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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
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IllnessRickets, hypophosphataemic; differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Rickets, hypophosphataemic comprising 9 guideline-curated genes and altogether 22 curated genes according to the clinical signs

ID
RP1010
Number of genes
21 Accredited laboratory test
Examined sequence length
23,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
34,7 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ALPL1575NM_000478.6AR
CLCN52241NM_000084.5XLR
CYP27B11527NM_000785.4AR
CYP2R11506NM_024514.5AR
DMP11542NM_004407.4AR
ENPP12778NM_006208.3AR, AD
FAM20C1755NM_020223.4AR
FGF23756NM_020638.3AD
GNAS1185NM_000516.7; NM_016592.3; NM_080425.3AD, SMu
HRAS570NM_005343.4AD, SMu
KRAS567NM_004985.5AD, SMu
NRAS570NM_002524.5AD, SMu
PHEX2250NM_000444.6XL
SLC34A11920NM_003052.5AD
SLC34A31800NM_080877.2AR
VDR1284NM_001017535.2AR
CYP3A41512NM_017460.6AD, SMu
FGFR12469NM_023110.3AD
KL3039NM_004795.4AR
OCRL2706NM_000276.4XLR
SLC9A3R11077NM_004252.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Rickets is characterized by a mineralization defect and widening of the epiphyseal plate joints. Osteomalacia is a mineralization defect of the bone matrix. Rickets and osteomalacia usually occur together in children. Rickets occurs exclusively in children, while adults develop osteomalacia after the epiphyseal plates have closed. The clinical manifestations of rickets vary depending on the underlying aetiology, severity and duration of the disease. Children often have some bony manifestations (hydrocephalus, broad fontanelles, deformities of the thorax, weight carrying limbs and spine, growth retardation, bone pain, limb fractures). In addition to delayed dentition, hypotension, proximal myopathy, tetany, paresthesia, muscle spasms, cramps may occur; in extreme cases, hypocalcaemia can lead to cardiomyopathy and death. Hereditary hypophosphatemia and rickets can follow all classical inheritance traits, including X-linked dominant and recessive. The diagnostic yield is unknown; an inconspicuous genetic finding does not exclude a suspected clinical diagnosis.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK83985/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK562285/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK493172/

 

Synonyms
  • Alias: Phosphate diabetes
  • Allelic: ACTH-independent macronodular adrenal hyperplasia (GNAS)
  • Allelic: Arterial calcification, generalized, of infancy, 1 (ENPP1)
  • Allelic: Cole disease (ENPP1)
  • Allelic: Dent disease (CLCN5)
  • Allelic: Dent disease 2 (OCRL)
  • Allelic: Diabetes mellitus, non-insulin-dependent, susceptibility to (ENPP1)
  • Allelic: Fanconi renotubular syndrome 2 (SLC34A1)
  • Allelic: Hypercalcemia, infantile, 2 (SLC34A1)
  • Allelic: McCune-Albright syndrome, somatic, mosaic (GNAS)
  • Allelic: Nephrolithiasis, type I (CLCN5)
  • Allelic: Obesity, susceptibility to (ENPP1)
  • Allelic: Osseous heteroplasia, progressive (GNAS)
  • Allelic: Pituitary adenoma 3, multiple types, somatic (GNAS)
  • Allelic: Proteinuria, low molecular weight, with hypercalciuric nephrocalcinosis (CLCN5)
  • Allelic: Pseudopseudohypoparathyroidism (GNAS)
  • Allelic: Tumoral calcinosis, hyperphosphatemic, familial, 2 (FGF23)
  • Hypophosphatasia, infantile, childhood, adult (ALPL)
  • Hypophosphatemic rickets (CLCN5)
  • Hypophosphatemic rickets with hypercalciuria (SLC34A3)
  • Hypophosphatemic rickets, AD (FGF23)
  • Hypophosphatemic rickets, AR (DMP1)
  • Hypophosphatemic rickets, AR, 2 (ENPP1)
  • Hypophosphatemic rickets, XLD (PHEX)
  • Lowe syndrome (OCRL)
  • Nephrolithiasis/osteoporosis, hypophosphatemic, 1 (SLC34A1)
  • Nephrolithiasis/osteoporosis, hypophosphatemic, 2 (SLC9A3R1)
  • Odontohypophosphatasia (ALPL)
  • Pseudohypoparathyroidism Ia, Ib, Ic (GNAS)
  • Raine syndrome (FAM20C)
  • Rickets, vitamin D-resistant, type IIA (VDR)
  • Tumoral calcinosis, hyperphosphatemic, familial, 3 (KL)
  • Tyrosinemia, type I (FAH)
  • Vitamin D-dependent rickets, type I (CAP27B1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • SMu
  • XL
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.