Klinische FragestellungNephrolithiasis, Differentialdiagnose
Zusammenfassung
Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Nephrolithiasis mit 10 Leitlinien-kuratierten sowie insgesamt 35 kuratierten Genen
56,5 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
NGS +
Genpanel
Ausgewählte Gene
Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
---|---|---|---|---|
AGXT | 1179 | NM_000030.3 | AR | |
APRT | 543 | NM_000485.3 | AR | |
ATP6V0A4 | 2523 | NM_020632.3 | AR | |
ATP6V1B1 | 1542 | NM_001692.4 | AR | |
CA2 | 783 | NM_000067.3 | AR | |
CFTR | 4443 | NM_000492.4 | AR | |
CLCN5 | 2241 | NM_000084.5 | XLR | |
CLDN19 | 675 | NM_148960.3 | AR | |
CYP24A1 | 1545 | NM_000782.5 | AR | |
GRHPR | 987 | NM_012203.2 | AR | |
HOGA1 | 984 | NM_138413.4 | AR | |
HPRT1 | 657 | NM_000194.3 | XLR | |
OCRL | 2706 | NM_000276.4 | XLR | |
PHEX | 2250 | NM_000444.6 | XL | |
SLC34A1 | 1920 | NM_003052.5 | AD, AR | |
SLC34A3 | 1800 | NM_080877.2 | AD, AR | |
SLC3A1 | 2058 | NM_000341.4 | AD, AR, digenisch | |
SLC4A1 | 2736 | NM_000342.4 | AD, AR | |
XDH | 4002 | NM_000379.4 | AR | |
BSND | 963 | NM_057176.3 | AR | |
CASR | 3237 | NM_000388.4 | AD, AR | |
CLDN16 | 918 | NM_006580.4 | AR | |
FAM20A | 1212 | NM_001243746.2 | AR | |
HNF4A | 1359 | NM_175914.4 | AD | |
KCNJ1 | 1176 | NM_000220.6 | AR | |
SLC12A1 | 3300 | NM_000338.3 | AR | |
SLC22A12 | 1560 | NM_001276326.2 | AR | |
SLC2A9 | 1536 | NM_001001290.2 | AD, AR | |
SLC7A9 | 1464 | NM_014270.5 | AD, AR | |
SLC9A3R1 | 1077 | NM_004252.5 | AD | |
STRADA | 1185 | NM_001003786.3 | AR | |
VPS33B | 1854 | NM_018668.5 | AR |
Infos zur Erkrankung
Nephrolithiasis
Nierensteine/Harnsteine bestehen u.a. aus verschiedenen Mineralsalzen, die sich in den oberen Harnwegen bilden. 7-11% der Bevölkerung in Industrieländern ist-mit zunehmender Häufigkeit-betroffen, Männer erkranken häufiger als Frauen.
Die Ursache der Nephrolithiasis ist heterogen, sowohl genetische als auch exogene (z.B. Ernährung) Faktoren können zur Entstehung beitragen. Die meisten Harnsteine bestehen aus Kalzium (Calciumoxalat und/oder Calciumphosphat), entweder rein oder in Kombination mit Harnsäure. Aber auch Calciumoxalatsteine, Calciumphosphatsteine, Cystinsteine u.a.m. sind bekannt. Die biochemische Analyse von Harnsteinen hilft bei der Klärung der Ursache und bietet u.U. die Möglichkeit, eine gezielte Therapie einzuleiten, die das Risiko eines Rezidivs verringert.
Die meisten Harnsteinerkrankungen sind multifaktoriell bedingt, aber auch monogene Erkrankungen/Ursachen sind bekannt. Eine wichtige monogene Erkrankung, die mit Harnsteinen einhergeht, ist z.B. die Cystinurie, bei der Cystinsteine vorliegen. Ca. 1-2% (bzw. im Kindesalter 6-8%) aller Nierensteine sind Cysteinsteine. Pathogene Varianten in den Genen SLC3A1 oder SLC7A9-Gen werden bei der Cystinurie nachgewiesen. Sowohl autosomal rezessive als auch autosomal-dominante Erbmuster sind beschrieben. Diese Steine treten typischerweise bereits in der Kindheit auf, und sind rezidivierend. Hier ist eine sorgfältige Kontrolle der Cystinurie und Behandlung mit spezifischer pharmakologischer Therapie erforderlich.
Neben der Zystinurie sind andere, z.T. sehr seltene monogene Erkrankungen bekannt die mit Nephrolithiasis, einhergehen: darunter der Adenin-Phosphoribosyltransferase-Mangel (der Dihyroxyadeninsteine verursacht), das Bartter-Syndrom, die Dent-Krankheit, die distale tubuläre Azidose, die familiäre Hypomagnesiämie mit Hyperkalziurie und Nephrokalzinose, die hereditäre hypophosphatämische Rachitis, die hereditäre Xanthinurie, das Lesch-Nyhan-Syndrom und die primäre Hyperoxalurie.
In diesem Panel werden daher auch einige der häufigsten mit Nephrolitiasis assoziierten genetischen Erkrankungen untersucht.
Eine unauffällige genetische Diagnostik schließt eine genetische Ursache der Symptomatik nicht aus.
• (nach https://www.aerzteblatt.de/archiv/437/Molekulare-Genetik-von-Nierenerkrankungen, Statpearls: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK442014/ und Endotext: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279069/); PMID: 29262245
- Allelic: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent (HNF4A)
- Allelic: Epilepsy idiopathic generalized, susceptibility to, 8 (CASR)
- Allelic: MODY, type I (HNF4A)
- Allelic: Sensorineural deafness with mild renal dysfunction (BSND)
- Adenine phosphoribosyltransferase deficiency (APRT)
- Allelic: Bronchiectasis +/- elevated sweat chloride 1, modifier of (CFTR)
- Allelic: Congenital bilateral absence of vas deferens (CFTR)
- Allelic: Hypertrypsinemia, neonatal (CFTR)
- Allelic: Pancreatitis, hereditary (CFTR)
- Allelic: Sweat chloride elevation without CF (CFTR)
- Amelogenesis imperfecta, type IG, enamel-renal syndrome (FAM20A)
- Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 1 (VPS33B)
- Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 2 (VIPAS39)
- Bartter syndrome, type 1 (SLC12A1)
- Bartter syndrome, type 2 (KCNJ1)
- Bartter syndrome, type 4a (BSND)
- Bartter syndrome, types 3 + 4b, digenic (CLCNKB)
- Cystic fibrosis (CFTR)
- Cystinuria (SLC3A1)
- Dent disease 2 (OCRL)
- Dent syndrome (CLCN5)
- Distal renal tubular acidosis 1 (SLC4A1)
- Distal renal tubular acidosis 2 with progressive sensorineural hearing loss (ATP6V1B1)
- Distal renal tubular acidosis 3, with/-out sensorineural hearing loss (ATP6V0A4)
- Distal renal tubular acidosis 4 with hemolytic anemia (SLC4A1)
- Fanconi renotubular syndrome 2 (SLC34A1)
- Fanconi renotubular syndrome 4, with maturity-onset diabetes of the young (HNF4A)
- Hypercalcemia, infantile, 1 (CYP24A1)
- Hypercalcemia, infantile, 2 (SLC34A1)
- Hyperglycinuria (SLC36A2)
- Hyperoxaluria, primary, type I (AGXT)
- Hyperoxaluria, primary, type II (GRHPR)
- Hyperoxaluria, primary, type III (HOGA1)
- Hyperparathyroidism, neonatal (CASR)
- Hyperuricemia, HRPT-related (HPRT1)
- Hypocalcemia, AD (CASR)
- Hypocalcemia, AD, with Bartter syndrome (CASR)
- Hypocalciuric hypercalcemia, type I (CASR)
- Hypomagnesemia 3, renal (CLDN16)
- Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement (CLDN19)
- Hypomagnesemia 7, renal, +/- dilated cardiomyopathy (RRAGD)
- Hypophosphatemic rickets, XLD (PHEX)
- Iminoglycinuria, digenic (SLC36A2)
- Lesch-Nyhan syndrome (HPRT1)
- Nephrolithiasis type 1 (CLCN5)
- Nephrolithiasis, calcium oxalate (SLC26A1)
- Nephrolithiasis/osteoporosis, hypophosphatemic, 1 (SLC34A1)
- Osteopetrosis, AR 3, with renal tubular acidosis (CA2)
- Polyhydramnios, megalencephaly + symptomatic epilepsy (STRADA)
- Proteinuria, low molecular weight, with hypercalciuric nephrocalcinosis (CLCN5)
- Xanthinuria, type I (XDH)
- Xanthinuria, type II (MOCOS)
- AD
- AR
- XL
- XLR
- digenisch
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.