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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPrenatal Joubert syndrome spectrum, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Prenatal Joubert syndrome spectrum comprising 36 guideline-curated and altogether 40 curated genes according to the clinical signs

ID
PP0009
Number of genes
36 Accredited laboratory test
Examined sequence length
35,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
95,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • Amniotic fluid (after amnocentesis)
  • Chorionic villus
  • Umbilical cord blood
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
AHI13591NM_017651.5AR
CC2D2A4863NM_001080522.2AR
CEP2907440NM_025114.4AR
CPLANE19864NM_023073.4AR
KIAA05865005NM_001244189.2AR
MKS11680NM_017777.4AR
TMEM672988NM_153704.6AR
ARL13B1287NM_182896.3AR
ARL3549NM_004311.4AR
ARMC93275NM_025139.6AR
B9D1615NM_015681.5AR
B9D2528NM_030578.4AR
C2CD35892NM_015531.6AR
CEP1043059NM_014704.4AR
CEP1202961NM_153223.4AR
CEP411122NM_018718.3AR
CSPP13666NM_024790.6AR
FAM149B12067NM_173348.2AR
HYLS1900NM_145014.3AR
IFT1725250NM_015662.3AR
INPP5E1945NM_019892.6AR
KIF74032NM_198525.3AR
NPHP12202NM_000272.5AR
OFD13039NM_003611.3XL
PDE6D453NM_002601.4AR
PIBF12274NM_006346.4AR
RPGRIP1L3948NM_015272.5AR
SUFU1455NM_016169.4AR
TCTN11764NM_001082538.3AR
TCTN22094NM_024809.5AR
TCTN31824NM_015631.6AR
TMEM107514NM_032354.5AR
TMEM138489NM_016464.5AR
TMEM216438NM_001173990.3AR
TMEM2311110NM_001077416.2AR
TMEM2371227NM_001044385.3AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Joubert syndrome + related disorders are developmental delay/multiple congenital anomaly syndromes in which the mandatory feature is the `molar tooth sign', a complex midbrain-hindbrain malformation (cerebellar vermis hypodysplasia, thickening + malorientation of superior cerebellar peduncles, abnormally deep interpeduncular fossa)

 

Synonyms
  • Alias: Cerebellooculorenal syndrome
  • Alias: Cerebellooculorenal syndrome 1
  • Alias: Cerebelloparenchymal disorder IV
  • Alias: Joubert-Boltshauser syndrome
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 14, modifier of (TMEM67)
  • Allelic: Basal cell naevus syndrome (SUFU)
  • Allelic: Cone-rod dystrophy 20 (POC1B)
  • Allelic: Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
  • Allelic: Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Allelic: Medulloblastoma, desmoplastic (SUFU)
  • Allelic: Meningioma, familial, susceptibility to (SUFU)
  • Allelic: Mental retardation, truncal obesity, retinal dystrophy + micropenis (INPP5E)
  • Allelic: Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Allelic: Nephronophthisis 11 (TMEM67)
  • Allelic: Nephronophthisis 12 (TTC21B)
  • Allelic: Nephronophthisis 14 (ZNF423)
  • Allelic: Nephronophthisis 3 (NPHP3)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 23 (OFD1)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 71 (IFT172)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 83 (ARL3)
  • Acrocallosal syndrome (KIF7)
  • Al-Gazali-Bakalinova syndrome (KIF7)
  • Bardet-Biedl syndrome 13 (MKS1)
  • Bardet-Biedl syndrome 14 (CEP290)
  • COACH syndrome (CC2D2A, RPGRIP1L, TMEM67)
  • Greig cephalopolysyndactyly syndrome (GLI3)
  • Hydrolethalus syndrome (HYLS1)
  • Hydrolethalus syndrome 2 (KIF7)
  • Joubert syndrome 1 (INPP5E)
  • Joubert syndrome 10 (OFD1)
  • Joubert syndrome 12 (KIF7)
  • Joubert syndrome 13 (TCTN1)
  • Joubert syndrome 14 (TMEM237)
  • Joubert syndrome 15 (CEP41)
  • Joubert syndrome 16 (TMEM138)
  • Joubert syndrome 17 (CPLANE1 syn. C5orf42)
  • Joubert syndrome 18 (TCTN3)
  • Joubert syndrome 19 (ZNF423)
  • Joubert syndrome 2 (TMEM216)
  • Joubert syndrome 20 (TMEM231)
  • Joubert syndrome 21 (CSPP1)
  • Joubert syndrome 22 (PDE6D)
  • Joubert syndrome 23 (KIAA0586)
  • Joubert syndrome 24 (TCTN2)
  • Joubert syndrome 25 (CEP104)
  • Joubert syndrome 27 (B9D1)
  • Joubert syndrome 28 (MKS1)
  • Joubert syndrome 3 (AHI1)
  • Joubert syndrome 30 (ARMC9)
  • Joubert syndrome 31 (CEP120)
  • Joubert syndrome 32 (SUFU)
  • Joubert syndrome 33 (PIBF1)
  • Joubert syndrome 34 (B9D2)
  • Joubert syndrome 35 (ARL3)
  • Joubert syndrome 36 (FAM149B1)
  • Joubert syndrome 4 (NPHP1)
  • Joubert syndrome 5 (CEP290)
  • Joubert syndrome 6 (TMEM67)
  • Joubert syndrome 7 (RPGRIP1L)
  • Joubert syndrome 8 (ARL13B)
  • Joubert syndrome 9 (CC2D2A)
  • Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Meckel syndrome 1 (MKS1)
  • Meckel syndrome 10 (B9D2)
  • Meckel syndrome 11 (TMEM231)
  • Meckel syndrome 13 (TMEM107)
  • Meckel syndrome 2 (TMEM216)
  • Meckel syndrome 3 (TMEM67)
  • Meckel syndrome 4 (CEP290)
  • Meckel syndrome 5 (RPGRIP1L)
  • Meckel syndrome 6 (CC2D2A)
  • Meckel syndrome 7 (NPHP3)
  • Meckel syndrome 8 (TCTN2)
  • Meckel syndrome 9 (B9D1)
  • Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Orofaciodigital syndrome I (OFD1)
  • Orofaciodigital syndrome IV (TCTN3)
  • Orofaciodigital syndrome VI (CPLANE1 syn. C5orf42)
  • Orofaciodigital syndrome XIV (C2CD3)
  • Orofaciodigital syndrome XV (KIAA0753)
  • Orofaciodigital syndrome XVI (TMEM107)
  • Pallister-Hall syndrome (GLI3)
  • Polydactyly, postaxial, types A1 + B (GLI3)
  • Polydactyly, preaxial, type IV (GLI3)
  • RHYNS syndrome (TMEM67)
  • Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 1 (NPHP3)
  • Senior-Loken syndrome (POC1B)
  • Senior-Loken syndrome 1 (NPHP1)
  • Senior-Loken syndrome 6 (CEP290)
  • Short-rib thoracic dysplasia 10 with/-out polydactyly (IFT172)
  • Short-rib thoracic dysplasia 13 with/-out polydactyly (CEP120)
  • Short-rib thoracic dysplasia 14 with polydactyly (KIAA0586)
  • Short-rib thoracic dysplasia 4 with/-out polydactyly (TTC21B)
  • Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 2 (OFD1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AR
  • XL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.