Klinische FragestellungSpinale Muskelatrophie Typ 0, I, II, III, IV; Differentialdiagnose
Zusammenfassung
Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Spinale Muskelatrophie Typ I-IV mit 2 Leitlinien-kuratierten sowie insgesamt 22 kuratierten Genen
Loci-Typ | Anzahl |
---|---|
Gen | 42 |
100,9 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
- EDTA-Blut (3-5 ml)
Stufe 1: CNV-Analyse
DNA-Sequenzanalytik auf besonderen Auftrag hin
NGS +
[Sanger]
Locipanel
Gen
Name | Exon-Länge (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Erbgang |
---|---|---|---|---|
SMN1 | 885 | NM_000344.4 | AR | |
SMN2 | 885 | NM_017411.4 | Mod | |
AR | 2763 | NM_000044.6 | XLR | |
ASAH1 | 1188 | NM_177924.5 | AR | |
ASCC1 | 1074 | NM_001198800.3 | AR | |
ATP7A | 4503 | NM_000052.7 | XLR | |
BICD2 | 2568 | NM_001003800.2 | AD | |
BSCL2 | 1197 | NM_032667.6 | AD | |
CHAT | 2247 | NM_020549.5 | AR | |
CHCHD10 | 429 | NM_213720.3 | AD | |
CHRNE | 1482 | NM_000080.4 | AD, AR | |
COLQ | 1368 | NM_005677.4 | AR | |
DCTN1 | 3837 | NM_004082.5 | AD | |
DMD | 11058 | NM_004006.3 | XLR | |
DMPK | 1920 | NM_001081563.2 | AD | |
DNAJB2 | 834 | NM_001039550.2 | AR | |
DOK7 | 1515 | NM_173660.5 | AR | |
DYNC1H1 | 13941 | NM_001376.5 | AD | |
EXOSC3 | 828 | NM_016042.4 | AR | |
EXOSC8 | 831 | NM_181503.3 | AR | |
FBXO38 | 2832 | NM_001271723.2 | AD | |
GAA | 2859 | NM_000152.5 | AR | |
GARS1 | 2220 | NM_002047.4 | AD | |
GFPT1 | 2046 | NM_001244710.2 | AR | |
HEXA | 1590 | NM_000520.6 | AR | |
HSPB1 | 618 | NM_001540.5 | AD | |
HSPB8 | 591 | NM_014365.3 | AD | |
IGHMBP2 | 2982 | NM_002180.3 | AR | |
PLEKHG5 | 3189 | NM_020631.6 | AR | |
RAPSN | 1239 | NM_005055.5 | AR | |
REEP1 | 606 | NM_022912.3 | AR | |
SETX | 8034 | NM_015046.7 | AR | |
SLC52A2 | 1338 | NM_024531.5 | AR | |
SLC52A3 | 1410 | NM_033409.4 | AR | |
SLC5A7 | 1743 | NM_021815.5 | AR, AD | |
SYT2 | 1260 | NM_177402.5 | AD, AR | |
TRIP4 | 1759 | NM_016213.5 | AR | |
TRPV4 | 2616 | NM_021625.5 | AD | |
UBA1 | 3177 | NM_003334.4 | XL | |
VAPB | 732 | NM_004738.5 | AD | |
VRK1 | 1191 | NM_003384.3 | AR | |
WARS1 | 1451 | AD |
Infos zur Erkrankung
Infos zur Krankheit
Die Spinale Muskelatrophie (SMA) ist eine der häufigsten autosomal-rezessiv erblichen Erkrankungen in Europa, die bei schwerer Verlaufsform mit einem frühen kindlichen Tod einhergeht. Die Häufigkeit der heterozygoten Anlageträger wird mit 1/40 bis 1/60 für die europäische Bevölkerung angegeben. Auch in Kulturen mit einer hohen Frequenz an Konsanguinität sind autosomal-rezessive Erkrankungen wie SMA weit verbreitet (1). Bei der überwiegenden Mehrheit der betroffenen Kinder ist der Verlust beider SMN1-Genkopien die Erkrankungsursache. Die Eltern tragen dann in der Regel den SMN1-Genkopienverlust auf nur einem Allel. Nach aktuellem Kenntnisstand wird der unterschiedliche Verlauf der SMA Formen I bis III bzw. das unterschiedliche Manifestationsalter wesentlich durch die Anzahl der vorhandenen Kopien des chromosomal benachbarten und nahezu identischen SMN2-Gens beeinflusst. Von diesem Gen wird, im Vergleich zum SMN1-Gen, nur eine geringe Menge Volllängen-Transkript abgelesen (2, 3). - Mehrere gentherapeutische Ansätze sind zwischenzeitlich etabliert oder noch in der klinischen Erprobung. Z.B. das Medikament Nusinersen (SpinrazaTM) erhöht als Antisense-Oligonukleotid die Produktion des SMN Transkripts durch verbessertes Spleißen des SMN2-Gens, kann also nur wirken, wenn ausreichend Genkopien des SMN2-Gens vorliegen (4). Onasemnogene Abeparvovec (ZolgensmaTM) ist eine Adeno-assoziiertes Virus 9 basierte Gentherapie mit der eine Transgen-Kopie des SMN1-Gens eingeschleust wird, die für das SMN-Protein kodiert (5).
Literatur: (1) Shafeghati Y et al. Arch Iranian Med. 7(1): 47 – 52; 2004. (2) Prior, TW et al.; Genet Med. 2011 Jul;13(7):686-94. (3) Prior, TW and Finanger, E; online Gene Reviews http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1352/. (4) Ottensen. Transl Neurosci. 2017; 8: 1–6. (5) Hoy SM. Onasemnogene Abeparvovec: First Global Approval. Drugs. 2019 Jul;79(11):1255-1262.
ORPHA:83330 Proximal spinal muscular atrophy type 1; ORPHA:83418 SMA type 2; ORPHA:83419 SMA type 3; ORPHA:83420 SMA type 4
ORPHA:83330 Proximal spinal muscular atrophy type 1
Severe infantile form: progressive muscle weakness + hypotonia resulting from degeneration/loss of the lower motor neurons in spinal cord + brain stem nuclei
ORPHA:83418 SMA type 2
Prevalence: 1-9/100 000 (prevalence 1/70 000, slightly more frequent in males than females)
Chronic infantile form: muscle weakness + hypotonia resulting from degeneration/loss of lower motor neurons in the spinal cord + brain stem nuclei
ORPHA:83419 SMA type 3
Prevalence: 1-9/1 000 000 (1/375000)
Relatively mild form: muscle weakness + hypotonia resulting from degeneration/loss of lower motor neurons in the spinal cord + brain stem nuclei
ORPHA:83420 SMA type 4
Adult-onset form: muscle weakness + hypotonia resulting from the degeneration/loss of lower motor neurons in the spinal cord + brain stem nuclei
- Alias: Infantile spinal muscular atrophy
- Alias: Proximal spinal muscular atrophy type 0, 1-4
- Alias: Spinal muscular atrophy-0, -1-4 [SMA]
- Alias: Werdnig-Hoffmann disease
- Allelic: Amyotrophic lateral sclerosis 8 (VAPB)
- Allelic: Amyotrophic lateral sclerosis, susceptibility to (DCTN1)
- Allelic: Androgen insensitivity (AR)
- Allelic: Androgen insensitivity, partial, with/-out breast cancer (AR)
- Allelic: Avascular necrosis of femoral head, primary, 2 (TRPV4)
- Allelic: Barrett esophagus/esophageal adenocarcinoma (ASCC1)
- Allelic: Brachyolmia type 3 (TRPV4)
- Allelic: Cardiomyopathy, dilated, 3B (DMD)
- Allelic: Charcot-Marie-Tooth disease, RI C (PLEKHG5)
- Allelic: Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 20 (DYNC1H1)
- Allelic: Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2S (IGHMBP2)
- Allelic: Digital arthropathy-brachydactyly, familial (TRPV4)
- Allelic: Encephalopathy, progressive, +/- lipodystrophy (BSCL2)
- Allelic: Farber lipogranulomatosis (ASAH1)
- Allelic: Fetal akinesia deformation sequence 2 (RAPSN)
- Allelic: Fetal akinesia deformation sequence 3 (DOK7)
- Allelic: Frontotemporal dementia and/or amyotrophic lateral sclerosis 2 (CHCHD10)
- Allelic: Hereditary motor + sensory neuropathy, type IIc (TRPV4)
- Allelic: Hex A pseudodeficiency (HEXA)
- Allelic: Hypospadias 1, XL (AR)
- Allelic: Lipodystrophy, congenital generalized, type 2 (BSCL2)
- Allelic: Menkes disease (ATP7A)
- Allelic: Mental retardation, AD 13 (DYNC1H1)
- Allelic: Metatropic dysplasia (TRPV4)
- Allelic: Occipital horn syndrome (ATP7A)
- Allelic: Parastremmatic dwarfism (TRPV4)
- Allelic: Prostate cancer, susceptibility to (AR)
- Allelic: Scapuloperoneal spinal muscular atrophy (TRPV4)
- Allelic: Sodium serum level QTL 1 (TRPV4)
- Allelic: Spondyloepiphyseal dysplasia, Maroteaux type (TRPV4)
- Allelic: Spondylometaphyseal dysplasia, Kozlowski type (TRPV4)
- Amyotrophic lateral sclerosis 4, juvenile (SETX)
- Becker muscular dystrophy (DMD)
- Brown-Vialetto-Van Laere syndrome 2 (SLC52A2)
- Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2F (HSPB1)
- Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2L (HSPB8)
- Charcot-Marie-Tooth disease, type 2D (GARS1)
- Duchenne muscular dystrophy (DMD)
- GM2-gangliosidosis, several forms (HEXA)
- Glycogen storage disease II (GAA)
- Muscular dystrophy, congenital, Davignon-Chauveau type (TRIP4)
- Myasthenia, congenital, 12, with tubular aggregates (GFPT1)
- Myasthenic syndrome, congenital, 10 (DOK7)
- Myasthenic syndrome, congenital, 11, associated with acetylcholine receptor deficiency (RAPSN)
- Myasthenic syndrome, congenital, 20, presynaptic (SLC5A7)
- Myasthenic syndrome, congenital, 4A, slow-channel + 4B, fast-channel (CHRNE)
- Myasthenic syndrome, congenital, 4C, associated with acetylcholine receptor deficiency (CHRNE)
- Myasthenic syndrome, congenital, 5 (COLQ)
- Myasthenic syndrome, congenital, 6, presynaptic (CHAT)
- Myasthenic syndrome, congenital, 7A, presynaptic, distal motor neuropathy, AD (SYT2)
- Myasthenic syndrome, congenital, 7B, presynaptic, AR (SYT2)
- Myopathy, isolated mitochondrial, AD (CHCHD10)
- Myotonic dystrophy 1 (DMPK_CTG)
- Neuronopathy, distal hereditary motor [MONDO:0000075] (EXOSC8)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type II (HSPB1)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type IIA (HSPB8)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type IID (FBXO38)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type IX (WARS1)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VA (GARS1)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VB (REEP1)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VI (IGHMBP2)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIIA (SLC5A7)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIIB (DCTN1)
- Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIII (TRPV)
- Neuropathy, distal hereditary motor, type VC (BSCL2)
- Perry syndrome (DCTN1)
- Pontocerebellar hypoplasia type 1A (VRK1)
- Pontocerebellar hypoplasia, type 1B (EXOSC3)
- Pontocerebellar hypoplasia, type 1C (EXOSC8)
- Silver spastic paraplegia syndrome (BSCL2)
- Spastic paraplegia 31, AD (REEP1)
- Spinal + bulbar muscular atrophy of Kennedy (AR_CAG)
- Spinal muscular atrophy with congenital bone fractures 1 (TRIP4)
- Spinal muscular atrophy with congenital bone fractures 2 (ASCC1)
- Spinal muscular atrophy with progressive myoclonic epilepsy (ASAH1)
- Spinal muscular atrophy, Jokela type (CHCHD10)
- Spinal muscular atrophy, XL 2, infantile (UBA1)
- Spinal muscular atrophy, distal, AR, 4 (PLEKHG5)
- Spinal muscular atrophy, distal, AR, 5 (DNAJB2)
- Spinal muscular atrophy, distal, XL 3 (ATP7A)
- Spinal muscular atrophy, infantile, James type (GARS1)
- Spinal muscular atrophy, late-onset, Finkel type (VAPB)
- Spinal muscular atrophy, lower extremity-predominant 1, AD (DYNC1H1)
- Spinal muscular atrophy, lower extremity-predominant, 2A + 2B, AD (BICD2)
- Spinal muscular atrophy, type 0 [prenatal] (SMN1)
- Spinal muscular atrophy, type III, modifier of (SMN2)
- Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 2 (SETX)
- Tay-Sachs disease (HEXA)
- AD
- AR
- Mod
- XL
- XLR
- Multiple OMIM-Ps
Bioinformatik und klinische Interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboranforderung
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.