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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessZystennieren, familiäre; Differentialdiagnose

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Renal disease, familial cystic, comprising 3 or altogether 37 curated genes according to the clinical signs

ID
ZP0110
Number of loci
Loci typeCount
Gen38
Accredited laboratory test
Examined sequence length
35,5 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
133,0 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Loci panel

Gen

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
DICER15769NM_177438.3AD
HNF1B1674NM_000458.4AD
PKD112912NM_001009944.3AD, AR
PKD22907NM_000297.4AD
PKHD112225NM_138694.4AR
ALG81404NM_024079.5AD, AR
ALG91858NM_024740.2AD, AR
ANKS62616NM_173551.5AR
BICC12925NM_001080512.3AD
CEP1644383NM_014956.5AR
CEP2907440NM_025114.4AR
CEP832106NM_001042399.2AR
COL4A15010NM_001845.6AD
DCDC21431NM_016356.5AR
DNAJB111250NM_016306.6AD
DZIP1L2200NM_173543.3AR
GANAB2900NM_198335.4AD
GLA1290NM_000169.3XL
GLIS21575NM_032575.3AR
INVS3198NM_014425.5AR
LRP54848NM_002335.4AD
MAPKBP14585NM_001128608.2AR
MUC1822NM_002456.6AD
NEK82079NM_178170.3AR
NPHP12202NM_000272.5AR
NPHP33993NM_153240.5AR
NPHP44281NM_015102.5AR
OFD13039NM_003611.3XL
PRKCSH1587NM_002743.3AD
SEC632283NM_007214.5AD
TMEM672988NM_153704.6AR
TSC13495NM_000368.5AD
TSC25424NM_000548.5AD
TTC21B3951NM_024753.5AR
UMOD1923NM_003361.4AD
VHL642NM_000551.4AD
WDR194029NM_025132.4AR
ZNF4233675NM_015069.5AD, AR

Informations about the disease

Clinical Comment

ORPHA:730 Autosomal dominant polycystic kidney disease Prevalence: 1-5/10 000 (prevalence at birth 1:1 000, affects 300 000 persons in USA)

Late-onset multisystem disorder with bilateral renal + liver cysts, increased risk of intracranial aneurysms

ORPHA:731 Autosomal recessive polycystic kidney disease

Prevalence: unknown (Prevalence 1/20 000 live births)

Hepatorenal fibrocystic syndrome with cystic dilatation/ectasia of renal collecting tubules, a ductal plate malformation of liver resulting in congenital hepatic fibrosis. Clinically typically in utero or at birth, variable, in most severe cases includes Potter-sequence, oligohydramnios, pulmonary hypoplasia, massively enlarged echogenic kidneys

 

Synonyms
  • Alias: Familial cystic renal disease
  • Alias: Polycystic kidney disease
  • Alias: Polyzystische Nierenerkrankungen
  • Alias: Renal cysts
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 14, modifier of (TMEM67)
  • Allelic: Brain small vessel disease with/-out ocular anomalies (COL4A1)
  • Allelic: COACH syndrome (TMEM67)
  • Allelic: Congenital disorder of glycosylation, type Ih (ALG8)
  • Allelic: Congenital disorder of glycosylation, type Il (ALG9)
  • Allelic: Cranioectodermal dysplasia 4 (WDR19)
  • Allelic: Deafness, AR 66 (DCDC2)
  • Allelic: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent (HNF1B)
  • Allelic: Erythrocytosis, familial, 2 (VHL)
  • Allelic: Exudative vitreoretinopathy 4 (LRP5)
  • Allelic: Focal cortical dysplasia, type II, somatic (TSC1)
  • Allelic: Focal cortical dysplasia, type II, somatic (TSC2)
  • Allelic: Hemangioblastoma, cerebellar, somatic (VHL)
  • Allelic: Hemorrhage, intracerebral, susceptibility to (COL4A1)
  • Allelic: Hyperostosis, endosteal (LRP5)
  • Allelic: Hyperuricemic nephropathy, familial juvenile 1 (UMOD)
  • Allelic: Joubert syndrome 4 (NPHP1)
  • Allelic: Joubert syndrome 5 (CEP290)
  • Allelic: Joubert syndrome 6 (TMEM67)
  • Allelic: Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Allelic: Lymphangioleiomyomatosis (TSC1)
  • Allelic: Lymphangioleiomyomatosis, somatic (TSC2)
  • Allelic: Microangiopathy + leukoencephalopathy, pontine, AD (COL4A1)
  • Allelic: Orofaciodigital syndrome I (OFD1)
  • Allelic: Osteopetrosis, AD 1 (LRP5)
  • Allelic: Osteoporosis (LRP5)
  • Allelic: Osteoporosis-pseudoglioma syndrome (LRP5)
  • Allelic: Osteosclerosis (LRP5)
  • Allelic: Pheochromocytoma (VHL)
  • Allelic: Pneumothorax, primary spontaneous (FLCN)
  • Allelic: RHYNS syndrome (TMEM67)
  • Allelic: Renal cell carcinoma (HNF1B)
  • Allelic: Renal cell carcinoma, somatic (VHL)
  • Allelic: Retinal arteries, tortuosity of (COL4A1)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 23 (OFD1)
  • Allelic: Sclerosing cholangitis, neonatal (DCDC2)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome 4 (NPHP4)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome 6 (CEP290)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome 8 (WDR19)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome-1 (NPHP1)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 4 with/-out polydactyly (TTC21B)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 5 with/-out polydactyly (WDR19)
  • Allelic: Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 2 (OFD1)
  • Allelic: van Buchem disease, type 2 (LRP5)
  • Allelic: von Hippel-Lindau syndrome (VHL)
  • Alagille syndrome 2 (NOTCH2)
  • Allelic: Anterior segment anomalies +/- cataract (EYA1)
  • Allelic: Branchiootic syndrome 1 (EYA1)
  • Allelic: Fabry disease, cardiac variant (GLA)
  • Allelic: Glomerulosclerosis, focal segmental, 7 (PAX2)
  • Allelic: Orofacial cleft 11 (BMP4)
  • Allelic: Otofaciocervical syndrome (EYA1)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 80 (IFT140)
  • Alport syndrome 2, AR (COL4A4)
  • Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms + muscle cramps (COL4A1)
  • Bardet-Biedl syndrome 14 (CEP290)
  • Birt-Hogg-Dube syndrome (FLCN)
  • Bone mineral density variability 1 (LRP5)
  • Branchiootorenal syndrome 1, +/- cataracts (EYA1)
  • Cystic kidney disease [MONDO:0002473] (IFT140)
  • Fabry disease (GLA)
  • Focal cortical dysplasia, type II, somatic (TSC1)
  • Gillessen-Kaesbach-Nishimura syndrome (ALG9)
  • Glomerulocystic kidney disease with hyperuricemia + isosthenuria (UMOD)
  • Goiter, multinodular 1, with/-out Sertoli-Leydig cell tumors (DICER1)
  • Hajdu-Cheney syndrome (NOTCH2)
  • Hematuria, familial benign (COL4A4)
  • Hepatorenocardiac degenerative fibrosis (TULP3)
  • Hypoparathyroidism, sensorineural deafness + renal dysplasia (GATA3)
  • Joubert syndrome 10 (OFD1)
  • Meckel syndrome 3 (TMEM67)
  • Meckel syndrome 4 (CEP290)
  • Meckel syndrome 7 (NPHP3)
  • Medullary cystic kidney disease 1 (MUC1)
  • Medullary cystic kidney disease 2 (UMOD)
  • Microphthalmia, syndromic 6 (BMP4)
  • Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Nephronophthisis 11 (TMEM67)
  • Nephronophthisis 12 (TTC21B)
  • Nephronophthisis 13 (WDR19)
  • Nephronophthisis 14 (ZNF423)
  • Nephronophthisis 15 (CEP164)
  • Nephronophthisis 16 (ANKS6)
  • Nephronophthisis 18 (CEP83)
  • Nephronophthisis 19 (DCDC2)
  • Nephronophthisis 2, infantile (INVS)
  • Nephronophthisis 20 (MAPKBP1)
  • Nephronophthisis 3 (NPHP3)
  • Nephronophthisis 4 (NPHP4)
  • Nephronophthisis 7 (GLIS2)
  • Nephronophthisis 9 (NEK8)
  • Nephronophthisis-like nephropathy 1 (XPNPEP3)
  • Papillorenal syndrome (PAX2)
  • Pleuropulmonary blastoma (DICER1)
  • Polycystic kidney disease 1 (PKD1)
  • Polycystic kidney disease 2 (PKD2)
  • Polycystic kidney disease 3 (GANAB)
  • Polycystic kidney disease 4, with/-out hepatic disease (PKHD1)
  • Polycystic kidney disease 5 (DZIP1L)
  • Polycystic kidney disease 6 with/-out polycystic liver disease (DNAJB11)
  • Polycystic kidney disease 7 (ALG5)
  • Polycystic liver disease 1 (PRKCSH)
  • Polycystic liver disease 2 (SEC23)
  • Polycystic liver disease 3 with/-out kidney cysts (ALG8)
  • Polycystic liver disease 4 with/-out kidney cysts (LRP5)
  • Renal coloboma syndrome [MONDO:0007352] (PAX2)
  • Renal cyst [HP:0000107] (GLA)
  • Renal cysts + diabetes syndrome (HNF1B)
  • Renal dysplasia, cystic, susceptibility to (BICC1)
  • Renal parapelvic cysts [panelapp] (GLA)
  • Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 1 (NPHP3)
  • Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 2 (NEK8)
  • Rhabdomyosarcoma, embryonal, 2 (DICER1)
  • Short-rib thoracic dysplasia 9 with/-out polydactyly (IFT140)
  • Townes-Brocks branchiootorenal-like syndrome (SALL1)
  • Townes-Brocks syndrome 1 (SALL1)
  • Tuberous sclerosis-1 (TSC1)
  • Tuberous sclerosis-2 (TSC2)
  • Tubulointerstitial kidney disease, AD, 5 (SEC61A1)
  • Vesicoureteral reflux 2 (ROBO2)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.