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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessSpondyloepimetaphyseal dysplasia, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Spondyloepimetaphyseal Dysplasia comprising 1 guideline-curated and altogether 25 curated genes according to the clinical signs

ID
SP1030
Number of genes
18 Accredited laboratory test
Examined sequence length
25,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
42,4 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ACAN7593NM_013227.4AR, AD
B3GALT6990NM_080605.4AR
BGN1107NM_001711.6XL
COL2A14464NM_001844.5AD
KIF221794NM_001256269.2AD
MATN31461NM_002381.5AD
MMP131416NM_002427.4AD, AR
SIK33966NM_025164.6AR
TRPV42616NM_021625.5AD
AIFM11842NM_004208.4XLR
DDRGK1945NM_023935.3AR
EXOC6B2436NM_015189.3AR
FGFR12469NM_023110.3AD
NANS1111NM_018946.4AR
RPL13641NM_000977.4AD
RSPRY11843NM_133368.3AR
TONSL4246NM_013432.5AR
UFSP21422NM_018359.5AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Skeletal dysplasias are an extremely diverse and complex group of rare diseases that affect skeletal development and homeostasis. Spondyloepimetaphyseal dysplasia is accompanied by extreme short stature (66-71 cm) with short neck and barrel-shaped chest, brachydactyly, macrocephaly and severe midface hypoplasia. Among the peculiarities of the spine were platyspondylia with multiple cervical spine clefts. Heterozygous carriers grow to a final height of only about 150 cm, corresponding to a mild, proportionate dwarfism phenotype. Spondyloepimetaphyseal dysplasia in the narrower sense is inherited autosomal recessively, although other mutations in the same gene have dominant effects in allelic disorders - as do mutations in other genes, which are sometimes difficult to separate by differential diagnosis. The DNA diagnostic yield is not known in detail. Therefore, an inconspicuous genetic finding does not mean that the suspected clinical diagnosis is excluded, especially since differential diagnosis with (clinically closely) related skeletal dysplasias can be very difficult.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK555103/

 

Synonyms
  • Allelic: Al-Gazali syndrome (B3GALT6)
  • Allelic: Cartilage-hair hypoplasia (RMRP)
  • Allelic: Ehlers-Danlos syndrome, spondylodysplastic type, 2 (B3GALT6)
  • Allelic: Epiphyseal dysplasia, multiple, 5 (MATN3)
  • Allelic: Hip dysplasia, Beukes type (UFSP2)
  • Allelic: Osteoarthritis susceptibility 2 (MATN3)
  • Allelic: Short stature, adv. bone age, with/-out early osteoarthritis +/- osteochondr. diss. (ACAN)
  • Allelic: Warburg-Cinotti syndrome (DDR2)
  • Anauxetic dysplasia 1 (RMRP)
  • Anauxetic dysplasia 2 (POP1)
  • Brachyolmia 4 with mild epiphyseal + metaphyseal changes (PAPSS2)
  • Cataracts, growth hormone def., sensory neurop., sensorineural hearing loss, skeletal dyspl. (IARS2)
  • Dyggve-Melchior-Clausen disease (DYM)
  • Epiphyseal dysplasia, multiple, 5 (MATN3)
  • Liberfarb syndrome (PISD)
  • Metaphyseal anadysplasia 1 (MMP13)
  • Metaphyseal dysplasia without hypotrichosis (RMRP)
  • Metaphyseal dysplasia, Spahr type (MMP13)
  • Osteoglophonic dysplasia (FGFR1)
  • Smith-McCort dysplasia (DYM)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia with joint laxity, type 1, with/-out fractures (B3GALT6)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia with joint laxity, type 2 (KIF22))
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia with joint laxity, type 3 (EXOC6B)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Borochowitz-Cormier-Daire type (MATN3)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Camera-Genevieve type (NANS)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Di Rocco type (UFSP2)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Faden-Alkuraya type (RSPRY1)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Isidor-Toutain type (RPL13)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Krakow type (SIK3)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Missouri type (MMP13)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Shohat type (DDRGK1)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, Strudwick type (COL2A1)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, XL (BGN)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, XL, with hypomyelinating leukodystrophy (AIFM1)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, aggrecan type (ACAN)
  • Spondyloepimetaphyseal dysplasia, sponastrime type (TONSL)
  • Spondyloepiphyseal dysplasia, Kimberley type (ACAN)
  • Spondyloepiphyseal dysplasia, Maroteaux type (TRPV4)
  • Spondylometaepiphyseal dysplasia, short limb-hand type (DDR2)
  • Spondylometaphyseal dysplasia, Kozlowski type (TRPV4)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
  • XLR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.