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Klinische FragestellungCystische Fibrose - Vollsequenzierung
Zusammenfassung
Kuratierte Einzelgen-Sequenzanalyse bei klinischem Verdacht auf Mukoviszidose
- (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
NGS +
Sanger
Genpanel
Ausgewählte Gene
| Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
|---|---|---|---|---|
| CFTR | 4443 | NM_000492.4 | AR |
Infos zur Erkrankung
Die cystische Fibrose (CF; Mukoviszidose) geht bei voller Ausprägung mit schweren Affektionen der Lungen, des Intestinal-Trakts und aller exokrinen Drüsengewebe einher. Bei CF-Patienten ist das Drüsensekret eingedickt und verstopft die abführenden Passagen, besonders in Lunge und Pankreas. Die CF-Symptome können aber stark variieren, sodass einzelne Patienten erst im Erwachsenenalter diagnostiziert werden oder nur zur Infertilität bei Männern führen (Congenitale bilaterale Aplasie des Vas deferens; CBAVD). Erste Krankheitszeichen können andererseits bereits bei Geburt aufscheinen. Die durchschnittliche Lebenserwartung ist in den letzten Jahrzehnten stark angestiegen. Verlauf und (Gen-)Therapie-Möglichkeiten hängen unmittelbar von den im CFTR-Gen aufgefundenen Mutationen ab, die schon im Rahmen des Neugeborenen Screening erfasst werden können. Da mehr als 2000 rekurrente und de novo Mutationen im CFTR-Gen und in seiner regulatorischen Umgebung vorkommen, erbringt die Molekulargenetik mitunter nur eine sicher pathogene Sequenzabweichung. Dann entscheidet die Zusammenschau mit der Klinik über die endgültige Diagnose und Therapie.
Referenz: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1250/
Häufigste Mutationen: F508del; I507del; G542X; N1303K; 1717-1G>A; W1282X; G551D; R553X; 3272-26A>G; CFTRdele2,3 (21kb); 3905insT; G85E; 621+1G>T; 1078delT; R347P; R334W; E60X; 2789+5G>A; R1162X; 3659delC; 3849+10kbC>T; 2143delT; A455E; 2183AA>G; 2184delA; 1677delTA; 2184insA; E92X; I336K; Y1092X; M1101K; 2043delG; R1158X, 394delTT, E92K, R117H, R347H, 3120+1G>A, 5T-variant (IVS8-5T).
Detektionsrate in Mittel-Europa: 89%
- Alias: Cystic Fibrosis, CF (CFTR)
- Alias: Cystic fibrosis of pancreas (CFTR)
- Alias: Fibrocystic disease of pancreas (CFTR)
- Alias: Mucoviscidosis (CFTR)
- Alias: Mukoviszidose (CFTR)
- Alias: Zystische Fibrose (CFTR)
- Allelic: Bronchiectasis +/- elevated sweat chloride 1, modifier of (CFTR)
- Allelic: Congenital bilateral absence of vas deferens (CFTR)
- Allelic: Hypertrypsinemia, neonatal (CFTR)
- Allelic: Pancreatitis, hereditary (CFTR)
- Allelic: Sweat chloride elevation without CF (CFTR)
- AR
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.