Klinische FragestellungKolorektale Karzinome, erbliche; Differentialdiagnose
Zusammenfassung
Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Erbliche kolorektale Karzinome mit 11 Leitlinien-kuratierten Genen sowie weiteren 3 Leitlinien-erwähnten "core candidate"-Genen bzw. insgesamt 23 kuratierten Genen gemäß klinischer Verdachtsdiagnose
63,3 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
NGS +
[Sanger]
Genpanel
Ausgewählte Gene
Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
---|---|---|---|---|
APC | 8532 | NM_000038.6 | AD | |
BMPR1A | 1599 | NM_004329.3 | AD | |
EPCAM | 945 | NM_002354.3 | AD | |
MLH1 | 2271 | NM_000249.4 | AD | |
MSH2 | 2805 | NM_000251.3 | AD | |
MSH6 | 4083 | NM_000179.3 | AD | |
MUTYH | 1650 | NM_001128425.2 | AR | |
NTHL1 | 915 | NM_002528.7 | AR | |
PMS2 | 2589 | NM_000535.7 | AD | |
POLD1 | 3324 | NM_002691.4 | AD | |
POLE | 6861 | NM_006231.4 | AD | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD | |
SMAD4 | 1659 | NM_005359.6 | AD | |
STK11 | 1302 | NM_000455.5 | AD | |
AXIN2 | 2532 | NM_004655.4 | AD | |
CDH1 | 2649 | NM_004360.5 | AD | |
CHEK2 | 1632 | NM_007194.4 | AD | |
GREM1 | 555 | NM_013372.7 | AD | |
MLH3 | 4362 | NM_001040108.2 | AD | |
MSH3 | 3414 | NM_002439.5 | AR | |
RNF43 | 5500 | NM_017763.6 | AD | |
TGFBR2 | 1704 | NM_003242.6 | AD | |
TP53 | 1182 | NM_000546.6 | AD |
Infos zur Erkrankung
Das kolorektale Karzinom (CRC) ist als Volkskrankheit der 3.-häufigste Krebs bei Männern und der 2.-häufigste bei Frauen. Das hereditäre CRC hat zwei gut bekannte Formen: [A] Polyposis einschließlich der familiären adenomatösen Polyposis (FAP) und der abgeschwächten FAP, verursacht durch pathogene Varianten im APC-Gen, MUTYH-assoziierte Polyposis, verursacht durch pathogene Varianten im MUTYH-Gen; [B] Lynch-Syndrom - oft als hereditäres nicht polypöses CRC bezeichnet - verursacht durch pathogene Keimbahnvarianten in den DNA-"Mismatch-Reparatur"-Genen (MLH1-, MSH2-, MSH6-, PMS2-Gene) und EPCAM-Gen. Weitere CRC-Syndrome und deren assoziierte Gene sind Oligopolyposis (POLE-, POLD1-Gene), NTHL1, juveniles Polyposis-Syndrom (BMPR1A-, SMAD4-Gene), Cowden (PTEN-Gen) und Peutz-Jeghers Syndrom (STK11-Gen). Viele der aufgeführten Syndrome sind auch mit extra-kolonischen Karzinomen und anderen Manifestationen assoziiert. Das Serratierte-Polyposis-Syndrom ist durch hyperplastische Polypen gekennzeichnet. Zumindest in einigen Fällen hat es auch familiäre Komponenten. Ungefähr ein Viertel der CRC- und/oder Adenom-Fälle scheint familiär bedingt zu sein, aber nur ein Teil davon basierend auf einem identifizierbaren erblichen Syndrom. Die meisten Personen mit CRC, die vor dem 50. Lebensjahr diagnostiziert werden und keine familiäre Krebsvorgeschichte haben, weisen keine pathogenen Varianten auf, die mit einem erblichen Krebssyndrom assoziiert sind. Die DNA-diagnostische Ausbeute wird mit bis über 90% angegeben. Dennoch stellt ein negatives molekulargenetisches Ergebnis keinen absolut sicheren Ausschluss der klinischen Diagnose dar.
Referenzen: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1211/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1345/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1469/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1266/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1488/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK107219/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK555473/
- Alias: Colon-Ca
- Alias: Darmkrebs
- Alias: Kolorektalkarzinom
- Alias: Rektum-Ca
- Allelic: Adenoma, periampullary, somatic (APC)
- Allelic: Adrenocortical carcinoma, pediatric (TP53)
- Allelic: Aplastic anemia (NBN)
- Allelic: Basal cell carcinoma 7 (TP53)
- Allelic: Birt-Hogg-Dube syndrome (FLCN)
- Allelic: Blepharocheilodontic syndrome 1 (CDH1)
- Allelic: Bone marrow failure syndrome 5 (TP53)
- Allelic: Brain tumor-polyposis syndrome 2 (APC)
- Allelic: Breast cancer, lobular (CDH1)
- Allelic: Breast cancer, somatic (TP53)
- Allelic: Breast cancer, susceptibility to (CHEK2)
- Allelic: Choroid plexus papilloma (TP53)
- Allelic: Desmoid disease, hereditary (APC)
- Allelic: Diarrhea 5, with tufting enteropathy, congenital (EPCAM)
- Allelic: Endometrial cancer, familial (MSH6)
- Allelic: Endometrial carcinoma, somatic (CDH1)
- Allelic: Endometrial carcinoma, somatic (MSH3)
- Allelic: Esophageal cancer, somatic (TGFBR2)
- Allelic: FILS syndrome (POLE)
- Allelic: Gastric cancer, hereditary diffuse, with/-out cleft lip and/or palate (CDH1)
- Allelic: Gastric cancer, somatic (APC)
- Allelic: Gastric cancer, somatic (MUTYH)
- Allelic: Glioma susceptibility 1 (TP53)
- Allelic: Hepatoblastoma, somatic (APC)
- Allelic: Hepatocellular carcinoma, somatic (TP53)
- Allelic: IMAGE-I syndrome (POLE)
- Allelic: Juvenile polyposis/hereditary hemorrhagic telangiectasia syndrome (SMAD4)
- Allelic: Leukemia, acute lymphoblastic (NBN)
- Allelic: Li-Fraumeni syndrome (CHEK2)
- Allelic: Li-Fraumeni syndrome (TP53)
- Allelic: Loeys-Dietz syndrome 2 (TGFBR2)
- Allelic: Mandibular hypoplasia, deafness, progeroid features, and lipodystrophy syndrome (POLD1)
- Allelic: Melanoma, malignant, somatic (STK11)
- Allelic: Mismatch repair cancer syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
- Allelic: Muir-Torre syndrome (MLH1, MSH2)
- Allelic: Myhre syndrome (SMAD4)
- Allelic: Nasopharyngeal carcinoma, somatic (TP53)
- Allelic: Nijmegen breakage syndrome (NBN)
- Allelic: Oligodontia-colorectal cancer syndrome (AXIN2)
- Allelic: Osteosarcoma (TP53)
- Allelic: Osteosarcoma, somatic (CHEK2)
- Allelic: Ovarian cancer, somatic (CDH1)
- Allelic: Pancreatic cancer, somatic (SMAD4)
- Allelic: Pancreatic cancer, somatic (STK11)
- Allelic: Pancreatic cancer, somatic (TP53)
- Allelic: Pneumothorax, primary spontaneous (FLCN)
- Allelic: Prostate cancer, familial, susceptibility to (CHEK2)
- Allelic: Prostate cancer, susceptibility to (CDH1)
- Allelic: Renal carcinoma, chromophobe, somatic (FLCN)
- Allelic: Testicular tumor, somatic (STK11)
- Adenomas, multiple colorectal (MUTYH)
- Adenomatous polyposis coli (APC)
- Breast and colorectal cancer, susceptibility to (CHEK2)
- Colorectal cancer (TP53)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 1 (MSH2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 2 (MLH1)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 4 (PMS2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 5 (MSH6)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 6 (TGFBR2)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 7 (MLH3)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 8 (EPCAM)
- Colorectal cancer, somatic (APC)
- Colorectal cancer, somatic (AXIN2)
- Colorectal cancer, somatic (FLCN)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 1 (GALNT12)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 10 (POLD1)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 12 (POLE)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 3 (SMAD7)
- Cowden syndrome 1 (PTEN)
- Diamond Blackfan anaemia (RPS20)
- Familial adenomatous polyposis 1 (APC)
- Familial adenomatous polyposis 2 (MUTYH)
- Familial adenomatous polyposis 3 (NTHL1)
- Familial adenomatous polyposis 4 (MSH3)
- Gardner syndrome (APC)
- Juvenile polyposis syndrome, infantile form (BMPR1A)
- Lhermitte-Duclos syndrome (PTEN)
- Peutz-Jeghers syndrome (STK11)
- Polyposis syndrome, hereditary mixed, 2 (BMPR1A)
- Polyposis, juvenile intestinal (BMPR1A)
- Polyposis, juvenile intestinal (SMAD4)
- AD
- AR
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.