Klinische FragestellungPolyposis coli, Differentialdiagnose
Zusammenfassung
Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Polyposis coli mit 5 Leitlinien-kuratierten sowie insgesamt 23 kuratierten Genen gemäß der klinischen Verdachtsdiagnose
61,4 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
NGS +
[Sanger]
Genpanel
Ausgewählte Gene
Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
---|---|---|---|---|
APC | 8532 | NM_000038.6 | AD | |
BMPR1A | 1599 | NM_004329.3 | AD | |
MUTYH | 1650 | NM_001128425.2 | AR | |
NTHL1 | 915 | NM_002528.7 | AR | |
PTEN | 1212 | NM_000314.8 | AD | |
SMAD4 | 1659 | NM_005359.6 | AD | |
AXIN2 | 2532 | NM_004655.4 | AD | |
EPCAM | 945 | NM_002354.3 | AD | |
GREM1 | 555 | NM_013372.7 | AD | |
MLH1 | 2271 | NM_000249.4 | AD | |
MSH2 | 2805 | NM_000251.3 | AD | |
MSH3 | 3414 | NM_002439.5 | AR | |
MSH6 | 4083 | NM_000179.3 | AD | |
NF1 | 8457 | NM_001042492.3 | AD | |
PMS2 | 2589 | NM_000535.7 | AD | |
POLD1 | 3324 | NM_002691.4 | AD | |
POLE | 6861 | NM_006231.4 | AD | |
RNF43 | 5500 | NM_017763.6 | AD | |
STK11 | 1302 | NM_000455.5 | AD | |
TP53 | 1182 | NM_000546.6 | AD |
Infos zur Erkrankung
Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP; Gardner-Syndrom) ist ein Krebsprädisposition-Syndrom, das durch Hunderte bis Tausende von adenomatösen kolorektalen Polypen gekennzeichnet ist und mit nahezu universeller Progression zum kolorektalen Karzinom im Alter von 35-40 Jahren. FAP verursacht weniger als 1% aller Fälle von kolorektalem Karzinom in den westlichen Ländern. Die Mehrzahl der FAP-Fälle wird durch Keimbahnmutationen im APC-Gen verursacht und wird autosomal-dominant vererbt, obwohl in bis zu einem Drittel der Fälle de novo Keimbahnmutationen auftreten. Eine mildere, autosomal rezessive FAP-Form entwickelt typischerweise weniger als 100 Polypen; sie wird durch Mutationen im MUTYH-Gen verursacht. In der Differentialdiagnostik sind zu beachten: das Lynch-Syndrom (hereditary non-polyposis colon cancer, HNPCC), die MSH3-assoziierte Polyposis, das Peutz-Jeghers-Syndrom, das PTEN-Hamartom-Tumor-Syndrom, das juvenile Polyposis-Syndrom, das hereditäre gemischte Polyposis-Syndrom, die NTHL1-assoziierte Polyposis und schließlich Neurofibromatose Typ 1. Die Nachweis-Wahrscheinlichkeit einer pathogenen APC-Variante ist stark abhängig vom Schweregrad der Kolon-Polyposis und von der Familienanamnese. Die Entdeckungsraten sind bei klassischer Polyposis höher als bei abgeschwächten Phänotypen und höher bei Individuen mit positiver Familienanamnese. Bei <30 % der Patienten mit schwächer Ausprägung werden pathogene APC-Varianten nachgewiesen. Die klinische Diagnose kann daher durch ein negatives molekulargenetisches Ergebnis nicht sicher ausgeschlossen werden.
Referenz: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1345/
- Allelic: Adrenocortical carcinoma, pediatric (TP53)
- Allelic: Basal cell carcinoma 7 (TP53)
- Allelic: Bone marrow failure syndrome 5 (TP53)
- Allelic: Choroid plexus papilloma (TP53)
- Allelic: Diamond Blackfan anaemia (RPS20)
- Allelic: Endometrial cancer, susceptibility to (MLH3)
- Allelic: Glioma susceptibility 1(TP53)
- Allelic: Li-Fraumeni syndrome (TP53)
- Allelic: Osteosarcoma (TP53)
- Allelic: Uveal melanoma, susceptibility to, 1 (MBD4)
- Adenomas, multiple colorectal (MUTHY)
- Brain tumor-polyposis syndrome 2 (APC)
- Colorectal cancer (TP53)
- Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 7 (MLH3)
- Colorectal cancer, somatic (FLCN)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 10 (POLD1)
- Colorectal cancer, susceptibility to, 12 (POLE)
- Cowden syndrome 1 (PTEN)
- Cowden syndrome 6 (AKT1)
- Desmoid disease, hereditary (APC)
- Familial adenomatous polyposis 1 [FAP1] (APC)
- Familial adenomatous polyposis 3 (NTHL1)
- Familial adenomatous polyposis 4 (MSH3)
- Gardner Syndrom (APC)
- Hereditary mixed polyposis syndrome [Ashkenasi duplication] (GREM1)
- Juvenile polyposis/hereditary hemorrhagic telangiectasia syndrome (SMAD4)
- Multiple endocrine neoplasia IIA + IIB (RET)
- Peutz-Jeghers syndrome (STK11)
- Polyposis, juvenile intestinal (BMPR1A, SMAD4)
- RPS20-assoc hereditary nonpolyposis CRC (RPS20)
- Tumor predisposition syndrome 2 (MBD4)
- AD
- AR
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.