX7B)
- Linear skin defects with multiple congenital anomalies 3 (NDFB11)
- Manitoba oculotrichoanal syndrome (FREM1)
- Microphthalmia with coloboma 3 (VSX2)
- Microphthalmia with coloboma 5 (SHH)
- Microphthalmia with coloboma 6 (GDF3)
- Microphthalmia with coloboma 6, digenic (GDF6)
- Microphthalmia with limb anomalies (SMOC1)
- Microphthalmia, isolated 2 (VSX2)
- Microphthalmia, isolated 3 (RAX)
- Microphthalmia, isolated 4 (GDF6)
- Microphthalmia, isolated 5 (MFRP)
- Microphthalmia, isolated 6 (PRSS56)
- Microphthalmia, isolated 7 (GDF3)
- Microphthalmia, isolated 8 (ALDH1A3)
- Microphthalmia, isolated, with coloboma 8 (STRA6)
- Microphthalmia, isolated, with coloboma 9 (TENM3)
- Microphthalmia, syndromic 1 (NAA10)
- Microphthalmia, syndromic 12 (RARB)
- Microphthalmia, syndromic 15 (TENM3)
- Microphthalmia, syndromic 2 (BCOR)
- Microphthalmia, syndromic 3 (SOX2)
- Microphthalmia, syndromic 5 (OTX2)
- Microphthalmia, syndromic 6 (BMP4)
- Microphthalmia, syndromic 9 (STRA6)
- Microphthalmia/coloboma and skeletal dysplasia syndrome (MAB21L2)
- Nanophthalmos 2 (MFRP)
- Nanophthalmos 4 (TMEM98)
- Neurooculocardiogenitourinary syndrome (WDR37)
- Oculodentodigital dysplasia, AR (GJA1)
- Optic disc anomalies with retinal and/or macular dystrophy (SIX6)
- Papillorenal syndrome (PAX2)
- Pontocerebellar hypoplasia, type 6 (RARS2)
- Warburg micro syndrome 1 (RAB3GAP1)
- Warburg micro syndrome 2 (RAB3GAP2)
- Warburg micro syndrome 3 (RAB18)
- Warburg micro syndrome 4 (TBC1D)
- AD
- AR
- Mult
- XL
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.