Klinische FragestellungNephrolithiasis, erweitertes panel; Differentialdiagnose
Zusammenfassung
Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Nephrolithiasis (erweitertes panel) mit 10 Leitlinien-kuratierten sowie insgesamt 52 kuratierten Genen
92,5 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
NGS +
{Sanger]
Genpanel
Ausgewählte Gene
Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
---|---|---|---|---|
AGXT | 1179 | NM_000030.3 | AR | |
APRT | 543 | NM_000485.3 | AR | |
ATP6V0A4 | 2523 | NM_020632.3 | AR | |
ATP6V1B1 | 1542 | NM_001692.4 | AR | |
CA2 | 783 | NM_000067.3 | AR | |
CLCN5 | 2241 | NM_000084.5 | XLR | |
CLDN19 | 675 | NM_148960.3 | AR | |
CYP24A1 | 1545 | NM_000782.5 | AR | |
GRHPR | 987 | NM_012203.2 | AR | |
HOGA1 | 984 | NM_138413.4 | AR | |
HPRT1 | 657 | NM_000194.3 | XLR | |
OCRL | 2706 | NM_000276.4 | XLR | |
PHEX | 2250 | NM_000444.6 | XL | |
SLC34A1 | 1920 | NM_003052.5 | AD, AR | |
SLC34A3 | 1800 | NM_080877.2 | AD, AR | |
SLC36A2 | 1452 | NM_181776.3 | AR, AD, digenisch | |
SLC3A1 | 2058 | NM_000341.4 | AD, AR, digenisch | |
SLC4A1 | 2736 | NM_000342.4 | AD, AR | |
XDH | 4002 | NM_000379.4 | AR | |
ADCY10 | 4374 | NM_001167749.3 | AD | |
BSND | 963 | NM_057176.3 | AR | |
CASR | 3237 | NM_000388.4 | AD, AR | |
CFTR | 4443 | NM_000492.4 | AR | |
CLDN16 | 918 | NM_006580.4 | AR | |
CNNM2 | 2628 | NM_017649.5 | AD, AR | |
CYP27B1 | 1527 | NM_000785.4 | AR | |
FAM20A | 1212 | NM_001243746.2 | AR | |
FXYD2 | 201 | NM_001680.5 | AD | |
GNA11 | 1080 | NM_002067.5 | AD | |
HNF4A | 1359 | NM_175914.4 | AD | |
KCNJ1 | 1176 | NM_000220.6 | AR | |
SCNN1A | 2010 | NM_001038.6 | AD, AR | |
SCNN1B | 1923 | NM_000336.3 | AD, AR | |
SCNN1G | 1950 | NM_001039.4 | AD, AR | |
SLC12A1 | 3300 | NM_000338.3 | AR | |
SLC17A3 | 1497 | NM_001098486.2 | AD | |
SLC22A12 | 1560 | NM_001276326.2 | AR | |
SLC26A1 | 2106 | NM_022042.4 | AR | |
SLC2A9 | 1536 | NM_001001290.2 | AR, AD | |
SLC4A4 | 3108 | NM_003759.4 | AR | |
SLC7A9 | 1464 | NM_014270.5 | AD, AR | |
SLC9A3R1 | 1077 | NM_004252.5 | AD | |
STRADA | 1185 | NM_001003786.3 | AR | |
VDR | 1284 | NM_001017535.2 | AD | |
VPS33B | 1854 | NM_018668.5 | AR | |
WNK1 | 7149 | NM_018979.4 | AD | |
WNK4 | 3732 | NM_032387.5 | AD |
Infos zur Erkrankung
Eine Nephrolithiasis entwickelt sich bevorzugt vom 40.-60. Lebensjahr, aber Steine können in jedem Alter auftreten; 35-50 % der Stein-Patienten entwickeln später weitere Steine. Obwohl es viele Arten von Nierensteinen gibt, werden vier Haupttypen gemäß ihrer Zusammensetzung unterschieden. Bis zu 75% aller Nierensteine bestehen primär aus Kalzium, z.B. aufgrund von Hyperlkalziurie. Zusätzlich können die Steine aus Harnsäure, Zystin oder Phosphat-Salzen bestehenGenetische Veränderungen können das Risiko für die Entstehung von Nierensteinen erhöhen, oft in Kombination mit einer Reihe von Umwelt- und Lebensstilfaktoren. Die meisten der betreffenden Gene übertragen Zellsignale oder transportieren Stoffe in und aus den Zellen. Veränderungen in diesen Genen können die Menge kritischer Stoffe in den Zellen verändern, was zu einem Ungleichgewicht von Mineralien und Verbindungen im Urin führt. Damit erhöht sich die Wahrscheinlichkeit der Steinbildung. Zu den Dispositionen, die das allgemeine Risiko für Nierensteine erhöhen, gehören Fettleibigkeit, Typ-2-Diabetes, entzündliche Darmerkrankungen, Gicht, Hyperparathyreoidismus, renale tubuläre Azidose und wiederkehrende Harnwegsinfektionen. Insgesamt ist das Risiko, an Nephrolithiasis zu erkranken, bei Personen mit erkrankten Verwandten höher als in der Allgemeinbevölkerung. Die Vererbung von Nierenstein-Erkrankungen ist meist multifaktoriell. In den seltenen Fällen eines mendelnden Erbgangs treten alle klassischen Muster auf. Gen-Panels identifizieren eine ursächliche Variante bei etwa 20% der Nephrolithiasis-Patienten im Kindesalter und weniger als 12-15% im Erwachsenenalter (vor dem 25. Lebensjahren bis fast 30%). Die klinische Diagnose kann niemals durch ein negatives DNA-Testergebnis ausgeschlossen werden.
Referenzen: https://jasn.asnjournals.org/content/28/3/748.short
https://jasn.asnjournals.org/content/jnephrol/26/3/543.full.pdf
- Adenine phosphoribosyltransferase deficiency (APRT)
- Allelic: Amelogenesis imperfecta, type IIA3 (WDR72)
- Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 1 (VPS33B)
- Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 2 (VIPAS39)
- Cystinuria (SLC3A1, SLC7A9)
- Dent disease 2 (OCRL)
- Dent syndrome (CLCN5)
- Distal renal tubular acidosis 1 (SLC4A1)
- Distal renal tubular acidosis 2 with progressive sensorineural hearing loss (ATP6V1B1)
- Distal renal tubular acidosis 3, with/-out sensorineural hearing loss (ATP6V0A4)
- Distal renal tubular acidosis 4 with hemolytic anemia (SLC4A1)
- Distal renal tubular acidosis [MONDO:0015827] (WDR72)
- Fanconi renotubular syndrome 2 (SLC34A1)
- Hypercalcemia, infantile, 1 (CYP24A1)
- Hypercalcemia, infantile, 2 (SLC34A1)
- Hyperglycinuria (SLC36A2)
- Hyperoxaluria, primary, type I (AGXT)
- Hyperoxaluria, primary, type II (GRHPR)
- Hyperoxaluria, primary, type III (HOGA1)
- Hyperuricemia, HRPT-related (HPRT1)
- Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement (CLDN19)
- Hypophosphatemic rickets, XLD (PHEX)
- Iminoglycinuria, digenic (SLC36A2)
- Lesch-Nyhan syndrome (HPRT1)
- Nephrolithiasis type 1 (CLCN5)
- Nephrolithiasis/osteoporosis, hypophosphatemic, 1 (SLC34A1)
- Osteopetrosis, AR 3, with renal tubular acidosis (CA2)
- Proteinuria, low molecular weight, with hypercalciuric nephrocalcinosis (CLCN5)
- Xanthinuria, type I (XDH)
- Xanthinuria, type II (MOCOS)
- AD
- AR
- XL
- XLR
- digenisch
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.