IllnessRenal cancer [susceptibility]
Summary
A curated panel containing 4 guideline-curated genes and altogether 31 curated genes for the comprehensive analysis of the genetic susceptibility for Renal cancer
57,8 kb (Extended panel: incl. additional genes)
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
NGS +
[Sanger]
Gene panel
Selected genes
Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
---|---|---|---|---|
BAP1 | 2190 | NM_004656.4 | AD | |
FH | 1533 | NM_000143.4 | AD, Sus | |
FLCN | 1740 | NM_144997.7 | AD, Sus | |
HNF1A | 1896 | NM_000545.8 | AD, Sus | |
HNF1B | 1674 | NM_000458.4 | Sus | |
MET | 4227 | NM_001127500.3 | AD, Sus | |
MLH1 | 2271 | NM_000249.4 | AD, Sus | |
MSH2 | 2805 | NM_000251.3 | AD, Sus | |
MSH6 | 4083 | NM_000179.3 | AD, Sus | |
PMS2 | 2589 | NM_000535.7 | Sus, AD | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD | |
SDHB | 843 | NM_003000.3 | AD | |
VHL | 642 | NM_000551.4 | AD | |
WT1 | 1569 | NM_024426.6 | Sus | |
CCND1 | 888 | NM_053056.3 | Sus | |
CDC73 | 1596 | NM_024529.5 | AD | |
CDKN2B | 417 | NM_004936.4 | AD | |
DICER1 | 5769 | NM_177438.3 | AD | |
EPCAM | 945 | NM_002354.3 | AD, Sus | |
MITF | 1260 | NM_000248.4 | AD | |
OGG1 | 1038 | NM_002542.6 | Sus, SMu | |
RNF139 | 1995 | NM_007218.4 | n.k. | |
SDHA | 1995 | NM_004168.4 | Sus | |
SDHAF2 | 501 | NM_017841.4 | AD | |
SDHC | 510 | NM_003001.5 | AD | |
SDHD | 480 | NM_003002.4 | AD, AR, Sus | |
SLC49A4 | 1437 | NM_032839.3 | AD, Sus | |
TMEM127 | 717 | NM_017849.4 | AD | |
TSC1 | 3495 | NM_000368.5 | AD | |
TSC2 | 5424 | NM_000548.5 | AD |
Informations about the disease
Hereditary renal carcinomas could account for 5-8% of all renal carcinomas. The majority of primary renal malignancies are renal cell carcinomas, which many times have an early age of onset (≥45 years), typical histology and often bilaterality and multicentricity of the primary tumors. Wilms tumor (nephroblastoma) is the most common renal tumor of childhood. More than 15 syndromes with inherited susceptibility to renal cancer have been identified, and there are more than 25 known genes associated with these syndromes. Most renal malignancies are dominantly inherited. The aggressiveness of inherited renal cell carcinomas varies depending on the syndrome and the mutations. Susceptibility to renal cancer can be caused by a high-risk, moderate-risk or low-risk gene mutations. The diagnostic yield obtained by molecular genetic methods is currently unknown. Thus, a negative result does not represent any exclusion of the clinical diagnosis.
Reference: DOI: 10.5772/intechopen.91933
- Alias: Inherited renal cancer-predisposing syndrome
- Alias: Renal cell carcinoma, clear cell, somatic
- Allelic: Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis 1-4 (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
- Allelic: Colorectal cancer, somatic (FLCN)
- Allelic: Colorectal cancer, susceptibility to (CCND1)
- Allelic: Cowden syndrome 1 (PTEN)
- Allelic: Deafness, AR 97 (MET)
- Allelic: Denys-Drash syndrome (WT1)
- Allelic: Diabetes mellitus, insulin-dependent, 20 (HNF1A)
- Allelic: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent (HNF1B)
- Allelic: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, 2 (HNF1A)
- Allelic: Erythrocytosis, familial, 2 (VHL)
- Allelic: Frasier syndrome (WT1)
- Allelic: Fumarase deficiency (FH)
- Allelic: Gastrointestinal stromal tumor (SDHB)
- Allelic: Glioma susceptibility 2 (PTEN)
- Allelic: Goiter, multinodular 1, +/- Sertoli-Leydig cell tumors (DICER1)
- Allelic: Hemangioblastoma, cerebellar, somatic (VHL)
- Allelic: Hepatic adenoma, somatic (HNF1A)
- Allelic: Hepatocellular carcinoma, childhood type, somatic (MET)
- Allelic: Lhermitte-Duclos syndrome (PTEN)
- Allelic: MODY, type III (HNF1A)
- Allelic: Macrocephaly/autism syndrome (PTEN)
- Allelic: Meacham syndrome (WT1)
- Allelic: Meningioma (PTEN)
- Allelic: Mesothelioma, somatic (WT1)
- Allelic: Muir-Torre syndrome (MLH1, MSH2)
- Allelic: Multiple myeloma, susceptibility to (CCND1)
- Allelic: Nephrotic syndrome, type 4 (WT1)
- Allelic: Osteofibrous dysplasia, susceptibility to (MRT)
- Allelic: Paraganglioma + gastric stromal sarcoma (SDHB)
- Allelic: Paragangliomas 4 (SDHB)
- Allelic: Pheochromocytoma (SDHB)
- Allelic: Pheochromocytoma (VHL)
- Allelic: Pleuropulmonary blastoma (DICER1)
- Allelic: Pneumothorax, primary spontaneous (FLCN)
- Allelic: Prostate cancer, somatic (PTEN)
- Allelic: Renal cysts + diabetes syndrome (HNF1B)
- Birt-Hogg-Dube syndrome (FLCN)
- Leiomyomatosis + renal cell cancer (FH)
- Mismatch repair cancer syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
- Renal carcinoma, chromophobe, somatic (FLCN)
- Renal cell carcinoma (HNF1A, HNF1B)
- Renal cell carcinoma, papillary (PRCC)
- Renal cell carcinoma, papillary, 1, familial + somatic (MET)
- Renal cell carcinoma, somatic (VHL)
- Rhabdomyosarcoma, embryonal, 2 (DICER1)
- Tumor predisposition syndrome (BAP1)
- Wilms tumor, type 1 (WT1)
- von Hippel-Lindau syndrome (VHL)
- von Hippel-Lindau syndrome, modifier of (CCND1)
- AD
- AR
- SMu
- Sus
- n.k.
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.